《蘇報》案發生後，鄒容被捕並死於獄中。章太炎做詩紀念義弟，曰：「鄒容吾小弟，被發下瀛洲，快剪刀除辮，干牛肉作餱。英雄一入獄，天地亦悲秋。臨命須摻手，乾坤只兩頭。」
1924年，中國國民黨第一次全國代表大會召開，發表宣言，實現國共合作。在國民黨右派馮自由、居正等人的慫恿下，章太炎公開發表言論，反對國共和作。章太炎說蔣介石執行的三民主義是「賣國主義、黨治主義與民不聊生主義。」
1869年，章太炎出生於浙江餘杭的書香門第，祖父留下的藏書多達5000卷。到章太炎父親時，因太平天國戰亂，家勢開始衰微，因此章父非常注重對子女的教育，冀望能夠重振門楣。章父立下《家訓》，要求子女們不得對清廷卑躬相事，並希望子女們精研經史。1890年，章父彌留之際，一再叮囑家人：「吾家入清已七八世，歿皆用深衣斂，吾雖得職事官，未嘗詣吏部，吾即死，不敢違家教，無加清時章服。」所謂「深衣」，就是士大夫平時閑居在家時所穿的衣服，上衣和下衣裳相連。章太炎的祖輩，入清以來已經歷七八代了，但去世時從不穿戴清朝的衣服入殮，而是采「深衣斂」。
1904年，慈禧70大壽，章太炎寫下一副對聯以示諷刺，傳誦一時：「今日到南苑，明日到北海，何日再到古長安？嘆黎民膏血全枯，只為一人歌慶有；五十割琉球，六十割台灣，而今又割東三省，痛赤縣邦圻益蹙，每逢萬壽祝疆無。」
莫打鼓，莫敲鑼。
聽我唱這逐滿歌。
如今皇帝非漢人，滿洲清妖老猢猻。
辮子拖長尺八寸，豬尾搖來滿地滾。
頭戴紅櫻真狗帽，頂掛朝珠如鼠套。
他的老祖努而哈，帶領兵丁到我家。
龍虎將軍曾歸化，卻被漢人騎胯下。
後來叛逆作皇帝，天命天聰放狗屁。
他的孫子叫福臨，趁著狗運坐燕京。
改元順治號世祖，攝政親王他叔父。
叔嫂通姦娶太后。
遍賜狗官嘗喜酒。
可憐我等漢家人，卻同羊豬進屠門。
揚州屠城有十日，嘉定廣州都殺畢。
福建又遇康親王，淫掠良家象宿娼。
駐防清妖更無賴，不用耕田和種菜。
菜來伸手飯張口。
南糧甲米歸他有。
漢人有時欺滿人，斬絞流徙任意行。
滿人若把漢人欺，三次殺人方論抵。
滑頭最是康熙皇，一條鞭法定錢糧。
名為永遠不加賦，平余火耗仍無數。
名為永遠免丁瑤，各項當差著力敲。
開科誆騙念書人，更要開捐驅富民。
人人多道做官好，禮儀廉恥忘記了。
地獄沉沉二百年，忽遇天王洪秀全；滿人逃往熱河邊，曾國藩來做漢奸。
洪家殺盡漢家亡，依舊猢猻作帝王；我今苦口勸兄弟，要把死仇心裡記。
當初清妖破南京，爾父被殺母被淫。
人人多說恨洋人，那曉滿人仇更深。
兄弟你是漢家種，不殺仇人不算勇。
莫聽康梁誑爾言，第一仇人在眼前。
光緒皇帝名載湉。
民國建立後，章太炎強烈感受到南京臨時政府的軟弱無力，他提出的種種主張和方案不被採納。此事，他更希望儘早結束南北分裂的局面，共御外辱。最後，為了實現自己的政治抱負，權衡對比後，他將希望寄托在袁世凱身上。於是章太炎開始搖動手中的筆，為袁世凱搖旗吶喊，攻擊同盟會的革命黨人，罵他們是「鼠竊狗偷」的「群盜」。但當袁世凱如願上台，並開始密謀稱帝時，梁啟超和章太炎等人才如夢方醒，悔之莫及。此時，章才認識到革命黨人必須重新聯合起來，於是主動找到孫中山、黃興等人，開始商討如何對付袁世凱的陰謀。
1898年，由《時務報》夏曾佑推薦，章太炎被張之洞招入帳下。章太炎想通過「依靠漢族督撫改變現狀」，欣然前往，並擔任《正學報》的編輯，撰文批駁康有為的今文經學理論。但不久他便發現，張之洞的「中體西用」只是為了在清朝體制下穩健變法，而張也只是利用他與康有為等人的分歧，打壓維新派時，章太炎徑直離去。
章太炎在東吳大學講授中文課程，但他好對學生講民族大義，給學生出的論文是「李自成胡林翼論」，意思是滅亡了大明的李自成，也勝過苦心孤詣維護異族江山的胡林翼。
1899年，章太炎第一次流亡日本期間，結識孫中山。此次見面，章太炎被孫中山「當今中國不流血就不能推翻滿清王朝」的議論深深打動，連連叫好，稱其為「卓識」。1901年，章太炎割發明志，並撰《剪辮髮說》一文，寄給孫中山，此文隨後發表在《中國旬報》上。
章太炎在日本發起紀念支那亡國會，清朝駐日公使蔡均得知後，大為驚恐，請東京警察部門下令解散此會。日本警察便傳訊章太炎等人，章等人「如約偕行，時著華服者只太炎和陳桃痴二人。太炎長衣大袖，手搖羽扇，頗為路人所注目」。日本警察問章等人是清國何省人？章回答：「我們是支那人，非清國人。」日本警察吃驚：「你在國內什麼階層？士族還是平民？」章回答：「遺民。」警察無奈，只好讓他回去了。（此處章太炎所謂「支那人」，乃是故意針對大清國的一種說法，和後來日本對我國的蔑稱不是一個意思；而他自稱「遺民」，則是指叛逆滿清統治的大漢遺民。）
章太炎在為劉成禺的《洪憲紀事詩》作序時，將袁世凱的洪憲解釋為：「袁世凱以明太祖建號洪武。滿清以太平軍為勁敵，其主洪也。武昌倡議者黎元洪，欲用其名以厭勝之，是以建元曰洪憲。」
中華民國成立前，曾開會商討國旗一事。孫中山提出用晴天白日旗，黃興主張用井字旗，袁世凱主張用龍旗，章太炎提議用首先光復南京的江浙聯軍的軍旗五色旗。章說：「紅、黃、藍、白、黑五色，代表我國漢、滿、蒙、回、藏五個民族，寓意五族共和。」於是，五色旗成為中華民國國旗，直至民國十六年改用青天白日旗。
章太炎少時，受外祖父朱有虔啟導。其十一二歲時，朱為其講《東華錄》，說「夷夏之防不可不嚴」。章問：「以前的人有談過這種話沒有？」朱答：「王船山、顧亭林已經談過，尤其是王氏的話，真夠透徹，說道『歷代亡國，無足輕重；只有南宋之亡，則衣冠文物亦與之俱亡了』。」章說：「明亡於清，反不如亡於李闖。」朱回答道：「現在不必作此說。如果李闖得了明的天下，闖雖不是好人，他的子孫卻未必都是不好的人，但現在不必作此說。」
袁世凱上台後，給了章太炎一個虛職：「東三省籌邊使」，並撥給他1萬元費用。章躊躇滿志，到吉林赴任，發表了《籌邊使告東北父老書》和《籌邊使四策》等文告。沒想到剛到東北便受冷遇，無人迎接不說，召見吉林西南道孟憲彝和長春知府德養源，二人竟不理會。章氣憤不已，找到吉林都督陳昭常說：「本使是國家堂堂官吏，他們被傳不到，就是目無本使，就是目無共和國家！」陳昭常知袁的用心，並不和章計較，對章恭敬如儀，好吃好喝招待，最終將章禮送出境了事。至此，章才若有所悟，對袁頗為失望。
當孫中山、黃興等人發動「二次革命」討伐袁世凱的時，章太炎已經和他們分道揚鑣了。在民國成立的初期，章太炎雖為革命元老，但他的意見得不到採納，故對原先的革命同志孫中山、黃興頗有不滿，他一直站在先是同盟會、後為國民黨的對立面。但出人意料的是，他對那個被造反的新軍士兵從床底下拖出來的黎元洪，一直都心生好感，無論政治風雲如何變換，他都鼎力支持黎，以至於有報社記者說：「章太炎先生的政見，無外乎『總統非黎公不可』。」
章太炎曾作《逐滿歌》：
章太炎到唐繼堯處遊說唐，發現唐沒有出兵誠意，而且唐治下秩序混亂，烏煙瘴氣，頗為失望。於是，他在白晝手提燈籠，漫步街市，燈籠上書「大元帥府秘書章」的字樣，引起圍觀如堵。有人問他為何，他道：「此地種鴉片，漆黑一片，不照明何以舉步？」也有說法稱章在門口點著紅燈籠，別人問起，他答：「四海茫茫，到處黑暗。」
1920年，章太炎由最初的反對軍閥割據轉變為贊成軍閥割據，提出「聯省自治，虛置政府議」的主張。次年，黎元洪就任總統，章太炎受勛一枚，到處宣講「聯省自治」，還主張首都「南遷武漢」。
1923年9月，《華國月刊》在上海創刊，章太炎任社長，該刊宗旨為發揚「國故」，挽救「人心」。
章太炎主張排滿，直呼滿清皇帝名諱，語氣十分蔑視，梁鼎芬的弟子朱強甫問章道：「你的祖宗不也有人作過清朝的官嗎？」章太炎答道：「那是為強暴所污，不得以而為之！」
1925年3月，孫中山病逝，靈柩運