章太炎說袁世凱之所以失敗，關鍵原因在於以三人反對三人：其一，梁任公（啟超）反對楊皙子（度）；其二，張仲仁（一麐）反對夏午詒；其三，雷震春反對蔡松坡（鍔）。章此言當時廣為流傳。
民國初年，章太炎進京，見到當時參謀次長陳宦，便驚謂陳為「中國第一人物」，同時稱：「他日亡民國者，必此人也」。後果然陳襄助袁上台，並稱帝。章太炎去世後，陳宦稱世無知音，並雲他是真知太炎者。陳說：「章氏一語，足定天下安危。」
坊間傳言袁世凱欲稱帝，章太炎對袁道：「夫非能安內攘外者，妄而稱帝，適以覆其宗族，前史所載則然矣。法之拿破崙，雄略冠世，克戡大敵，是以國人樂推。今中國積弱，俄日橫於東北，誠能戰勝一國，則大號自歸；民間焉有異議？特患公無稱帝之能耳。」
章太炎將民國的歷屆元首分為三類，一類「梟鷙」，如袁世凱，於國於民有「威福自專之患」；一類「仁柔」，如黎元洪，一旦「將相上逼」，無法安於其位；一類「狂妄」，代表人物是孫中山，「勢稍強則與梟鷙者同，勢稍弱又與仁柔者同」；而在這三類人之間，有梟鷙者時，仁柔者狂妄者「又必不能與爭」。
黃侃曾記錄章太炎語：「師前日說今學者之蔽：一、好尚新奇；二、專恃智慧；三、倚賴他人；四、偏聽偏信。」
章太炎將中國與印度對比後，認為中國人患有六種精神痼疾：詐偽無恥，縮肉畏死，貪叨圖利，偷惰廢學，浮華相競，猜疑相賊。
章太炎嘗云：「大國手門下，只能出二國手；二國手門下，卻能出大國手。因大國手的門生，往往恪遵師意，不敢獨立思考，故不能大成，如顧炎武門下，高者不過潘耒之輩；而二國手的門生，在老師的基礎上，不斷前進，往往能青出於藍。如江永的門下，就有戴震這樣的高足。」後人以為，黃侃在音韻學方面，已較乃師章太炎為高，亦是實例之一。
章太炎堅持要弘揚國學，國學是面對西方挑戰之際精神動力，他在《國學講習會序》中說：「夫國學者，國家所以成立之源泉也。吾聞處競爭之世，徒持國學固不足以立國矣。而吾未聞國學不興而國能自立者也。」
章太炎曾批評當時的歐化主義風潮道：「近來有一種醉心歐化的人，總說中國人比西洋人所差甚遠，所以自甘暴棄，說中國必定滅亡，黃種必定剿絕，因為他不曉得中國的長處，見得別無可愛，就把愛國愛種的心，一日衰薄一日。」他告知當時的留學生要弘揚國學：「上天以國粹付余，……懷未得遂，……至於支那閎碩壯美之學，而遂斬其統序，國故民紀，絕於余手，是則余之罪也。」
章太炎說：「蓋凡百學術，如哲學、如政治、如科學，無不可與人相通，而中國歷史，斷然為我華夏民族之歷史，無可以與人相通之理。」
章太炎的治學之法被稱為「地上派」，其治學有四言：不以全文疑群經，不以贗品校古史，不以甲文黜許書，不以臆說誣諸子。