1946年4月，抗日戰爭勝利後，北大、清華、南開三校準備北上複員，並決定在原址留碑紀念。五月四日，西南聯大師生在圖書館舉行結業典禮後，到校園後山舉行「國立西南聯合大學紀念碑」揭幕式。碑文由西南聯大文學院院長馮友蘭教授撰文、中國文學系聞一多教授篆刻、中國文學系主任羅庸教授書丹，被稱之為「三絕碑」。馮友蘭寫的《國立西南聯合大學紀念碑文》被公認為可與陳寅恪紀念王國維的雄文比肩的文章，被史學家何炳棣成為融古爍今的「至文」、「不朽文章。」
二十世紀四十年代，國民黨獨裁統治招致民怨沸騰，黨內要求實行民主、憲政的呼聲也非常強烈。國民黨西南聯大區黨部就召開會議，公推馮友蘭致信蔣介石，要求國民政府為收拾人心而事實立憲。信中寫道：睹一葉之飄零，知深秋之將之。昔清室遲遲不肯實行憲政，以致失去人心，是本黨得以成功。前事不遠，可為殷鑒。據說，蔣介石看罷「為之動容，為之淚下」，不久，複信西南聯大，表示同意信中要求，實行立憲。
馮友蘭對中國的未來充滿希望，他在聯大碑文里寫中國「並世列強，雖新而不古；希臘羅馬，有古而無今。惟我國家，亘古亘今，亦新亦舊，斯所謂周雖舊邦，其命維新者也！」
萬里長征，辭卻了，五朝宮闕。
暫駐足，衡山湘水，又成離別。
絕檄移栽楨幹質，九州遍灑黎元血。
盡笳吹，弦誦在山城，情彌切。
千秋恥，終當雪。中興業，需人傑。
便一成三戶，壯懷難折。
多難殷憂新國運，動心忍性希前哲。
待驅除仇寇，復神京，還燕碣。
馮友蘭執筆寫就西南聯大校歌：
1939年秋至1940年春夏之交，陳立夫以教育部部長的身份曾三度訓令聯大務須遵守教育部核定應設的課程，統一全國院校教材，舉行統一考試等新規定。此項訓令的目的當然是加強蔣政權對高等教育及高知的思想統治。聯大教務會議以致函聯大常委會的方式，抵抗駁斥陳立夫的三度訓令。這封措辭說理俱臻至妙的公「函」的執筆者舍馮友蘭莫屬。