錢穆一生以教育為業，五代弟子，冠蓋雲集，余英時、嚴耕望等人皆出門下。
錢穆做小學教師10年，中學教師8年，任大學教師時間更長。但他對小學教師生活卻情有獨鍾。他說，在小學任教時，每校學生都在百人左右，師生相聚，同事如兄弟，師生如家人。每天住在學校，吃在學校，工作在學校，團體如家庭，職業即人生。學校就像堂屋，故在小學任教，總覺心安。而中學、大學規模比小學大，人員比小學雜，師生之間、同事之間來往也比較煩瑣。由此才知中學教師、大學教師更是個職業。
晚年錢穆曾多次對人說，教大學不如教中學，教中學不如教小學。
1930年，錢穆因發表《劉向歆父子年譜》成名，被顧頡剛推薦，聘為燕京大學國文講師。錢穆最高的文憑僅為高中（尚未畢業），完全是靠自學成才的。錢穆居北平八年，授課於燕京、北大等名校，並在清華、北師大兼課，與學術界友人時相切磋。抗戰軍興，輾轉任教於西南聯大、武漢、華西、齊魯、四川各大學。
燕京是一所教會大學，在北平各大學中，非常有名氣。當時校務主要由監督司徒雷登主持。一天，司徒雷登設宴招待新來教師，問大家到校印象。錢穆在會上直抒己意：「初聞燕大乃中國教會大學中最中國化者，心竊慕之。及來，乃感大不然。入校門即見『M』樓、『S』樓，此何義？所謂中國文化者又何在？此宜與以中國名稱始是。」事後，燕大特開校務會議，討論此一意見。最終採納了錢穆的建議，改「M」樓為「穆」樓，「S」樓為「適」樓，「貝公」樓為「辦公」樓，其他建築也一律賦以中國名稱。校園一湖，所有提名都未得到認可，因為一時無名，遂根據錢穆的提議取名「未名湖」。事後有人和錢穆開玩笑說，你提個意見，得了一樓，與胡適分佔一樓，誠君之大榮也。
錢穆做事特立獨行。剛到燕大時，他對學生要求十分嚴格，批學生試卷時給分十分吝嗇，八十五分以上極少，通常只批八十分，大部分在八十分以下，一個班總有幾個六十分以下的。他原以為那幾個學生可以通過補考過關，不料燕大規定一次不及格就開除，不許補考，從無例外。聽說幾個學生因為他批的分數過低將要失學，錢穆立刻找到學校當局，申說理由，要求重批試卷，學校一開始以向無先例加以拒絕，經他力爭，終於破例讓他重判了試卷，讓那幾個學生留了下來。此後閱卷，給分也就大方多了。
錢穆在燕大教大一、大二國文。他以紮實的國學功底和妙趣橫生的演講，贏得了學生們的肯定和歡迎。但是執教一年後，錢穆終因不適應教會大學的環境，辭職南歸了。
錢穆從燕大辭職後，顧頡剛向自己的老師、北大文學院院長鬍適推薦錢穆，於是錢穆到北大任教。錢穆在北大講授通史課，事實性強，不騁空論，有據有識，簡要精到，並能深入淺出，就近取譬。如他比較中西文化，喻秦漢文化猶如此室的四周遍懸萬盞明燈，打碎一盞，其餘猶亮；羅馬文化為一盞巨燈，熄滅了就一片黑暗。當時錢穆將通史課的教室設在北大梯形禮堂，面積是普通教室的三倍，「每一堂近三百人，坐立皆滿，盛況空前」。課堂之大，聽眾之多，和那一排高似一排的座位，襯得下面講台上穿著長衫的錢穆似乎更矮小了。但這位小個兒導師，卻支配著全堂的神志。一口洪亮的無錫官話，震撼了在座的每一位學生的心。他對問題往往反覆引申，廣徵博引，使大家驚異於其淵博，更驚異於其記憶力之強。在北大，他與胡適都因以演講的方式上課而馳名學校，成為北大最叫座的教授之一，在學生中即有「北胡南錢」之說。
王玉哲也在《我和中國上古史》中回憶說：「在北大歷史系講中國上古史課的，是當時古史名家錢穆先生。錢先生講上古史與別人不同，不是從遠古講起，而是先講戰國，再逆向講春秋。並且也不是一章一節、面面俱到地講，而是以學術問題為中心，從發現問題到解決問題，層層剖析，講得娓娓動聽，很能啟發人深入思考。」
錢穆在北京大學講授上古史的同時，又主講秦漢史，在清華大學、燕京大學、北平師範大學兼課時，也講授這門課程，深得各校學生的歡迎。據他的學生李埏回憶，1936年下半年，錢穆在北平師範大學歷史系講授秦漢史。當時聽者雲集，座無虛席，偌大的教室被擠得水泄不通。整個學期，錢穆「從未請過一次假，也沒有過遲到、早退。每上課，鈴聲猶未落，便開始講，沒有一句題外話。他以熾熱的情感和令人心折的評議，把聽講者帶入所講述的歷史環境中，如見其人，如聞其語」。
錢穆最受學生歡迎的是中國通史，這堂課先後上了八年之久。中國通史課每周兩堂，每堂兩小時。多安排在下午一點到三點，這時通常是學生最疲倦的時候，他卻能把枯燥的歷史課講得生動迷人，成了最吸引人的課，除了北大學生，其他高校學生也慕名前來旁聽。人一多不得不從小教室換到大教室，「每一堂將近三百人，坐立皆滿。」（《師友雜憶》）有的人一聽就是四年。其中有一個姓張的學生從北大一直聽到西南聯大，總共聽了六年之久，可見其吸引人的程度。錢穆也被學生評為北大最叫座的教授之一。
當年在北大有三個教授在學生中十分有名，被人稱為「歲寒三友」。「所謂三友，就是指錢穆、湯用彤和蒙文通三位先生。錢先生的高明，湯先生的沉潛，蒙先生的汪洋恣肆，都是了不起的大學問家。」
1937年「七七事變」後，日軍全面侵華。八九月間，日軍進佔北大校舍。北方各高校紛紛南遷，北大、清華、南開三校合併，在長沙組成臨時大學。錢穆將歷年講授中國通史增刪積成的五六厚冊筆記裝入衣箱底層夾縫，在十月與湯用彤、陳寅恪等人南下長沙，開始了抗戰時期流轉西南八年的學術生涯。與在北大時期一樣，錢穆在西南聯大主講中國通史，也吸引了大批學生。他的《國史大綱》新義迭出，創見尤多，被定為全國大學用書而一紙風行。所以內遷西南的各個高校都紛紛請他講學。
錢穆對顧頡剛一直抱有知遇之恩。在抗戰時期，顧頡剛在成都借齊魯大學設立國學研究所，希望錢穆任主任，錢遂離開西南聯大，於1940年到成都協助顧。雖然研究所所處的成都賴家園僻處鄉野田間，但錢穆認真講授，培養了嚴耕望、方詩銘等歷史學家。
錢穆之離開西南聯大，自然是由於顧頡剛的邀約，但也與那時校園的激進空氣有關。錢穆自述：「自余離開聯大以後，左傾思想日益囂張，師生互為唱和。聞一多尤為跋扈，公開在報紙罵余為冥頑不靈。……凡聯大左傾諸教授，幾無不視余為公敵。」
錢穆教作文的方法很有趣。他認為，作文就是說話，口中如何說，筆下就如何寫。出口為言，下筆為文。他要求學生想說什麼如實寫下即可，遇到不認識的字，可以隨時提問。一天下午，錢穆要求學生做作文，作文題目為《今天的午飯》。學生的作文交上來以後，錢穆選擇一篇寫得好的抄在黑板上。這篇作文結尾是這樣寫的：「今天的午飯，吃紅燒肉，味道很好，可惜咸了些。」通過這篇作文，錢穆告訴學生，說話、作文要有曲折，要有回味的餘地，就像這篇作文的最後一句：「可惜咸了些。」
抗戰勝利後，北大復校。傅斯年代理校長之職，負責北大接收、複員和北遷事宜。但錢穆卻沒有得到返回北平的邀請。30年代，錢穆任教北大時，即與傅斯年相識。錢穆早年作為考據名家，被傅斯年視為史料考證派的同志，二人彼此往來問學，保持著不錯的關係。但是錢穆與他在學術觀點上又是同不勝異的。在錢穆看來，考古派迷信地下出土材料而將古代典籍拋之腦後，這做法與疑古派一味疑古、否定典籍同樣有害，甚至有過之而無不及。在西南聯大時期，隨著錢穆自己史學理論體系的日漸成熟，對史料考據派進行了全面批判。為此，作為學派領袖的傅斯年對錢穆的攻擊自然不會高興。北大復校，錢穆不在被邀之列，這恐怕是重要原因之一。至此，錢穆告別了北大。
錢穆到達香港後，即創辦新亞書院（今並於香港中文大學），收留戰亂流離的學生。錢穆秉承了中國傳統知識份子經世救國的抱負，他坦言：「我創辦新亞的動機，是因為當初從大陸出來，見到許多流亡青年，到處彷徨，走投無路，又不是人人都有機會到台灣來；而我覺得自己是從事教育工作的人，怎忍眼看他們失學。同時，也覺得自己只有這一條適當的路可以走。雖然沒有一點把握，但始終認定這是一件應當做的事。」
1952年，18歲的李敖初次拜訪錢穆。錢穆對李敖態度誠懇，循循善誘，慰勉有加；對於自己不知道的東西，錢穆還虛心向李敖求教。日後，錢穆和李敖書信來往多年，錢穆曾在信中殷殷規勸：「昨奉來書，知君努力學問，與日俱進，著能持之以恆，繼續不懈，將來必有成就，可喜可賀。」「學問之事，首貴有恆心，其次則防驕氣，小有所成，志得意滿，中道而止，雖有脫秀之質，犯此二病，終不能有遠到之望，唯立志