曾在中央研究院史語所工作過的著名歷史學家何茲全曾作過這樣一個評價：「傅先生是20世紀中國史學界、國學界大師級人物。如果用『最好的』、『最有創始性、突破性』作標準，20世紀前半紀史學、國學方面的學者，稱得起大師級的人物的，在我看來也就是梁啟超、王國維、胡適、陳寅恪、郭沫若、傅斯年、顧頡剛、陶希聖、錢穆等幾個吧。」
美籍華人、哈佛大學教授、世界著名考古學家張光直，仍稱讚傅斯年之《夷夏東西說》是20世紀中國學術界「最好的」、「最有創始性、突破性」、「能夠使用創始性和突破性這種超級辭彙來描寫的」偉大的學術篇章。
胡適在北大教書的時候說，現在學生裡面有人比老師學問還大，說的就是傅斯年。
胡適對傅斯年的品性和才能曾有如下一段評論，他說：「孟真（傅斯年的字）是人間最希有的天才。他的記憶力最強，理解力也最強。他能作最細密的繡花針工夫，他又有最有膽的大刀闊斧本領。他是最能做學問的學人，同時他又是最能辦事，最有組織才幹的天生領袖人物。他的情感是最有熱力，往往帶有爆炸性的；同時他又是最溫柔、最富於理智、最有條理的一個可愛可親的人。這都是人世最難得合併在一個人身上的才性，而我們的孟真確能一身兼有這些最難兼有的品性與才能。」
胡適滿懷激情地稱頌傅斯年：「他這樣的人，無論在什麼地方都能發揮其領袖才幹。」「我總感覺，能夠繼續他的路子做學問的人，在朋友當中也有；能夠繼續他某一方面工作的人，在朋友中也有；但是像他這樣一個到處成為道義力量的人還沒有。」
羅家倫以「縱橫天岸馬，俊奇人中龍」來形容傅的才氣與風格。羅家倫說：傅斯年是元氣淋漓的人。
羅家倫在《元氣淋漓的傅孟真》里寫道：「孟真的號召力和攻擊精神，則與伏台爾（Voltare）相似。他們都願意為自由和開明而奮鬥。對於黑暗和頑固有強大的摧毀力，而且愛打抱不平，也是相似之處。不過伏台爾不免刻薄，而孟真則坦白率真。」
傅斯年的學生劉紹鳴借用小說說起了傅先生：「傅校長，雖然我在大洋這邊的美國也拿了個什麼博士，但我最驕傲的，還是杜鵑花城的那個學位。」
有學者說：「台大校史上，孟真（傅斯年）先生雖非創校校長，但在常規及制度之設立上，恐無人能出其右。」
學者袁良駿教授曾寫有一篇題為《不必為賢者傅斯年先生諱！》的文章，議論傅先生某些過頭的事，舉出了兩點：「一曰提倡『全盤歐化』，對西方文化崇拜得過了頭」，「二曰對中國傳統文化否定過了頭」。文中舉出了若干例證，也確是傅先生青年時期的一些過激言論；但袁先生並未忘記人物所處的歷史氛圍而做出分析說：「傅先生當時正是一名年輕氣盛的大學生，有比較大的偏激情緒，並不為怪。成熟後，很多觀點便修改了。」這就給歷史人物一個比較公允的評論。
蔣廷黻曾經回憶說，傅斯年論政之作，篇篇都「好像集合了四千年的歷史經驗」。
朱宗震評價傅斯年：回顧四十年來史學創傷……與一些過眼煙雲的流派相比，傅先生腳踏實地的史料學派自有其存在的價值。
曾任中央研究院院士的台大考古人類學系主任李濟教授，以自己的親身體會說：「無論是辦研究所或大學，傅斯年總是像一個設計的總建築師經營一個偉大的建築一樣，有一套完整的藍圖，並且與他的工程師充分地合作，按部就班，一段一段地完成他的計畫。困難總是有的，並且常常地遭遇到很大的困難，但他總有法子度過去，他真是克難英雄中的第一把手。」
章士釗曾說傅斯年是全中國最懂弗氏理論學說的人。
趙元任極佩服傅斯年，趙元任夫婦遊歷歐洲時，趙元任和傅斯年最投緣。楊步偉說：「元任總和我說此人不但學問廣博，而辦事才幹和見解也深切得很，將來必有大用，所以以後凡有機會人家想到元任的，元任總推薦他，因元任自知不如也。可惜世事變遷，不幸促其早死，今也則亡矣。」幾年後，趙元任應傅斯年之邀擔任史語所的語言組組長，大概也是出於對傅斯年的佩服。
程滄波評價傅斯年：「他對政治，喜歡談論，而容易厭倦。偶然奮不顧身的一擊，並不是對政治有興趣，而是激發於士大夫的責任感。」
蔣夢麟認為傅斯年為世間少有的通才與天才，他說：「孟真之學，是通學，其纔則天才，古今為學，專學易，通學難，所謂通學就是古今所說之通才。」
蔣還說：「孟真為學辦事議論三件事，大之如江河滔滔，小之則不遺涓滴，真天下之奇才也。」
傅斯年為北大二年級學生時，有人評價：「傅孟真這個人才氣非凡！」
勞幹說：「二十年來的歷史研究，國內幾個好的大學及研究機關，雖然都有他們的貢獻，但孟真（傅斯年）主持的中央研究院歷史語言研究所以及北京大學文科研究所，的確能做到中心地位。」
有人發出這樣的感嘆：「傅斯年是中國歷史上最有學問、最有志氣、最有血性和最有修養的偉大知識分子中的一個典範，在這個偉大知識分子幾近絕跡的世界上，也許不會有人知道，我是多麼深沉而熱烈地懷念著他們中間的每一個人。」而有關蔣、傅之間的談話，人們評價：「這樣的君臣對話，如此之豪傑氣，當今之士，且不說有過，又可曾夢想過？」