留學時，傅斯年的好友羅家倫與一位中國在歐洲的女人牽扯不清，據說在陪其看戲時，曾「看得她頭昏目迷舌伸心跳——跳得隔兩座尚可聽得。」傅斯年對此極看不慣，他寫信給羅嘲諷地說：「心跳而能使隔座者聞之，絕無此理。……想是使君之心與她之心心心相印，近在咫尺故可得而聞焉。」又說：「她自巴黎歸，聽說甚不喜巴黎，大維謂是你領他（她）看博物院之過。我當時想起《聊齋》上一段故事。一位教官行時送其七品補服於其所識之妓，此一思想，甚若對不起朋友，然當時此想油然而來，非由我召也。先生之志則大矣，先生擇路則不可。」
在用人上，傅斯年打破人情、地域觀念，不講背景，唯才是舉。他有句名言：「總統介紹的人，如果有問題，我照樣隨時可以開除。」
傅斯年一見有人用公家信箋寫私信，馬上發「布告」告誡之。
傅斯年「炮轟」孔祥熙時，他曾在一份關於蔣介石欲為孔祥熙（中央銀行國庫局案）說情的絕密件上勾出要害處，並在「委座」（蔣介石）的名側大筆一揮批道：「不成話。」
抗戰勝利後，傅斯年代理北大校長，將偽北大的人全部開除。有人前來說情的人，傅斯年說：如果這些人受不到譴責，那麼就太對不起那些跋山涉水到了重慶和昆明的教授和學生了，他們為了民族大義而拋家別子去了大後方，吃不上喝不上的，容易嗎？一句話把說情的人的嘴封得死死的。周作人也是這時候被傅斯年開除的。
1946年，蔣介石曾任命傅斯年為國府委員，他堅辭不就，並說自己乃一介書生，世務非其所能，並說：「如在政府，於政府一無稗益，若在社會，或可以為一介之用。」
傅斯年為人胸襟坦蕩，做事光明磊落，上行下效共同治理招生考試的舞弊行為。當時台大職工最怕「入圍」出試題、印試卷。時正值流火的盛夏，在學校圖書館門窗被封閉的一角，門外密布著崗哨，當時又沒有空調設備可以消暑，人進入像坐牢似的一關幾天，有位老教授只好帶著氧氣瓶進去。
在台灣大學任校長時，為力剎新生錄取的說情之風，傅斯年多次在報端發表公開聲明，稱假如自己以任何理由答應一個考試不及格或未經考試的學生進來，就是對校長一職的失職。所以他奉告至親好友千萬不要向他談錄取學生事，「只要把招生簡章買來細細照辦，一切全憑本領了，而其他是毫無通融例外之辦法」。如果有人查出他有例外通融之辦法，應由政府或社會予以最嚴厲之制裁。他還在校長室門前樹起一塊告示牌，上書曰：「有為子女入學說者，請免開尊口！傅斯年！」