1949年，錢穆隨華僑大學遷至香港，從此，錢穆就開始了孤懸海外、與家人音訊阻隔的後半生。
錢穆的素書樓庭院里，特意種植了家鄉的植物：蘇州紫竹。
1949年錢穆選擇離開大陸，但他對於故土一直懷著深深的眷戀。錢穆80歲時，在夫人陪同下南遊，寫成《八十憶雙親》，緬懷父母養育、教誨之恩及兄長扶掖、幫帶之情，透露出對大陸親人的眷懷與思念。後又寫《師友雜憶》一書，對他的師友交往、著作旨趣、生活道路作了全面、平實的回顧。
錢穆晚年在《八十憶雙親·師友雜憶》中還對家鄉的山水記憶猶新。1914年到1915年的一年間，錢穆每周都坐船往返於無錫梅村、盪口兩鎮。水鄉澤國的美麗景色不僅讓年輕的錢穆心情激蕩，還讓他讀書日益精進：「余坐船頭上，讀《史記·李斯列傳》，上下千古，恍如目前。余之讀書，又獲深入新境，當自讀此篇始。」所以，錢穆在以後的讀書寫作時，必選清凈自然處。
40年間，錢穆與子女也只有四次相聚，分別是1980年、1981年、1984年、1988年，每次長則月余，短則一周。地點則在香港。其情景頗讓人聯想到監牢探視。
1980年夏，錢穆在夫人陪同下到香港與闊別三十二年之久的在大陸的三子（拙、行、遜）一女（輝）相見，歡聚一周。錢穆相當自責對子女沒盡到責任，對於幼女因他的緣故受委屈，格外感到愧疚。
未料這次團圓後一年半，長子錢拙即因淋巴癌去世，錢穆回台後又面臨外界質疑他是否已返回大陸探親。
1984年，錢穆90歲，在港門人舉行壽慶活動，先生得以與二子、二女及孫（松）孫女（婉約）團聚了一個月，享受天倫之樂。
1990年6月1日，錢穆先生不滿當時身為立法委員的陳水扁與台北市議員周伯倫指控他霸佔政府建築物，以九十六歲高齡之身毅然搬離素書樓，卻因此心情不暢，在生命最後的3個月，素書樓庭園內的樹木始終縈繞在他的腦際，清晨，他總是望著窗外問夫人：「樹呢？大樹怎麼不見了？」
眼疾纏身的錢穆，搬家時已不太能出門，也不太肯多講話進食，記憶力明顯減退，僅希望子女能在他生前來台一聚。但天不從人願，終於在度過九十六歲的壽誕後，也就是遷出素書樓才3個月的錢穆，魂歸道山。
1990年8月30日晨，台北大風雨。9時許，錢穆在台北杭州南路寓所平靜地走完了生命的最後一刻，享年96歲。他沒有去西方基督教所幻想的天國，也沒有到佛教所希望的涅槃的彼岸，而是魂歸於祖國母親溫暖的沃土中。
9月2日，遠在北京的馮友蘭向台北錢穆家中發唁電一封。
錢穆故去，李登輝以台灣領導人身分親往致哀，家屬訂於9月26日在台北舉行公祭，沒想到子女親屬奔喪卻又引發風波。錢穆生有三子二女，但皆在大陸。1990年9月2日，得知父親去世的消息，次子錢行、三子錢遜，長女錢易、幼女錢輝遂申請赴台奔喪（長子錢拙於20世紀80年代患癌症去世），參加9月26日在台北舉行的公祭。但由於兩岸關係的原因，遭到拒絕。台灣當局甚至以「公開宣布脫離共產黨」為條件要挾錢穆的胞侄錢偉長（全國人大副委員長）。無奈之下，錢氏子侄只好趕赴香港，參加9月30日在香港新亞書院舉行的公祭。
錢穆死前曾有遺囑：如果人不能回去（指回到大陸故鄉），也要葬回去。為了完成錢穆魂歸故里的遺願，錢夫人胡美琦將丈夫的靈骨一直安放在台北永明寺，等待著歸葬大陸。
錢穆為江蘇無錫人，他逝後，骨灰被送回家鄉安葬，實現了他回歸故土的遺願。
1991年兩岸關係終於開始鬆動。1992年1月6日，胡美琦在素書樓弟子辛意雲先生和邵世光小姐（曾任錢穆的秘書）的陪同下，護送靈骨由台北經香港飛上海，於傍晚到達蘇州。
1月8日，在靈岩山寺做了一天安魂法會。當晚，靈骨被運到西山入室。天氣時晴時雨。
1月9日，是既定的安葬日期。天從人願，終於放晴了。葬禮於上午11時正式開始。墓中的隨葬品是一包書。錢穆一生著述54部，計1700多萬字，這包書是從這些著作中選出的14種。葬儀以傳統家祭禮儀舉行。
參加葬禮的孫輩，除了孫女婉約外，都沒有見過祖父（外祖父）。胡美琦特意安排辛意雲給錢氏子孫講述錢穆的為人與學術。
至此，錢穆先生歸葬於太湖西山之俞家渡石皮山。
錢穆去世後，錢夫人及二三門人搜集、整理的一千七百萬言之《錢賓四先生全集》三編（甲編：思想學術，乙編：文史學術，丙編：文化論述）五十四巨冊，1994年～1997年由台北聯經出版公司出版。