日本人佔領香港後，曾送麵粉給陳寅恪夫婦。當時生活物質極端缺乏，據陳哲三《陳寅恪軼事及其著作》所述，「大概有日本學者寫信給軍部，要他們不可麻煩陳教授，軍部行文香港司令，司令派憲兵隊照顧陳家，送去好多袋麵粉，但憲兵往屋裡搬，陳先生陳師母往外拖，就是不吃敵人的麵粉。」
1941年12月8日，太平洋戰爭爆發，日本人佔領香港，陳寅恪立即辭職閑居，日本當局持日金四十萬元委任他辦東方文學院，他堅決拒絕。1942年春，有人奉日方之命，專程請他到已被日軍侵佔的上海授課。他又一次拒命。
面對民族危亡，國民黨政府腐敗無能，消極抗日積極反共，陳寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟發起向蔣介石獻九鼎的無聊活動，勸他參加，他作《癸未春日感賦》：「九鼎銘辭爭訟德，百年粗糲總傷貧」。以示諷刺。
陳寅恪任教於清華時，學人多好去日本研究中國文化，陳憤云：「國可亡，而史不可滅。」又作詩激勵學生道：「群趨東鄰受國史，神州大夫羞欲死。田巴魯仲兩無成，要待諸君洗斯恥。」
新中國的發展強大，陳寅恪也為之歡欣鼓舞。當原子彈試驗成功時，他激動地說：「我國有了足夠的自衛的能力，便可不必依賴他人的保護傘了。」
太平洋戰爭爆發後，陳寅恪冒險從香港回大陸，在海上吟有「萬國兵戈一葉舟，故邱歸死不夷猶」的詩句。
1949年，教育部長杭立武受傅斯年之託，多次派人勸說嶺南大學校長陳序經動員陳寅恪赴台灣任教，陳序經始終沒有答應。杭立武退而求其次，力勸陳寅恪先到香港看看情形，並說這樣可以進退有餘，但陳始終沒有理會。到了國民黨全面潰敗的緊急關頭，急紅了眼的杭立武竟拉著「戰時內閣」財政部長徐堪匆匆趕到嶺南大學，向校長陳序經攤牌，要陳氏一同前往勸說陳寅恪到香港。據說當時杭立武已到了哀求的地步，對陳序經說，如果陳寅恪答應去香港，他馬上可給陳寅恪10萬港幣及新洋房，陳序經聞聽搶白道：「你給10萬，我給15萬，我蓋新房子給他住。」見陳序經不肯合作，杭立武只好親自帶上財政部長直奔陳宅勸說，大有即時兌現之意，陳寅恪仍不為所動。「文革」期間陳寅恪在第七次交代稿中道：「當廣州尚未解放時，偽中央研究院歷史語言研究所長傅斯年多次來電催往台灣。我堅決不去。至於香港，是英帝國主義殖民地。殖民地的生活是我平生所鄙視的。所以我也不去香港。願留在國內。」