噶爾丹並沒有強迫伊斯蘭教徒們改變自己的信仰，他需要的是一個服從於自己為自己提供軍需物資的穩定領地。他扶持伊斯瑪依勒汗的侄子阿卜杜·里什特為傀儡可汗，同時封伊達耶提拉為「阿巴克」，也就是「首領」，但伊達耶提拉卻把蒙語「阿巴克」改成了波斯語「阿帕克」，就成了「宇宙」的意思。從此，阿帕克和卓便成了天山南麓的實際統治者，每年向準噶爾汗國繳納十萬兩白銀和24萬斤麥子的貢賦。
阿帕克和卓橫徵暴斂的統治了十年，其間更換了兩個可汗，在他死後不到八個月，兒子雅雅和卓便被殺。白山派的統治結束，和卓家族被準噶爾人囚禁於伊犁。他們的死對頭黑山派在準噶爾人扶持下掌握大權。
17世紀末，再沒有傀儡葉爾羌汗出現，汗國的尾聲也結束了。
1755年，清朝乾隆皇帝派遣大軍攻伐準噶爾末代汗王達瓦奇，準噶爾汗國崩潰。白山派和卓波羅尼、霍集占兄弟趁機擺脫囚禁，歸附清朝。
在清朝的支持下，波羅尼攻佔葉爾羌等地，黑山派和卓加罕及其家屬全部被殺，僅有其弟弟阿卜杜拉和兩個兒子逃亡。
但清朝是不會再允許獨立的宗教政權出現在天山以南的。波羅尼、霍集占兄弟於是於1757年公開起兵反清，史稱「大小和卓之亂」。
1759年，兄弟二人最終失敗，天山南北全部劃為清朝版圖。
1820年，波羅尼之孫張格爾由浩罕汗國進入新疆，拉開「張格爾之亂」序幕，直到1826年方才以張格爾被擒而告結束。
1865年，波羅尼曾孫布素魯克在浩罕汗國阿古柏的護衛下回到新疆，成為「哲德沙爾汗國」的傀儡可汗，後在圖謀獨立失敗後被驅逐出境。
隨後，阿古柏在新疆建立了「洪福汗國」，與俄、英、中等國周旋十餘年，最後被中國名將左宗棠擊敗。
但這一切，都不再與「和卓」有任何關係了。
葉爾羌汗國滅亡185年後，準噶爾汗國滅亡110年後，和卓們續寫的故事也到了盡頭。