回到大本營的博碩克圖汗噶爾丹，很快就被疑心、謠言和誹謗所包圍，這一切，都源於他出色的侄子策妄阿拉布坦。
那場小規模的叛亂之後，一些謠言便不脛而走，內容讓噶爾丹心緒不寧：僧格的長子策妄阿拉布坦，次子索諾布阿拉布坦是這次叛亂的始作俑者。甚至身為兩位阿拉布坦親弟弟的丹津鄂木布也出於嫉妒，對兩個哥哥極盡詆毀。
身為佛教徒，心中的疑惑，必然要找全能的佛祖來排解，噶爾丹請由西藏前來的奈沖鄂木布喇嘛占卜吉凶。
占卜的結果，透著濃重的血腥氣：策妄阿拉布坦和索諾布阿拉布坦是叛亂篡權的根苗，應該除掉 。
疑心一旦得到證實，哪怕是不符合事實的證實，都會演變為可怕的行動。
一天夜裡，索諾布阿拉布坦喝奶茶的碗里被放入了不知名的藥粉，這個不幸的年輕人便不明不白的死在了自己的帳中。
當策妄阿拉布坦外出返回的時候，面對的，除了弟弟僵硬的屍體外，還有無處不在的肅殺氣氛。
再不設法自保，自己也會很快步弟弟的後塵。可該如何自保呢？
僧格的七個舊臣在此時來到了少主身邊，勸他立即脫離噶爾丹另謀發展。策妄阿拉布坦於是在暗中積極召集父親的舊部，準備舉事。
準噶爾汗國的大分裂從此時開始出現第一個豁口。噶爾丹作為可汗，要負全部的責任，他要麼對侄子們繼續信任並給予恩賞，使之與自己和衷共濟，要麼乾脆斬草除根，以絕後患。這種殺一個，而對另一個遲遲不採取行動的做法，是絕對的愚蠢。
愚蠢的後果往往極為嚴重。
1689年春，做好準備的策妄阿拉布坦與七位僧格舊臣一起，率領5000部眾離開科布多西走，明白的表明與噶爾丹分庭抗禮。
倉促之間，噶爾丹親率2000軍隊前去追擊，深得叔叔戰法的策妄阿拉布坦青出於藍，在烏蘭烏蘇擊敗了噶爾丹，迫使他返回科布多。
從此，策妄阿拉布坦逐漸擴展勢力，招兵買馬，逐漸控制了阿爾泰以西的準噶爾地區，在西部對噶爾丹形成了巨大威脅。
準噶爾汗國雖然還只有一位可汗，但已經分為實際上的兩部分，而噶爾丹征戰多年獲得的屬國，尤其是富庶的河中地區，重要的商業城市撒馬爾罕等都與自己切斷了聯繫，兵員、物資尤其是戰爭最為重要的槍、炮、火藥都沒有了可靠來源。
噶爾丹並非不想解決這個侄子，但他知道，自己進一步控制喀爾喀的戰略必須迅速地繼續推行，否則，已經勢窮力竭的喀爾喀完全倒向清帝國可以說是必然之局，他不得不把精力全部專註於東面。
於是，噶爾丹的使臣屢屢出訪俄羅斯，希望從俄羅斯那裡獲得援助，他必須一鼓作氣拿下喀爾喀——而這也就成為一些所謂「通俄賣國」史論的由來。
作為「天朝上國」的統治者，康熙皇帝初期並沒有弄清噶爾丹的真正意圖，在他心中，不過是兩個藩國為了爭奪財富和土地發生的衝突罷了。自己只要恩威並施的讓他們和好，便可解決邊境上的騷亂。
在策妄阿拉布坦出走後不久，清廷以理藩院尚書阿爾尼為首的使臣團到達科布多，傳達康熙皇帝希望準噶爾與喀爾喀和好的建議。
噶爾丹堅持要康熙皇帝交出土謝圖汗和哲布尊丹巴活佛，對他來說，這兩個人必須去死，或者控制在自己手中，這樣喀爾喀才能完全歸屬於自己，因此拒絕議和。而在阿爾尼使團出發時，康熙皇帝已經料到噶爾丹決不會答應議和，便同時派總管京城喇嘛班第扎薩克大喇嘛伊拉古克三活佛到西藏，希望獲得西藏教廷的支持，說服噶爾丹。
康熙皇帝哪裡知道，現在的五世達賴喇嘛早已經不在人世，真正掌握教權的是其弟子，噶爾丹的同窗好友桑傑嘉措。而伊拉古克三活佛也是桑傑嘉措的好友，關係密切，且是噶爾丹統一蒙古，建立以黃教為國教大帝國藍圖的熱情支持者。
因此，伊拉古克三活佛在西藏不但不傳達康熙的諭旨，反而與桑傑嘉措商定了如何支持噶爾丹的計畫，並隨即啟程趕往科布多，全力協助噶爾丹。另派人返回北京，告知康熙皇帝，達賴喇嘛希望他將土謝圖汗和哲布尊丹巴活佛交給噶爾丹，教廷將保證他們的安全 。
康熙皇帝已經感到了不對，覺得「未必為喇嘛之言」，但在無法證實的情況下，也只能看作西藏教廷並不支持自己。這對於有著「天下共主」身份的大皇帝來說，無疑是非常危險的信號：西藏在支持噶爾丹吞併喀爾喀，實現蒙古的統一。
喀爾喀之後會是哪裡？只能是漠南蒙古！卧榻之側，豈容他人酣睡？！漠南蒙古是努爾哈赤、皇太極等祖先耗費數十年時間，經過多次血戰得來的，絕不容他人染指，再姑息下去，開戰總是不能避免，與其在噶爾丹吞併喀爾喀實力大增時開戰，不如立即出兵。
康熙皇帝開始全力進行戰爭準備，除了徵調蒙古各部兵丁以及八旗官兵備戰外，還加快了與俄羅斯邊境談判的進程。1689年8月27日，康熙皇帝派議政大臣、領侍衛內大臣索額圖，國舅佟國綱，旗管章京郎坦等在尼布楚與俄國代表簽訂了《尼布楚條約》，劃定了中俄東部邊界，清朝放棄了以尼布楚為邊界，而以額爾古納河為邊界，犧牲了大量土地。在戰勝的前提下做出如此讓步，決不是康熙皇帝不知道土地的寶貴，而是以此換取俄羅斯在日後的清准戰爭中倒向自己一邊，最壞也要保持中立。這樣，放棄了尼布楚地區二十四萬平方公里土地，但卻可以不受干擾的去獲得外蒙古和新疆三百餘萬平方公里的土地。對於清廷來說，這是非常合算的。
康熙皇帝的目的圓滿地達到了。
俄國雖然從噶爾丹繼位之日起便頻頻希望從噶爾丹手中獲得從其父兄那裡得不到的東西，噶爾丹也一改父兄的政策，對俄羅斯頗為和善，但對於俄羅斯的種種許諾都是暫時有求於俄國權宜之計，在屬民和領土問題上始終不肯割讓。而面對俄國提出的要他臣服，一切行動告知「全權大使及沙皇陛下所屬各城堡」，「只有在這種條件下」，「才願意援助」的誘惑時，噶爾丹更是只同意以平等的地位與俄國交涉，拒絕歸順。
兩相比較，最講究實際的俄國很容易便選擇出自己該偏向哪方。一直主張聯合噶爾丹的俄國西伯利亞總督戈洛文被調離，邊境各關卡也接到了禁止向噶爾丹輸出軍火的命令。
時局已經嚴重不利於噶爾丹，但他已經沒有退路。首先，1689年12月，伊拉古克三活佛和另一位教廷代表濟隆活佛到達科布多，向噶爾丹傳達「達賴喇嘛」之諭，要他立即東征，逼迫清廷交出土謝圖汗和哲布尊丹巴活佛，完全控制喀爾喀。教主和老師的旨意，噶爾丹不能拒絕。
何況，此時科布多正值大旱，噶爾丹也需要用戰爭獲得物資補充。
於是，噶爾丹命丹津鄂木布留守科布多，自己率20000軍隊開始了第二次東征。
1690年3月，東征軍到達克魯倫河，順流而下，逼近清朝邊境。噶爾丹向俄國要求聯兵進軍喀爾喀，俄國表面答應，實際上未派一兵一卒。
康熙皇帝在得知噶爾丹的動向後，命理藩院尚書阿爾尼、兵部尚書紀爾塔布率蒙古各部軍20000人為左翼，理藩院侍郎文達、都統額赫納率軍6000餘為右翼，向土拉河、克魯倫河前進夾擊噶爾丹。
按康熙皇帝的意思，是想兩路軍會合後，全殲準噶爾軍，但左翼總指揮阿爾尼貪攻冒進，6月6日，自率軍沿喀爾喀河右岸直奔貝爾湖，而此時準噶爾的東征軍已經渡過烏爾遜河，沿貝爾湖和喀爾喀湖東岸繞到阿爾尼南面。阿爾尼聞訊後，立即調轉馬頭，直取索約爾濟山。
6月21日，長途跋涉甚為疲憊的清軍與準噶爾軍終於在烏爾會河遭遇，而準噶爾軍已經將營寨紮好，以逸待勞的等候多時了。
急躁的阿爾尼不考慮軍隊的體力，一見到敵人立即組織進攻。
清准雙方第一次交鋒的烏爾會大戰開始。
阿爾尼不懂噶爾丹的戰法，見其結陣迎戰，便派部隊從正面發起進攻，並派偏師襲擊其後營輜重。
受到噶爾丹專門訓練的準噶爾軍用火槍、弓箭交替射擊，清軍死傷慘重，根本無法撼動營盤。
等清軍已經被打得士氣頹靡之際，噶爾丹命主力從山上繞到清軍側後，發動突然襲擊。清軍腹背受敵，死傷不計其數，全面潰敗，阿爾尼和紀爾塔布率殘部勉強突圍逃走。準噶爾軍大獲全勝，「繳獲大車五百多輛以及全部輜重」 。
這一仗，使得噶爾丹信心大增，率部長驅直入，抵達克什克騰旗的烏蘭布通。這裡距北京僅700里，北京城裡一片慌亂，「京師戒嚴……城內外典廨盡閉，米價至三兩餘」 。
康熙皇帝倒顯得很是沉著，一方面派人曉諭噶爾丹：「阿爾尼不請旨而擊汝，非本朝意也」，另一方面動用全力積極調兵遣將。
8月5日，康熙皇帝命皇兄和碩裕親王福全為撫