傅斯年請李方桂出任史語所所長，李方桂說：「在我看來，研究人員是一等人才，教學人員是二等人才，當所長做官的是三等人才。」傅斯年聞聽此言，頓時張口結舌說不出話。待回過神來，他躬身作了一個長揖說：「謝謝先生，我是三等人才！」
傅斯年對下屬生活十分關心，事必躬親。抗戰時，史語所遷在四川李庄山坳里，供給困難。他給專員寫信：「請您不要忘記我們在李庄山坳里尚有一批以研究為職業的朋友們，期待著食米……」
有人說傅斯年脾氣來了，是炮，溫柔起來，像貓。據說，在南京史語所時，工友老裴最希望傅先生髮脾氣，因為他上午剛發了脾氣，下午某雜誌送來一筆稿費，他就一股腦兒送給老裴買酒，人情味很濃。
傅斯年一直知恩圖報。傅斯年出國留學時差一點被人擠掉名額，陳雪南關鍵時候伸出援手，傅得以出國留學。此後，傅斯年一直與陳保持相當良好關係。1948年，傅斯年在美國，被選為立法委員，他堅辭不就，後經陳雪南勸說才接受。
抗戰時在昆明，陳寅恪住三樓，傅斯年住一樓。每次警報一響，大家「入土為安」，往樓下防空洞跑。而他卻逆流而上，上三樓把患有眼疾的陳寅恪扶下樓來，一起躲進防空洞。
四川李庄永勝村農民張漢青的父親張海洲當年給傅斯年抬過滑竿，他聽父親說過往事：「傅所長胖得很，恐怕有一百七八，只有我老者（父親）張海洲和李伯周抬得起。傅所長經常去鎮上辦事，或者從李庄乘船上南溪下重慶。從板栗坳到李庄，抬滑竿的稍微歪一下，他馬上喊停，下來走。他是怕我老者累倒了。
「他對下頭人蠻好。到街上，有時區長張官周、鎮長楊君惠請吃飯。飯碗擺好，他一坐下來，剛捏起筷子他又刷地站起來，看轎夫桌子上的菜一樣不一樣。要是不一樣，他馬上站起來就喊我老者他們走。
「在月亮田打坳田穀子的時候，有個兵搶人。傅所長就把他們連長叫來，連長一見傅所長馬上敬個禮。傅所長叫他把搶人的兵查出來。他連連點頭。這類事後來沒再發生。」
傅斯年嗜藏書，平日之積蓄，全部用在買書上。在李庄時，他賣書換糧，除解決自己的燃眉之急外，還周濟朋友。董作賓家庭人口多，生活無保證，傅斯年就拿賣書的錢接濟他。
一位當時台大的學生唐本祥在《傅校長沒有死》中回憶道：傅校長的作風，代表著民主和平等。一切都尊重多數意見，一切都以著重基層為前提。講到平等，又一個故事可以說明他。常到校長公館去的人，老是看到傅校長和他的汽車司機對坐而弈，並且神情怡然，一點沒有校長的架子。對於同學，傅校長真是愛護備至。平常在他的公館裡，他接待同學，像接待客人一樣，在學校里，他會在背後拍拍同學的肩膀，問一聲訊，或是談幾句話。
1926年，「三·一八」慘案發生後，蔣夢麟、傅斯年、魯迅、周作人、林語堂、朱自清、聞一多等都以不同方式表達了憤慨。多年後，傅斯年遇到了鹿鍾麟，特地走到他的面前說：「從前我們是朋友，現在我們是仇敵，學生就像我的孩子，你殺害了他們，我還能沉默嗎？」
「一二·一」慘案發生後一周，傅斯年由重慶來昆明，處理聯大師生的罷課事件。傅斯年一下飛機，見到關麟征第一句就是：「你殺了我的學生們，比殺了我的兒女更讓我心痛。」
傅斯年任台大校長後兩年間，因學力、教學水平低而被解聘的教授、副教授多達七十餘人。但出身貧寒的他始終對下屬有顆仁慈而悲憫的心，他明白一些大學教授被解僱後可去之處甚少，其中被他解聘的幾位教師生活特別窮困，他又充滿人情味地動用多方關係，把他們安置到台大圖書館，並續發了一年的聘書緩解他們的困難。
在台灣大學時，作為一校之長，傅斯年的原則是答覆政府公文可以讓秘書那廉君代筆，但學生們來信他都是親自動筆回覆，以示對學生的尊重。
傅斯年的妻子俞大綵回憶說：傅先生在台大，「常在中午返家時，偕我到各宿舍探視，並查看學生的伙食」。傅先生每次一進餐廳，「男生必高呼歡迎校長，女生則擁到他身旁」。
1950年，傅斯年去世後不久，衛生署一人將一副眼鏡送到傅家，告訴俞大綵說是傅先生托他在香港為某學生配的。原來，傅斯年為了發掘高才生，在台大舉行作文比賽，由他親自出題閱卷。一日，他回家興奮地告訴夫人，自己看到一篇好文章，約作者面談，果然文才非凡。但這學生家境貧寒，患深度近視而不戴眼鏡，問他為何，該生默然不答。這名學生拿到眼鏡後，含淚長跪在傅斯年墓前。