1912年1月8日，南京臨時參議院成立，黃侃當選為參議員。同年，黃侃出任上海《民聲日報》總編輯，邊辦報邊研究小學、經史等。旅居上海時，黃侃對辛亥革命後袁世凱的篡權進行了深刻反思，認為「……革命功成，實由民氣。民氣發揚，端賴數千載姬漢學術典柯不絕，歷代聖哲賢豪精神流注，俾人心不死，種性不亡。是以國祚屢斬而不殊，民族屢危而復振。且以已承父師之業，將欲繼絕學，存國故，植邦本，固種性。故自光復後，不欲與政事。平生興國愛族之心，一寄於文辭。欲持此為報國自請之具。」從此棄政從文，埋頭國學。這是黃侃一生的轉折點。
黃侃論學問之道曰：「學問之道有五：一曰不欺人；二曰不知者不道；三曰不背所本；四曰為後世負責；五曰不竊。」又云：「治學第一當恪守師承，第二當博學多聞，第三當謹於言語。」
黃侃論學術云：「學術二字應解為『術由師授，學自己成』。」又雲，「凡古今名人學術之成，皆由辛苦，鮮由天才；其成就早者，不走錯路而已。」「學問最高者，語言最簡。」
黃侃言初學之病有四：一曰急於求解，一曰急於著書，一曰不能闕疑，一曰不能服善。故黃侃有一句經典名言：五十之前不著書。這句話半個世紀後還在武漢大學校園內廣為流傳，成為他治學嚴謹的證明。黃侃生前，章太炎曾多次勸他著書立說，但黃終不為所動。後因早逝，故留傳於世的著作不多。章太炎在黃侃的墓志銘中寫道：「（黃）尤精治古韻，始從余問，後自為家法，然不肯輕著書。餘數趣之，曰：『人輕著書，妄也；子重著書，吝也。妄不智，吝不仁。』答曰：『年五十當著紙筆矣。』今正五十，而遂以中酒死。」
黃侃論成才云：「通一經一史，文成一體，亦可以為成人矣。」
黃侃曾言，讀書前「要如一字不識人」，方能讀書。黃侃讀書，喜歡隨手圈點。他圈點時非常認真，許多書都不止圈點了一遍。如《文選》圈點數十遍，《漢書》、《新唐書》等書三遍。《清史稿》全書一百冊，七百卷，他從頭到尾，一卷一卷地詳加圈點，絕不跳脫。因此，他把讀書時只隨便翻翻，點讀數篇輒止者稱作「殺書頭」，很不以為然。關於黃侃讀書之苦，許多學者津津樂道，但他並不以為苦事。有一次，黃侃與學生陸宗達閑聊，黃問陸：「一個人什麼時候最高興？」陸不知道老師此問何意，就亂猜一通，說這個最高興，又說那個最高興。黃侃聽後，都只是搖搖頭。最後，陸問老師答案是什麼，黃侃笑著說：「是一本書圈點到最後一卷還剩末一篇兒的時候最高興。」這次談話讓陸宗達終生銘記於心。
黃侃在北京大學主講國學之際，終日潛心「國故」，常廢寢忘食。一次，友人登門拜訪。進門見黃一手持饅頭欲吃又止，一手捧書，知其正沉溺書中，不便打擾，即靜坐恭候。忽然，「啪」的一聲，友人大吃一驚，原來黃讀到開心處，先在桌上猛擊一掌，再將饅頭蘸進硃砂和墨汁盒後放入嘴裡，臉上被弄成了一個大花臉。
黃侃常對人說：「學問須從困苦中來，徒恃智慧無益也。」他以為「治學如臨戰陣、迎敵奮攻，豈有休時！所謂扎硬寨、打死仗，乃其正途」。每讀，必正襟危坐，一絲不苟，白天不管如何勞累，晚上照常堅持雞鳴始就寢，從不因人事、貧困或疾病而改變。有時朋友來訪，與之縱談至深夜，客人走後，他仍要坐在燈下校讀，讀畢才就寢。民國二年（1913年），他旅居上海時，窮困特甚。除夕之夜，街里爆竹喧喧，通宵達旦，而他卻兀坐室內，一燈熒然，精心研讀，不知睏倦，直到晚年臨終前，一面吐血，一面堅持將《唐文粹補遺》圈點批校完。
黃侃臨終之際，所讀《唐文粹續編》尚有一卷沒有批點完，他吐著血，嘆息道：「我平生罵人殺書頭，毋令人罵我也。」
黃侃臨終前，不斷吐血，醫生注射安眠止血藥劑，「乃稍稍入睡，昏卧喃喃若夢囈，多涉學術語」。