準噶爾汗國的建立是在什麼時候？明清之際的所有蒙古汗國中，它的建立時間恐怕是最有爭議的了。
《蒙古民族通史》中，把汗國的建立定在1678年（清康熙十七年），是以噶爾丹打敗自己岳祖父鄂齊爾圖徹辰汗為標誌。
法國蒙古史學家勒內·格魯塞在《草原帝國》中，把建立時間推前到1634年（明崇禎七年），建立者是噶爾丹的父親——巴圖爾琿台吉。
日本學者若鬆寬在《清代蒙古的歷史與宗教》中，與勒內·格魯塞說法相同，認為巴圖爾琿台吉繼承父親哈拉忽剌的事業，在1634或者1635年建立了準噶爾汗國。
蘇聯學者伊·亞·茲拉特金在《準噶爾汗國史》中，也將汗國的建立時間定在1635年。
日本學者宮脅淳子雖然在《最後的游牧帝國》中壓根就不承認有「準噶爾汗國」的存在，只認為是「部」或者「琿台吉國」，但也認為其崛起應該從巴圖爾琿台吉開始。
學術問題是不能民主的，不能哪方人多便聽哪方。但大多數專家把時間定在1634～1635年之間，總是有一定道理。
游牧汗國的國名都是後世的學者為了敘述方便而加上去的。例如前文的葉爾羌汗國，其建立者是取名「Mamlakat-Moghuliye」，意即「蒙古國」，而與其差不多同時建立的印度的莫卧兒帝國，其名稱是「Moghul」，也是「蒙古國」的意思。為了區分，便前者為葉爾羌汗國，後者為莫卧兒帝國了。
因此來說，「準噶爾汗國」也是後世學者叫出來的，是對統治天山地區的游牧政權的稱呼。而其建立者和之後的統治者，都稱自己為「準噶爾」的可汗或者琿台吉。那麼，汗國的建立，應該從準噶爾開始在天山崛起，成為主宰天山地區以及所有衛拉特部落的時代算起。那，時間必然要定在巴圖爾琿台吉身上。
也許這並不科學，但目前也只有這樣的演算法，看起來比較合理。
現在，我們就以巴圖爾琿台吉為分界線，看看準噶爾汗國的建立過程吧。
故事還要從達延汗分封諸子開始講起。
衛拉特人在北元時代一度成為掌控整個蒙古命運的強大力量，幾乎壟斷了「太師」這一職位，對可汗都有著生殺予奪的權力。到脫歡、也先父子時代更是登峰造極，也先甚至無視數百年「非黃金家族不得稱汗」的傳統，自立為汗。但所謂月滿則虧，衛拉特人在也先之後，內部的統一不復存在，而蒙古正統派卻迎來了自己的巾幗英雄滿都魯皇后以及中興之主巴圖孟克達延汗，對其進行了堅決有效的打擊，衛拉特人一蹶不振，向西遷徙，離開了蒙古中心，來到了現在新疆北部和外蒙古西部地區。
但離開中心，也不等於可以獨立發展，被衛拉特人欺壓了近百年的黃金家族繼續向他們揮出復仇之劍。
達延汗分封諸子，幼子格埒森扎的封地是在今天外蒙古一帶，因為這裡靠近新疆地區，便成為了與衛拉特人作戰的前哨。
格埒森扎的七個兒子在他死後繼承了他的屬民。而其中，第三個兒子諾諾和之子阿巴岱勇武絕倫，從十四歲起便頻頻率兵攻打衛拉特，到27歲時終於粉碎了衛拉特人的反抗，將他們納入自己統治之下，派自己的兒子錫部古泰作為衛拉特人的監製官，以「琿台吉」作為稱號。這本是「皇太子」的音譯，但在此時，便是「副王」的意思了 。
阿巴岱征服衛拉特人後，在原蒙古帝國首都和林修建額爾德尼召，並接受前來拜謁的三世達賴喇嘛賜予的封號，開始稱汗，他的子孫從此世代便是喀爾喀左翼的土謝圖汗。
但衛拉特人也絕非被打敗後便認命的羔羊，1588年，阿巴岱汗去世，衛拉特人群起反叛，抓住了統治他們的「琿台吉」錫部古泰，恢複了獨立。
左翼土謝圖汗部沒有強人可以鎮壓，他們的長兄部落，格埒森扎的長子阿什海之孫賚瑚爾出兵進攻衛拉特，獲得勝利後，四部衛拉特於1606年被迫簽署和約，承認自己是賚瑚爾的屬民。賚瑚爾及其子孫便世代成為喀爾喀右翼的扎薩克圖汗，他也學習阿巴岱，派自己的堂兄弟碩壘烏巴什統治衛拉特人，仍是以「琿台吉」為稱號 。
統治衛拉特人的琿台吉政權一般被稱為「托輝特部」。而在與俄國交往時，一向自稱「阿拉坦汗」，因此在俄國歷史學者的記述中，均把其稱為「阿拉坦汗王朝」，碩壘烏巴什便是第一任「阿拉坦汗」。
阿拉坦汗王朝的歷史長達61年，強盛時期，不但衛拉特人要受其統治，而且歸併了整個南西伯利亞。
而準噶爾汗國便是在反抗阿拉坦汗王朝的過程中逐漸形成的。
1620年，準噶爾部首領哈拉忽剌率先對阿拉坦汗王朝發動了反擊，但這次反擊因為沒有所有衛拉特貴族的參與遭到慘敗，哈拉忽剌和他的兒子們僅以身免，損失大量部眾，亞梅什鹽湖附近的牧地落到了阿拉坦汗手中。
這次反擊雖不成功，但卻奠定了準噶爾部在四部衛拉特中的崇高的威望，原本是四部衛拉特盟主的和碩特部，反而退居其次了。
1623年，內部紛爭不已的四部衛拉特，終於團結在一起向阿拉坦汗王朝發動大會戰。雙方都投入數萬騎兵，打得難解難分。混戰中，「阿拉坦汗一世」碩壘烏巴什被衝進自己陣中的衛拉特勇士賽因色爾滕吉撞見，無奈進行單挑。賽因色爾滕吉雖然一口一個「殿下」，叫得恭順有禮，手下卻是毫不容情，最終將碩壘烏巴什一槍刺於馬下 。
統帥戰死，阿拉坦汗軍大敗，部隊主力和大量屬民倉皇東撤。衛拉特人從此擺脫了自己頭上的宗主。而在這次戰役中，哈拉忽剌一直衝在第一線，獲得重要戰果，將阿巴坎河至葉尼賽河流域的吉爾吉斯人納入自己統治之下，而這些人原本是向阿拉坦汗王朝繳納貢稅的。
經過此役，因為「始終站在衛拉特諸侯的最前線，是寧願粉身碎骨的人物，是衛拉特獨立的承擔者」 ，哈拉忽剌領導準噶爾部成為衛拉特最強大的勢力，這為他的兒子巴圖爾琿台吉建立汗國奠定了基礎。
會戰之後的11年間，哈拉忽剌憑藉著自己的威望和擴充的實力，逐步推行統一衛拉特的行動。統一，必然是要依靠暴力，於是便出現了「恃其強，侮諸衛拉特」 的情況，1628年，土爾扈特部不堪其擾，舉族西遷，來到伏爾加河流域自成一體。
而到了1629年秋末，衛拉特盟主，和碩特首領拜巴噶斯在家人爭奪財產的內訌中被殺，其弟圖魯拜琥繼承了首領之位，這就是著名的顧實汗，和碩特的實力進一步衰弱。但顧實汗是以「聰慧」著稱的首領，從不與哈拉忽剌硬頂，處處退讓，並與之配合對外發動戰爭。剛繼位不久，顧實汗便與哈拉忽剌一起組織衛拉特聯軍第二次發動了對於阿拉坦汗王朝的會戰，「阿拉坦汗二世」鄂木布額爾德尼再次戰敗，天山草原幾乎完全成為衛拉特人的牧場。
經過此戰，準噶爾氣勢愈加灼人，和碩特處於下風，衛拉特內部徹底大洗牌的日子已經不遠了。
1634年，哈拉忽剌去世，傳位於長子巴圖爾，達賴喇嘛賜封號為「額爾德尼巴圖爾琿台吉」，從此便以巴圖爾琿台吉之名出現在中亞歷史上。
巴圖爾琿台吉繼續父親的統一政策，甚至與顧實汗起了激烈衝突，及至刀兵相見。幸虧顧實汗不帶隨從前往巴圖爾琿台吉的大帳相見，提出和解，雙方才偃旗息鼓。但是，一個要建立統一的汗國，一個是聯盟的盟主，最後的決戰，可說是不可避免的。
而歷史終究沒有讓這兩個英雄人物來場對決，他們共同信奉的藏傳佛教格魯派此時遭了大難，統治西藏的噶瑪政權對格魯派步步緊逼，甚至組織了「反黃教聯盟」，準備徹底剷除格魯派。五世達賴和四世班禪派遣使者攜密信來到衛拉特，面見顧實汗，希望他能負起「持教法王」的重任，前去援救。
是留下來等待未知勝敗的決戰，還是去保衛教主並獨立發展，兩者之間顧實汗做出了明智的選擇。
他向巴圖爾琿台吉徵求意見，巴圖爾琿台吉也想儘快擺脫這個絆腳石，便欣然同意，並親自協助。
於是，1636年，顧實汗和巴圖爾琿台吉以及幾乎所有的衛拉特貴族率領軍隊南征青海，擊敗了「反黃教聯盟」的主要成員綽克圖台吉。顧實汗率部留在了青海，繼續完成護教大業，而巴圖爾琿台吉則在得到大量珍貴的禮物並迎娶顧實汗的女兒之後，返回了衛拉特。
衛拉特聯盟至此完全瓦解，擁有力量的首領們各自建立了自己的汗國。顧實汗日後在拉薩建立了囊括青、藏、康區的和碩特汗國，土爾扈特首領和鄂爾勒克在伏爾加河建立了土爾扈特汗國，而巴圖爾琿台吉雖然還要和顧實汗的侄子鄂齊爾圖用「合約爾台吉」的名義管理衛拉特，但實際上已經「成了所有衛拉特領地的專制執政者」 。
準噶爾汗國便是在此時，正式誕生，也就是1636至1637之間。