1927年，33歲的錢穆在蘇州省立中學任教。胡適應邀到蘇州女子師範、蘇州中學作演講，他來蘇州的目的之一就是想見錢穆，因有人介紹「莫望一見蘇州中學之錢某」。當時的錢穆正致力於《先秦諸子系年》一書的寫作，並發表一部分於南京某雜誌，但是有兩書討論《史記·六國年表》，始終找不到。錢穆「驟見一天下名學人」，故「不覺即出口詢之。適之無以對。」尷尬的胡適不作答，以「忘帶刮鬍子刀」「積習非此常用刀不可」為借口，欲返滬。胡適臨行前，給錢穆留一上海地址，「曰，來上海，可到此相晤。若通訊，亦照此地址。」這是兩人初次見面，胡適正式與錢穆說的僅有的一句話。這也是日後錢穆與胡適不諧的原因之一。錢穆在晚年對這件事亦做了自己的反思，但更多的仍是對胡適的不理解。
錢穆反對「新文化運動」，他評「新文化運動」：「凡中國固有必遭排斥」，「厚誣古人，武斷已甚」，「譴責古人往事過偏過激」。對胡適本人，錢也連帶批判：「當時中病實在一輩高級知識分子身上。而猶如新文化運動諸巨子，乃群據大學中當教授，即以大學為根據地大本營」，「胡適之在北京大學明白昌言，中國之有大學必確然自北京大學始。『二十五史』所載歷代國立太學皆擯不得列於大學之林。此誠無法解說者。」對自己，則慶幸：「時余已逐月看《新青年》，新思想新潮流至湧來。而余已決心重溫舊書，乃不為時代潮流挾卷而去。及今思之，亦余當年一大幸運也。」「至於當時國人群慕西化，則自慚譾陋，未敢妄議。」
錢穆與胡適二人在老子生年、《說儒》等學術問題上觀點迥異，時有爭辯。胡適雖對錢穆的《劉向歆父子年譜》的考據謹嚴，十分佩服，常常對學生們做義務的宣傳；但在課堂上，他對錢穆等人的關於老子和《老子》一書的時代論爭，卻也慷慨陳辭，奮力抨擊。錢穆在講課中，也隨時聯繫批評胡適的一些論點，常說：「這一點胡先生又考證錯了。」
一次，商務想請胡適編一本中學國文教材，胡適認為錢穆有多年中學教書經驗，希望他與自己合作主編。能與胡適一起編書，是許多人夢寐以求的事，錢穆卻婉言謝絕了，認為兩人對中國文學觀點大相徑庭，一起編不合適，最好各人編一本，讓讀者比較閱讀。胡適沒想到他會拒絕，氣得拂袖而去，從此兩人漸行漸遠。
錢穆早年對於胡適讚譽有加，認為他「介紹西洋新史學家之方法來治國故，其影響於學術前途者甚大」。但對胡適亦有批評的。他提到胡在寫作時，由於匆忙而對一些問題的處理顯得潦草。但他馬上又說：「要之其書（胡適《中國哲學史大綱》）足以指示學者以一種明確新鮮之方法，則其功亦非細矣」。甚至在將胡適與梁啟超比較時，錢穆仍然偏好胡適。他說雖然梁的著作「精美詳備」，「惟其指陳途徑，開闢新蹊，則似較胡氏為遜」。錢穆對東南大學柳詒徵對章太炎、梁啟超、胡適的批評，不以為然，認為梁、胡等的作法，有扭轉風氣之功。
錢穆認為胡適「世俗之名既大，世俗之事亦擾困之無窮，不願增其困擾者，則亦遠避為事」，因此兩人的再見面，已是在錢穆赴北平燕大任教時。錢穆與顧頡剛為討論老子年代問題，赴胡適家。胡適沿襲清人的一種說法，認為老子年代早到春秋晚年，略早於孔子，並在《中國哲學史大綱》中，把那個神仙化的「老子」還原為哲學化的老子。錢穆舊作《關於老子成書年代之一種考察》，認為老子晚到戰國，晚於孔子，略早於韓非。胡適堅持己說，首先受到梁啟超的反對，與馮友蘭、顧頡剛、錢穆的意見也都相左。錢穆似乎認為胡適的觀點不值一駁。
坊間有很多關於錢穆、胡適兩人爭論老子問題的趣聞，於幽默之中反映了兩者的尖銳分歧。據說胡適在北大講課對於老子的年代問題和錢穆的意見不和，有一次他憤然地說道：「老子又不是我的老子，我哪會有什麼成見呢？」不過他的態度還是很客觀的，當一位同學問他錢先生的說法和他不同，究竟哪一個對時，胡適答道：「在大學裡，各位教授將各種學說介紹給大家，同學應當自己去選擇，看哪一個合乎真理。」
張中行在《紅樓點滴》一文也有類似的記載：「胡書早出，自然按兵不動，於是錢起兵而攻之，胡不舉白旗，錢很氣憤，一次相遇於教授會，錢說：『胡先生，老子年代晚，證據確鑿，你不要再堅持了。』胡答：『錢先生，你舉的證據還不能使我心服，如果能使我心服，我連我的老子也不要了。』」這次激烈的爭執以一笑結束。
胡適患病住院，有人責問錢穆：「適之尊君有加。今病，訪者盈戶，君寧可不去？」錢穆答，「此顯屬兩事，君併合言之，將教余何以為人。」
錢穆深感「余自入北大，即如入了一是非場中。」當時錢穆和胡適分別講授的課程吸引了眾多的學生，原因之一是他們的觀點對立，錢稱「大凡余在當時北大上課，幾如登辯論場」。
錢穆在北平七八年，胡適僅來訪過一次。而且胡適來，僅為告訴蒙文通解聘之事。當時錢穆據理反駁，胡適自知理屈，兩次「語終不已」，「兩人終不歡而散」。錢穆亦從中感到了一絲涼意，似亦隱含落聘之憂，他在北平購書五萬餘冊，嘗笑語友人：一旦學校解聘，可擺一書攤，不愁生活。當然他與胡適失和，也並沒有影響胡適聘他任北大教授。但是一涉及到實際問題，胡適的態度就很分明。任繼愈曾回憶，有一年歷史系系主任陳受頤休假，有人提議系主任是否由錢先生接替。當時胡適任文學院長，說：「錢先生剛來北大時是副教授，現在已是教授了。」沒有往下說，這個建議就擱淺了。到了台灣以後，胡適任中央研究院院長，在他有生之年，錢穆一直也沒能評上院士。李敖曾為此抱不平：「他（指錢穆）在古典方面的樸學成就，卻更該先入選成院士。」
1958年4月，胡適赴台接任中研院長，不少錢穆的學生質疑中研院院士獨缺錢穆，欠缺代表性，不過雙方歧見已深，門戶之爭的結果，錢穆還是無緣被提名。錢穆一度動意氣，1966年，雖有多名資深院士主張提名錢穆，但他斷然拒絕，錢穆反問，早在1948年，中研院就提名八十多名院士，他難道不該入列？雖然弟子們反覆勸說，直到兩年後錢穆才願意接受提名，並隨即獲得全票通過。