伊斯蘭教的崛起史，也是眾多其它宗教的滅亡、衰落或與之爭鬥的歷史。
基督教、佛教、襖教等等宗教均受到彎月戰刀的強有力打擊。襖教最先衰落，但反抗相當激烈，即使是薩珊波斯帝國滅亡後，襖教教徒仍還刺殺了阿拉伯帝國第二任哈立法歐麥爾，為自己的宗教唱響悲壯的輓歌。基督教的抗爭更為激烈，不但頂住了征服，還進行過一系列例如十字軍東征這樣的反征服。到了近代，更是鹹魚翻身，成為所有伊斯蘭教國家的噩夢。
只有佛教，命運最為悲慘，非暴力、寬容和出世的佛教在穆斯林的征服面前毫無反抗之力，玄奘法師取經所經過的中亞、印度這些原本佛寺林立、香煙繚繞的地區被掃蕩的只剩斷壁殘垣，佛徒們要麼被屠殺，要麼流散異邦。佛祖降生之地，佛教反而一蹶不振。
葉爾羌汗國前身的東察合台汗國原本也是以佛教為主要宗教的，吐魯番還是中亞重要的佛教中心，但隨著汗王們信奉伊斯蘭教，也付與塵灰了。薩亦德汗建國之後，便對烏斯藏進行了聖戰，要不是高原病使得他中道崩殂，藏傳佛教的歷史恐怕也會改寫。
對穆斯林來說，佛教徒簡直就是任自己宰割的羔羊。
但在葉爾羌汗國後期的衰亂中，佛教的信徒準噶爾人頻頻發動進攻和煽動內亂，無論是可汗、和卓還是貴族將軍們都頭疼不已。直到伊斯瑪依勒汗奪取汗位，將國家安定下來，佛徒們的壓力才似乎減少了。
然而，這只是暴風雨之前的寧靜，一場世界上唯一的佛教徒對於穆斯林的征服戰爭即將開始。
伊斯瑪依勒汗接手的汗國是一個地道的爛攤子，且不說戰亂造成的經濟凋敝、民不聊生，就是貴族、教派之間的矛盾也是暗潮洶湧。為了安定局勢，他重新任命官員，大力打擊白山派，避免出現勢均力敵的政治和宗教派別。同時，安集流民，修復被毀壞的道路橋樑及清真寺，讓百姓們安居樂業。
很快，汗國出現了「小康」局面，與中原王朝的朝貢關係也重新恢複。1673年，康熙皇帝接待了久已不來的葉兒羌汗國的使團，笑納「西馬四，蒙古馬十五，璞玉千斤」 的豐厚貢品。在康熙皇帝心目中，這應該是一個恭順而又富足的國家。
伊斯瑪依勒汗盡到了自己最大的努力來複興國家，他的才能本是足以成為第二個中興之主，延長汗國的國祚的。
但人要成功，除了智慧、辛勞和不懈的精神之外，最重要的，還要有些運氣。所謂人定勝天，只是人們自大時的幻覺而已。就如歷史上那麼多馬上民族興起，匈奴的冒頓單于，突厥的頡利可汗，吐蕃的松贊干布贊普都是一時英雄，卻沒有建立如成吉思汗那麼宏大的基業。其原因，便是與他們同時代的，出現了和他們相當或更強的如漢高祖、唐太宗這樣的不世雄主。成吉思汗崛起時所有老大帝國都在衰落的千年難尋的好運氣沒有出現在他們的時代。
伊斯瑪依勒汗什麼都具備了，就是沒有運氣，他遇到了十七世紀中亞最為耀眼的明星，讓俄羅斯和清朝兩個超級大國都不敢小看的梟雄——準噶爾博碩克圖汗——噶爾丹。他有著比自己的父親、哥哥更為勃勃的野心，是絕不僅僅滿足於守成的，作為達賴喇嘛的親傳弟子，又是被指認的活佛，他的理想是建立一個以黃教為國教的大帝國。這樣的雄圖，是不會允許近在咫尺的伊斯蘭國家繼續生存下去的。
有了這樣的強鄰，一些原本不必放在心上的小人物，也就會發揮極大的作用。
白山派的和卓伊達耶提拉便是這個「小人物」。
這位和卓自從逃離葉兒羌汗國後，在費爾干、克什米爾、印度北部以及青海、甘肅地區流亡，雖然也招收了一些信徒，但處境和在祖國當教長相比著實苦不堪言。他一直尋找著回國的辦法，尋找幫助自己東山再起的人，可十年之中，這樣的人始終沒有出現。
直到他來到了烏斯藏。
在拉薩，這個伊斯蘭教長拜謁了五世達賴喇嘛。很難想像兩個信仰完全不同的人是如何交流的，可以肯定的是，伊達耶提拉一定是卑躬屈膝在達賴喇嘛法座之前，否則是不會獲得達賴喇嘛的歡心的。
達賴喇嘛作為藏傳佛教最高教主，又是噶爾丹的恩師，他的好惡決定了伊達耶提拉能否達成心愿。達賴喇嘛給了他一封轉交給噶爾丹的親筆信，在信中，達賴喇嘛要求噶爾丹幫助伊達耶提拉確立「在喀什噶爾和葉爾羌的地位」 。
早已有吞併葉爾羌汗國之心的噶爾丹在看到老師的信的時候，必定是欣喜的，老師不僅給了自己明確的指示，還送來了進入葉爾羌大門的鑰匙。自己還有什麼理由再等待下去呢？
1679年，噶爾代派大將阿拉達爾和碩奇率軍三萬侵入葉爾羌汗國東部，一路拿下哈密、吐魯番、察力失等城，伊斯瑪依勒汗的侄子阿卜杜·里什特王子投降，整個東部地區淪陷。
伊斯瑪依勒汗苦心經營近十年，竟然得到了半壁江山轉瞬丟失的回報，其震驚與憤恨是不言而喻的。
可這還只是開始。
1680年，噶爾丹親率12萬大軍南征葉爾羌汗國，有伊達耶提拉作為嚮導，又有白山派信徒的策應，阿克蘇、烏什等城不戰而降。準噶爾軍兵臨喀什噶爾城下。
就如薩亦德汗建國時，是以攻陷喀什噶爾為標誌，如今，喀什噶爾的存亡也關係到汗國的生死。此時的喀什噶爾總督是伊斯瑪依勒汗的長子巴巴克·蘇里坦王子，年輕的王子不願困守危城，率軍出城迎戰，陷陣而死。喀什噶爾陷落。
伊斯瑪依勒汗只剩下了首都葉爾羌，這座都城自薩亦德汗建國以來雖然飽經風霜，但還沒有被外敵攻陷的先例。守將伊瓦茲伯克率軍死守，但外有數十倍於己的敵軍，內有白山派信徒的策應，個人的忠勇是無濟於事的。經過激烈戰鬥，伊瓦茲伯克戰死，葉爾羌陷落，留在汗宮中的伊斯瑪依勒汗及所有汗室成員全部被俘。噶爾丹將他們送到伊犁監禁。
葉爾羌汗國歷經6代12位可汗，立國166年，至此壽終正寢。
聖戰者的國度，最終被佛教徒的「聖戰」所征服。