葉爾馬克很快發現自己有些高興的太早了。
雖然佔領了汗國的首都，但西伯利亞的統治中樞並沒有被破壞，汗王庫楚姆、王子馬麥特庫爾、重臣卡拉恰酋長這些堅決與俄羅斯為敵的人一個都沒有死或者被俘虜。
在首都伊斯凱爾城牆之外的廣闊土地上，他們隨時都在進行著反擊。
在佔領伊斯凱爾還不到一個月，二十名哥薩克出城到湖裡捕魚時遭到馬麥特庫爾的突然襲擊，只有一個人僥倖逃脫。
當葉爾馬克派手下的五十人長勃利亞茲去招撫額爾齊斯河下游的各個酋長國，收取貢賦時。原本以為會順利的哥薩克迎頭便遇到了忠於庫楚姆汗的捷米揚酋長和羅曼酋長率領奧斯卡克人拚死抵抗。為了震懾敵軍，勃利亞茲將抓到的酋長倒懸弔死，其他俘虜則被槍斃或斬首，用血腥的手段才使當地人屈服。
葉爾馬克和庫楚姆汗的地位對調了，原本主動的他在獲得勝利後反而陷入了被動挨打的境地。庫楚姆汗卻可以靈活機動的組織對他的進攻。
對付游擊戰的方法就是情報戰，如果掌握了情報，小股騷擾的游擊部隊便會成為獵物。曾經是匪首的葉爾馬克深諳此道，為了扭轉局勢，他對於臣服的汗國貴族極盡籠絡，從而掌握了很多有關庫楚姆汗的情報。
1583年2月19日，一個汗國貴族巴赫塔向葉爾馬克報告，馬麥特庫爾王子正帶著小股部隊在離額爾齊斯河不遠的庫拉爾湖活動。葉爾馬克立即派出60名哥薩克前去埋伏，夜晚偷襲了馬麥特庫爾的宿營地。毫無準備的王子被生俘，身邊的戰士全部被殺。
為了避免更激烈的反抗，葉爾馬克沒有殺死馬麥特庫爾，而是把他送往莫斯科。在那裡王子受到了禮待，後來還成為了一名俄軍上校。
馬麥特庫爾的被俘使庫楚姆汗失去了重要的將領，為了報復，他與卡拉恰酋長一起商定了以牙還牙的計策。
是年9月，卡拉恰酋長派出使節向葉爾馬克投降，並提出希望他能幫助自己鞏固領地，避免庫楚姆汗的進攻。得知卡拉恰和庫楚姆汗已經分裂，葉爾馬克大喜過望，沒有過多考慮便派伊凡·科里佐帶領40人前去。
卡拉恰酋長對來訪者進行了熱烈的歡迎，不但設宴款待，還在宴會上將他們全部砍了腦袋。
科里佐是葉爾馬克麾下的大將，向沙皇報捷時在莫斯科更是受到了最高禮遇，每天享受國宴。可沒想到最後竟死的如此窩囊，而且還在被殺死之前說出了伊斯凱爾城中的俄軍缺糧而且壞血病流行的消息。
這個消息對於一直準備反攻的汗國軍太重要了。卡拉恰酋長立即開始調集部隊，向著伊斯凱爾城開拔。漢特人、沃古爾人、巴什基爾人從四面八方彙集而來。
汗國軍聚集的時間長達5、6個月，直到1584年3月才集結完畢，如此長的時間，俄軍本該察覺得到，但這時軍中的靈魂人物葉爾馬克正在額爾齊斯河上游掃蕩不願納貢的村寨，沒有人負責情報工作。等到哥薩克們發覺四周到處都是密密麻麻的人群時，城市已經被圍得水泄不通。
卡拉恰酋長知道俄軍火器厲害，強攻只能徒增傷亡，於是圍而不打，將俄軍圍困在城裡。原本就缺糧的俄軍頓時陷入絕境，不到一個月，糧食便完全吃完，只能以死屍果腹。
只要再有幾天，不用卡拉恰動手，哥薩克們就會活活餓死。
就在此時，哥薩克們再次發揮了他們職業軍人的素質和亡命徒的性格，為了不坐以待斃，在卡拉恰的軍隊士氣最高而又放鬆警惕的時候發動了一次夜襲。
組織夜襲的是兩個百人長馬維特和麥舍利雅克，經過觀察，他們了解到卡拉恰酋長的大營所在地，在一天夜裡，只用百餘人對圍城大軍的心臟發起了進攻。
原本以為勝券在握的卡拉恰酋長根本沒有想到本應該餓得拿不動武器的俄軍會突然出現在自己面前，而且凶神惡煞般勢不可擋。他的兩個兒子當場戰死，卡拉恰酋長只帶著兩三個僕人逃脫了追殺，拋下自己的軍隊倉惶而走。
沒有了首腦的圍城部隊頓時亂作一團，雖然俄軍已經沒有餘力再進攻他們，但仍然逐漸散去。
庫楚姆汗的苦心再次付諸流水。
當年11月，由莫斯科出發的500名射擊軍到達了伊斯凱爾城，這是由伯爵鮑爾霍夫斯基率領的帝國正規軍。但與葉爾馬克相比，這些軍爺根本不適合與西伯利亞的抵抗軍打交道，不但對小股游擊隊的襲擊束手無策，還很快患上了壞血病，成群地死去。到最後，連指揮官鮑爾霍夫斯基都一命嗚呼。
而葉爾馬克卻繼續著征服的使命，繼續向西伯利亞深處挺進，一路上凡是抵抗的酋長國和村寨一律實行三光政策，繳獲的珍寶、毛皮不計其數。直到到達塔拉河口後，才因為補給問題不得不退回了伊斯凱克。
面對著無能的帝國正規軍，葉爾馬克除了鄙夷，就是自豪——自己才是這片土地的主人，帝國的利益，只有靠自己才能在西伯利亞實現！
但還有些事情讓他不安，一個是因為壞血病，一個便是庫楚姆汗。那個頑固的汗王現在在哪裡？
圍城戰失敗後，庫楚姆汗所能夠調動的部隊已經很少了，得力助手馬麥特庫爾、卡拉恰都已不在。他的處境已經很不樂觀，但這個倔強的汗王仍然隨時在關注著葉爾馬克。即使已經無力恢複國家，他也要為死在其手下的子民復仇。
當葉爾馬克從塔拉河口返回後，庫楚姆汗再一次開始了運籌。
1585年8月，一個情報在俄軍佔領區傳播著：有一個布哈拉的商隊將渡過瓦卡依河前來伊斯凱克城，庫楚姆汗率兵劫擊，商隊正在瓦蓋河一帶，急需救援。
保護商隊是葉爾馬克分內的職責，得到情報後，他立即出發。上過當的他，這次非常謹慎，率領了300個哥薩克，這是他剩下的老部下中的大部分。對於用840人長驅直入征服汗國的他來說，這300人足以應付任何情況。
但庫楚姆汗沒有再與葉爾馬克硬拼，而是完全使用了游擊戰術。
葉爾馬克走到瓦蓋河口後，遭到了一支小部隊襲擊，將其擊退後，卻並未打聽到布哈拉商隊的任何消息，於是沿額爾齊斯河向上游挺進。在伊施姆河的河口附近，他又一次擊退小股敵人的騷擾，在塔沙特干城了停下來。可是派出去的探子仍然沒有得到商隊的消息。葉爾馬克隱隱感到會有個圈套等著他，他下令調頭返回。
一直在暗處窺視著哥薩克軍動向的庫楚姆汗連忙再一次派人在周圍的村寨中散步消息：布哈拉商隊沿瓦蓋河向下遊走去。這種散布的消息比派人偽裝姦細去通報更能讓葉爾馬克相信，他急忙趕往該河的下游。
迎著假想的商隊，葉爾馬克和他的哥薩克一路不停，但總是未能找到。這種詭異終於讓葉爾馬克決定放棄自己的職責，不再尋找下去了。但多日的行軍和戰鬥讓部隊很疲勞，於是，8月14日，在瓦蓋河口附近的額爾齊斯河岸邊停下來宿營。
這天晚上傾盆大雨下個不停，哥薩克們都沉沉睡去，連哨兵都打起了盹。在一片鼾聲中，一個身影溜進了營地偷走了熟睡的俄國哨兵的三支火繩槍和三袋子彈。
這是一個庫楚姆汗的偵察兵，他將這些東西作為俄國人完全沒有防備的證據交給了不遠處密林中的汗王。
得知對手已經完全鬆懈，庫楚姆汗率領自己的部隊向俄國人的營地移動，半夜到達時，包括葉爾馬克在內的所有俄國人仍然在夢鄉里渾然不知。
一場屠殺開始了。
庫姆汗的士兵們用刀矛將睡夢中的哥薩克一個個刺死，為了不引起騷動，有的乾脆扼住熟睡的俄國人的咽喉。這支在西伯利亞橫行無忌的軍隊霎時間成為了一具具死屍。
憑藉著多年養成的機警，葉爾馬克醒來了，饒是他多麼善於應付突發事件，也無法挽回，除了逃走，他什麼也做不了。也許他再一次看到了庫楚姆汗，但與當年在楚瓦什岬遙遙相對不同，那時他是征服者，而現在卻成了俎上魚肉。
憑藉著高強的武藝，葉爾馬克一面用佩劍擊退圍攻者，一面奔向河岸，靠著沙皇御賜寶甲的保護，他衝到了河邊，向著停泊在岸邊的一隻舢板跳去。
只要能登上船，他就逃出生天了。可笨重的鎧甲讓他失足落水。在頓河、伏爾加河闖蕩的他原本是會水的，但仍是那身鎧甲讓他根本無法游泳，一代梟雄掙扎了幾下便沉了底，溺死在額爾齊斯河中。
一周之後，一個漁人在瓦蓋河的下游某地發現了葉爾馬克的屍體，那件帶給他榮耀又將他拖入死亡的寶甲再一次發揮作用，證明了他的身份。
整支部隊只有一個哥薩克幸運的乘小船逃生，回到了伊斯凱爾城，並把葉爾馬克和部隊人員死亡的消息帶給這裡的守軍。
庫楚姆汗終於消滅了這個幾乎讓自己失去一切的仇敵，當他坐鎮首都指揮全國的軍隊抵抗入侵時，往往犧牲數千人只能讓哥薩克付出不到百人的傷亡，如今自己四處游擊，居無定所，卻輕而