馬寅初因為揭露四大家族而被輿論形容成「馬寅初作獅子吼」。
1940年春，重慶郊區的陸軍大學邀請馬寅初給將官班講《抗戰財政問題》，這些將官學員很多是從前方調來受訓的。馬寅初一連講了兩個多小時。他說，抗日戰爭正在中華民族存亡的嚴重關頭，全國上下應該有錢出錢，有力出力，同心同德，共赴國難。但是現在不是這樣，現在是「下等人」出力，「中等人」出錢，「上等人」則既不出錢，又不出力，囤積居奇，發國難財。還有一種「上上等人」依靠權勢，利用國家經濟機密從事外匯投機，大發超級國難財。他公開點名指出：「這種豬狗不如的『上上等人』就是孔祥熙和宋子文之流。」他還說：「必須把孔祥熙、宋子文撤職，把他們不義的家財拿出來充作抗戰經費。」演說在將官們中間引起強烈反響，席間不時爆發出熱烈的掌聲。主持人則嚇得不知所措，連感謝的話也不敢多說，就趕緊把馬寅初送走了。
蔣介石知道馬寅初在他的心腹學校點火，非常生氣。1940年秋，蔣介石「召見」馬寅初被拒。孔祥熙接著對他進行利誘，請他當財政部長，又遭拒。蔣介石便於1940年12月6日派憲兵闖入學校，將他逮捕。隨後中央通按訊社發出了「立法委員馬寅初，奉命派赴前方研究戰區經濟狀況，業已首途」的假新聞。實際上他卻被幽禁在貴州息烽軍統集中營的山溝里。
抗戰爆發後，馬寅初以專家身份考察中國的戰時經濟，對國民黨的軍政要員大發國難財極為不滿，他將這種情況精闢而形象地概括為「前方吃緊，後方緊吃！」並將矛頭直指孔、宋家族。
1941年3月30日，馬寅初六十大壽，重慶各界人士為他開了一個沒有壽星的祝壽會。重慶大學生在地下黨的領導下，為馬寅初組織了一次聲勢浩大的祝壽活動。中共駐重慶辦事處的三位最高領導人周恩來、董必武、鄧穎超送來了一副巨大的對聯，以示聲援。對聯曰：桃李增華，坐帳無鶴；琴書作伴，支床有龜。1942年8月，周恩來等人進行了多次營救，但蔣介石並不買賬。此後，美國羅斯福總統的特使赫爾利也向蔣提出釋放的要求，赫爾利是馬寅初留學美國時的同學，蔣介石處處依賴美國，又迫於抗戰形勢於8月20日釋放了馬寅初，但仍將他軟禁在歌樂山家中，而且不許馬寅初教書，不許發表文章，在經濟上斷其生路。
抗戰時，面對蔣宋孔陳的大發國難財的舉動，馬寅初批評蔣介石：「有人說蔣委員長是民族英雄，我認為他不夠格，他只能算是他們蔣家的家族英雄，他若做民族英雄必須做到大義滅親這四個字啊……」
馬寅初一身正氣，針針見血的演講使國民黨的腐敗暴露在光天化日之下，醜惡無處藏身。蔣介石在氣急敗壞時曾說馬寅初是「嵊縣強盜」，馬寅初則說自己是「嵊縣強道」，即強大的道理，而蔣介石之流不是「大道為公」而是「大盜為私」，正義加雄辯，舉國景仰。
抗成勝利後，馬寅初繼續反對四大家族的官僚資本主義，痛斥國民黨政府出賣民族利益。當李公朴、聞一多慘遭國民黨特務暗殺消息傳來，馬寅初憤怒萬分，當即寫了遺書，告別大家，孑然一身穿藍布長衫赴南京中央大學講演，用大量事實揭露國民黨反動派發動內戰的罪行，當講到物價飛漲時，指名道姓、抨擊蔣介石，有力地推動了當時國統區的反蔣愛國民主運動。
馬寅初有一很著名的話是：蔣介石的光腦袋就是「電燈泡」，裡面真空，外面進不去。