抗戰時期，錢穆在西南聯大講授中國通史。他上課時時常結合歷史與現實串講，激勵學生的愛國之情，上課時每每座無虛席。當時剛遷至西南聯大不久，大家因時局失利情緒低落，在上歷史課時，錢穆經常聯繫中國歷史，充滿信心地說，統一和光明是中國歷史的主流，分裂和黑暗是暫時的，是中國歷史的逆流，勝利一定會到來，給師生很大的鼓舞。
正值抗戰最艱苦的時期，同事陳夢家建議他根據講義，撰寫一本《國史大綱》，振奮民族精神。書生報國惟有筆，錢穆當即接受建議，決定撰寫一部新的《國史大綱》，為全民抗戰盡自己的一份力量。他把自己關在遠離昆明七十公里的宜良縣岩泉寺里，每天筆耕不輟，用了一年時間才大致完成書稿，並於1940年出版。《國史大綱·引論》中指出，「惟藉過去乃可認識現在，亦惟對現實有真實之認識，乃能對現在有真實之改進。」「故欲其國民對國家有濃厚之愛情，必先須使其國民對國家已經之歷史有深厚之認識。」「此種新通史，其最主要之任務，尤在將國史真態傳播於國人之前，使曉然了解於我先民對於國家民族所已盡之責任，而油然生其慨想，奮發愛惜保護之摯意也。」
1935年，日本陰謀「華北自治」，10月，有感於愛國之情與民族大義，錢穆與姚從吾、顧頡剛、錢玄同、胡適、孟森等百餘名大學教授發起一項抗日活動，聯名反對日本干涉內政，敦促國民黨政府早定抗日大計。鑒於錢穆的抗日態度和學術影響，一九四二年秋，蔣介石在成都兩次召見錢穆，請他到重慶機關講中國歷史，談宋明理學。一次蔣介石在報上看到錢穆的一篇講話，很賞識，又打電話又是寫信約他相見，錢穆以距離太遠借故推脫了。後來見面時，他甚至當面勸蔣為了全體國人利益於抗戰勝利後功成身退。
1944年10月，應有關部門要求，錢穆專門撰寫了一篇《中國歷史上青年從軍先例》，號召青年從軍，在青年學生中產生了積極的影響。
1950年秋，「新亞書院」在香港成立，錢穆出任院長。「新亞」之名，據錢穆所言，希望借提倡「新亞洲」，為在香港的中國人爭取稍微光明的未來。錢穆之子女指出，錢穆看到生活在香港的中國人失去精神支柱，希望藉由在百年殖民之地上辦校，倡導中國文化，讓流亡者別忘了要做中國人。
錢穆對國家和傳統文化的認識是一貫的，即使到了晚年，他仍然主張國家應該統一。1986年2月，他以九十二歲高齡發表《丙寅新春看時局》一文，認為「和平統一是國家的出路」，而「歷史傳統和文化精神的民族性，是中國統一的基礎」。
錢穆認為，中國國家的完整與持久統一性，是中國固有傳統；改朝換代只是國內政府改組，而非中國人征服中國人。因此未來中國走向和平統一目標，才符合歷史傳統文化的民族性；不同政治意見都必須在同一個國家的框架下，由中國人來領導中國。
為了大批在香港攻讀中文的中學學生升學需要，香港政府決定在主要提供英國學生就讀的香港大學外，合併由美國人支持的崇基、新亞、聯合三家書院，催生一所新大學。當時取名又成了創校難題，校名爭議難下，有人主張「九龍大學」，也有人認為「中山大學」為佳，錢穆提議，在香港這個特殊地區，使用「中文」作為新大學名稱，具有一定象徵意義，並符合籌設時英文直譯的背景，終將名稱定案。也由於錢穆堅持國家民族立場，向英國政府極力爭取，中文大學首任校長由中國人李卓敏出任。