勝利者有足夠的理由對失敗者進行清算。
羅卜藏丹津逃到準噶爾後，清廷對青海僧俗百姓進行大屠殺，先後有8萬餘人遇害，和碩特蒙古人口銳減，實力大衰。
而對於大多參與羅卜藏丹津起義的寺廟，清廷更是認為「成藏垢納污之地」 ，大力進行消減，對寺院的喇嘛人數及房屋規模加以嚴格限制，規定「寺廟之房不得超過200間，喇嘛多者300人，少者十數人」 ，並由中央政府定期稽查。
羅卜藏丹津逃至準噶爾汗國後，受到策妄阿拉布坦、噶爾丹策零兩代汗王的保護，甚至引發了清准之間的大戰。但在1755年，準噶爾汗國滅亡，他還是做了清朝的俘虜，被押送北京。
乾隆皇帝以蒙古各部都已歸服，若殺他只會「有損聖德」，便免其死罪，並賞給房屋，令其居住，同時授任其二子為藍翎侍衛。羅卜藏丹津後來老死於北京，竟然得了善終。
只是，那些追隨他的子民們，卻沒有那麼好的結局了。