袁世凱死後，章太炎獲釋南下，雲南名士趙藩（人稱「病翁」）曾送給他七絕詩一首曰：
章太炎患有癲癇病。1883年，十六歲的章太炎參加縣試，癲癇病突然發作，沒有考成。從此他放棄科舉，廣泛涉獵經史子集。馮自由亦記載：「太炎夙患羊癇疾，有一次自外返寓，甫入門即昏厥仆地，余為之延醫診治，一日而愈。」這可能也是他被稱為「瘋子」的原因之一。
庚子義和團事變後，張之洞在湖北辦《正學報》，聘章太炎任該報主筆。《楚學報》第一期出版時，章太炎竟然寫下洋洋六萬言的《排滿論》文成，呈該報總辦梁鼎芬審閱。梁閱後驚呼：「反叛，反叛！殺頭，殺頭！」遂乘轎子疾馳總督衙門，報張之洞，並要捉拿章太炎，按律治罪。幸虧《正學報》助辦王仁俊惜才，對張之洞說：「章太炎是個瘋子，即日逐之出境可也。」但梁鼎芬並不就此放過他，命四個轎夫將章撲倒在地，用轎棍猛揍一氣。後章太炎每與人爭論，嬉笑怒罵時，對方說「叫梁鼎芬來」，章太炎微笑不語。
《蘇報》案發後，江蘇巡撫連夜捉拿章太炎等人，眾人皆逃走，唯有章太炎不聽勸告，堅持坐鎮愛國學社，遂被捕。章太炎在獄中寫信給已經逃走的鄒容前來一同抗辯，鄒不意讓大哥一人擔此責任，毅然主動入獄，與章共患難。章、鄒對革命言行供認不諱。鄒因體弱，瘐死獄中。三年後，章太炎出獄，他特地在宅壁高處掛了一幅鄒容的遺像，前面擺了一張橫板，上設香爐，每月初一、十五必沐手敬香一次。
君是浙西章瘋子，我乃滇南趙病翁。
君豈真瘋我豈病？補天浴日此心同。
章太炎並不介意被人稱為「瘋子」，他的學生許壽裳回憶，章太炎在日本時曾在留學生界及同盟會的歡迎席上發表了這樣一段演講：「……大凡非常可怪的議論，不是神經病人，斷不能想，就能想也不敢說，說了以後，遇著艱難困苦的時候，不是神經病人，斷不能百折不回，孤行己意。所以古來有大學問、成大事業的，必得有神經病才能做到。……為這緣故，兄弟承認自己有神經病，也願諸位同志，人人個個，都有一兩分的神經病。……近來有人傳說：某某也是有神經病，兄弟看來，不怕有神經病，只怕富貴利祿當面現前的時候，那神經病立刻好了，這才是要不得呢！」最後，章太炎大聲疾呼道：「我要把我的神經病質，傳染諸君，傳染與四萬萬人！」
章太炎因與孫中山收取日本人的黑金與其發生爭執後，黃興曾在給孫中山的信中勸孫道：「弟與精衛等商量，亦不必與之計較，將來只在《民報》上登一彼為神經病之人，瘋人囈語，自可不信。」
章太炎弟子王仲犖曾回憶說：「老師本是學者，而談起學術來昏昏欲睡。老師本不擅政治，但一談政治則眉飛色舞。」
辛亥革命後，章太炎曾受孫中山之託前往湖北去見黎元洪。章一到湖北便受到了黎的熱烈歡迎，這令章對黎好感倍增，逢人便說：「民國總統一席，非公莫屬！」一時，章言人盡皆知。王揖唐聽聞後，馬上告知袁世凱，並說道：「章瘋子的言論和他手中的那枝筆還是有號召力的，不能不加以籠絡。」袁世凱也怕章手中的筆，馬上召章太炎來京，並給他頒發勳章一枚。
魯迅在回憶乃師章太炎的文章中說：「……其人既是瘋子，議論當然是瘋話，沒有價值的人。但每有言論，也仍在他們的報章上登出來，不過題目特別，道：『章瘋子大發其瘋』。有一回，他可是罵到他們的反對黨頭上去了。那怎麼辦呢？第二天報上登出來的時候，那題目是：『章瘋子居然不瘋』！」
1913年12月，新婚不久的章太炎北上找袁世凱算賬，要「為中夏留一線光明」，「挽此危局」。對於章此行，魯迅曾在回憶文章中寫道：以大勳章為扇墜，大鬧總統府。根據1914年1月14日的《申報》記載：章太炎手持團扇一柄，下系勳章，足踏破官靴，大嚷著要見總統，承宣官（傳達）擋駕，則「瘋言瘋語，大鬧不休」。另據官方記載，章太炎則不僅大罵袁世凱，還砸爛傢具什物。袁世凱便以章有瘋病為由，將章太炎軟禁。
1907年3月，章太炎作《鄒容傳》一書，其中多處談到吳稚暉。他在書中稱吳稚暉「獻策」，賣友投敵以自保。吳逃到巴黎後，讀《鄒容傳》勃然大怒，認為章是借紀念鄒容為名，顛倒黑白，發泄對他的私怨。於是，吳寫信給章太炎，要求章說明是誰說他出賣朋友的。章太炎立即復公開信一封，開頭便稱：「稚暉足下：吳眺、吳腓、吳敬恆，皆足下也！」章意為，不管你吳稚暉有多少名字，你在品性上一以貫之，仍然是那個為「仆」所鄙視的「足下」。吳看到這封公開信後，作書反詰，章於同年七月再答，方法與前略同，而「筆戰愈來愈凶，終至夾著毒詈」，竟至於用到「善箝而口，勿令砥癰，善補而絝，勿令後穿」之類罵街語言。
據傳，袁世凱一度很想殺章太炎，但又怕民眾不滿，於是便自我解嘲說：「章太炎是瘋子，我何必跟他計較？」
辛亥革命成功後，章太炎的一些建議得不到當局的採納，於是，他便逢人開罵：原先革命陣營中的同志如孫中山、黃興、宋教仁等，民國新貴唐紹儀、趙秉鈞、梁士詒、段祺瑞等，保皇派的康有為、張謇、湯化龍、譚延闓等……民國初年的報紙屢見章太炎罵人的文章，嚴詞刻薄，毫不留情。被章罵的多了，眾人也都習慣了，並不理會，只是以「章瘋子」一笑了之。
章太炎得詩後甚是得意，晚年常讀與人聽。
章太炎一生「獨立特行」，賺得名號無數：「近代民族主義偉人」、「國學界之泰斗」、「民國偉人」、「鼓吹革命之大文豪」、「革命家之巨子」、「新中國之盧騷（梭）」、「學術宗師」、「狂生」、「名士」、「異端」、「在野黨領袖」、「學閥」、「反動分子」、「神經病」、「章瘋子」。但伴隨他一生最久的還是「神經病」和「章瘋子」這兩個大號！
章太炎對看不順眼的政客和軍棍，總是疾言厲色。曾有某省總督慕名前來拜訪章，奉上重禮，但三句話不對譜，章太炎便以杖擊地，怒罵此人是「北洋軍閥的鷹犬」，並將茶杯狠狠地擲向此人。這位總督嚇得趕緊抱頭鼠竄。