1927年6月1日中午，因為又到了一屆學生畢業的時間，所以定在這一天舉行師生的告別會。姚名達負責這次集會。宴會一共有四桌，師生間不拘形跡，歡笑聲洋溢在整個工字廳中。但姚名達發現，王國維所在的那一桌卻寂然無聲，姚名達心下微有疑惑：「不知先生之有所感而不樂歟？抑是席同學適皆不善辭令歟？」
但也有記載說，王國維在宴會中為同學們侃侃而談蒙古雜事。王國維自從1925年接受清華教職以後，改攻西北地理和元史，兩年來著作頗豐。王國維是浙江海寧人，一直以來鄉音不改，別人不大好理解他的話，所以大家聽得聚精會神。平時十分緘默的王國維，此時似乎興緻非凡，學生們很受感染，覺得老師正當盛年，學養深厚，治學興趣如此之高，日後如能繼續受教，定當收益良多。席間有個別學生有感時局動亂而發嘆息，但並沒有影響到整個聚會的氛圍。
在宴會將要結束的時候，梁啟超站起身來向大家致辭，歷述國學研究院諸位同學所取得的優異成績後，滿意地說：「吾院苟繼續努力，必成國學重鎮無疑。」大家靜靜地聽著，王國維聽後也頻頻點頭。
當梁啟超發表演講後又說：「黨軍已到鄭州，我要趕到天津去，以後我們幾時見面，就很難說了！」另外據劉大希《一代畸人王靜安》記梁啟超的講話是：「剛才接到電話，張子良兵敗，北京快有變化，我馬上要到天津去。」梁啟超說完，大家都相驚失色。王國維正好和衛聚賢坐在一張桌子上，他又想起了前幾天的話題，於是問衛聚賢：「山西怎樣？」衛答：「山西很好。」
清華國學研究院所舉行的第二屆學生畢業典禮和師生敘別會就這樣結束了。散會後，王國維與諸位同學一一道別。散會後，王國維隨陳寅恪到了南院的陳家，暢談至傍晚才起身向自己的家中走去。他們此次談了什麼，不得而知，但恐怕離不開北伐以及何去何從的問題。
散會後的不久，姚名達與同學朱廣福、馮國瑞同游於朗潤園中。在回來的路上，朱廣福忽然說道，王先生的家住在哪裡，我還沒有去過呢，一起去看看怎麼樣？到了王國維的家中時，書房中閬然無人，他們叫僕人打電話到南院，問王國維是否在陳寅恪家。回答是肯定的，而且快要回到自己的書房中了。當王國維回來後，他們三人坐在他的書房中，提了許多問題，王國維的回答照例是精鍊的。時間在不知不覺中過了一個小時，王家已經將晚餐擺好了，他們起身告辭，王國維像往常一樣，將他們送到院子中。
晚上，柏生與謝國楨前去王國維的住宅，向王國維詢問陰陽五行的起源問題，並論到某位日本學者在研究干支時的得失。在談話的間隙，涉及到時局，王國維立刻呈現出黯然的神色，向他們表達了避亂移居的想法。他們誰也沒有想到，這是王國維最後一次和同學們的談話了。
偏在此時，有人惡作劇地在北京《世界日報》上戲擬了一份北伐軍入城之後要處理的一批人的名單，其中就赫然有王國維的名字！而竟不知是誰，將這份報紙送給王國維看過了！
蔣復璁《追念逝世五十年的王靜安先生》還提到，王國維認為梁啟超的消息是最為靈通的，由梁啟超口中說出革命軍就要到北京了，這個消息是不會錯的。研究院的學生何士驥此時從城中趕來，帶了北京大學沈兼士、馬衡的口信，勸王國維入城，住到他們的家，北京大學的同人們可以保護他，而且特意提出要請王國維將頭上的辮子剪去，研究院的學生們也大多勸王國維進城暫避，但是王國維卻說：「我自有辦法。」大概此時的王國維已經打定了自殺的主意。
第二天，天色微亮，王國維照常起床，潘氏夫人為他仔細梳髮辮並編結起來，服侍他洗漱之後，和當時在家的三子貞明、女兒東明共進早餐。餐畢，去書房整理了一會後，一人獨自出門，往研究院公事房去了。
八時許，王國維到公事房，看到研究院辦公處同事侯厚培先生已在那裡，這時他才發現已經批改完的學生成績本沒帶，就讓院里的聽差去家裡拿。然後，就和侯厚培商談下學期招生的事情。談完之後王國維請求侯借給他兩元錢，候身上沒有零錢，就隨手給了他一張5元的鈔票。王國維一向不理財，當時清華給他的薪水是每月400元，已經算是高薪階層了，不過他領到工資之後就直接交給潘氏夫人分配使用，平時身上從不帶錢，只有去買書的時候才會向夫人取用。
上午十一點多，陸侃如來找衛聚賢一同去王國維的辦公室去看先生，請王國維為他題籤。他們一同去了，但卻沒有找到王國維。他們認為王國維可能去廁所了，等了好久還不見他的回來，此時已是午飯時間，他們離開辦公室去吃午飯。午飯畢，王國維的家中打電話到辦公室，問王國維怎麼還沒有回到家中去吃飯？這時，人們才著急起來，趙萬里立即問門口的人是否見到了王國維，有一個黃包車車夫說：「王先生坐車往西走了。」趙萬里立刻又向西追去，衛聚賢也一同趕去。到了頤和園的門口後，頤和園的門房說：「一位老人跳湖自殺。」
趙萬里和衛聚賢進去，見到王國維的屍體已經放在了湖邊的亭子下。一位掃亭子的人說：「這位老人，在石船上坐了許久，吸紙煙不停，到湖邊，走來走去，我掃地沒有留意，聽見撲通一聲，不見了人。我跑到湖邊，見他跳下水去，我也跳下去，抱他上來，已經死了。」
水深，不過二尺，但王國維撲下去時，是頭先入了水，以致口、鼻都被泥土所塞，雖然園丁很快將王國維救了上來，但因為他不懂急救術，王國維還是窒息而亡。此時，他穿在裡面的衣服還沒有濕呢。
1927年6月2日（舊曆五月初三），王國維自沉於頤和園的昆明湖中，學界為之震驚！
王國維的三兒子王貞明在給他的二兄高明的信中，也記述了王國維自殺的過程：「……父親大人於前日八時至公事室，如平時無異，至九時許，忽與旁人借洋三元，但此人身無現洋，故即借一五元之紙幣。後即自雇一洋車，直到頤和園，購票入內，至佛香閣排雲殿下之昆明湖旁，即投水。時約離四丈處有一清道夫，見有人投水，即刻亦跳入水，即救上岸。但雖未喝水，然已無氣。入水中至多一分鐘，亦未喝水，因年歲關係，故無救。……及至三時，尚未見回，弟即去找，後聞一洋車夫言，乘車至頤和。弟於五時許即乘洋車亦至該園，於途中即遇早去之洋車（弟乘之洋車夫認識此車夫），上乘一巡警，弟一見此，知非佳兆。然固不出所料。巡警問弟姓名後，即領弟至內認明，復至警察局立案。此消息至校，已七時許。」
當天下午，國學研究院的同學中已經隱約有王國維失蹤的消息，但沒有人往別處想，只認為他可能去避難了。到了傍晚，浙江同學會歡送畢業同學，他們請了王國維，因為平時他就不大願意參加校里的交際宴會，即使不來，也不會引起別人的任何懷疑。大宴會將散的時候，有一個人進來將曹雲祥請到外面私語。過了一會兒，曹雲祥返身進來，向眾人宣布說：「頃聞同鄉王靜安先生自沉頤和園昆明湖，蓋先生與清室關係甚深也。」聽到這樣的話，沒有人不大驚失色的。柏生和吳其昌立即奔出宴會廳到四處去打探消息，途中遇到趙萬里，從趙萬里這裡，他們證實了王國維的死訊，吳其昌不由失聲慟哭。
此時，校里幾乎所有的人都已經知道了王國維的死訊，校長、教務長及研究院的教授、助教諸人，率同學三十多人，坐了一輛汽車趕往頤和園察視遺體。這時已經是夜裡十點左右，因為正是戒嚴時期，看護頤和園的警察不讓他們進入，爭執了許久，園警才允許校長、教職員和校警四人進到裡面。王國維的遺體並沒有立即被拉回清華，園警說要等法院的裁決。其他同學不得已，哭著返回了學校。
在回去的車中，研究院辦公室的侯厚培對他們說：「先生今早八時即到校，命院中聽差往其私第取諸君成績稿本，且共談下學期招生事甚久，言下，欲借洋二元，予即與以五元鈔票一，即出辦公室。至下午二時許，其家人遣人問先生何以未歸，予即詢之聽差，據云：先生上午命雇洋車一輛，不知何往。車為校中挂號第三十五。於是予即至校門口問車夫輩：三十五車何往？皆云：赴頤和園，迄今未返。予即乘自行車往探。時其三世兄貞明聞該車夫云：上午十點鐘許，先生命拉往頤和園，及門，給洋五毫，命在門外候。直至下午三點鐘後，尚未出，門者問何故留此不去，予答雲尚有一老先生在園，是以不敢去也。門者詢以年貌里址，雲此人現已投湖死，即引予入視，屬實，並速予返校報告，而於此遇君。貞明聞訊，即乘該車馳往省視，時已打撈上岸，停魚藻軒中。」
國學研究院的同學們來到王家，連夜幫潘氏夫人布置靈堂，並給在天津的羅振玉發了一封電報：「師今晨在頤和園自沉，乞請代奏。」這裡所謂的「代奏」，即為轉告在張園裡的溥儀。
第二天的下午一點鐘，國學研究院的全體同學都去了頤和園，入門後由園丁引至魚藻軒，王國維的遺體仍