幾乎於高郵之戰同時，遠離中原的雪域西藏，一場改朝換代的戰爭也落下了帷幕。與元朝一同崛起的西藏薩迦政權在「身穿袈裟的英雄」絳曲堅贊的打擊下轟然坍塌。
那薩迦政權的壽命與元帝國一樣短命，僅統治西藏八十九年。雖說自古無不滅之國，但薩迦政權最後的滅亡除了自身的原因外，更要歸咎於蒙古帝國當初對於其進行的制度設置隱患重重。
當年，蒙古帝國的大軍兵臨西藏，割據分裂的西藏根本沒有還手之力，為了不避免生靈塗炭，薩迦派第四任教主薩迦班智達以古稀之齡面見坐鎮涼州的蒙古宗王、窩闊台汗第三子闊端，商定歸順條件，並向各個地方勢力寫信，勸說他們接受條件歸順蒙古。這是西藏納入蒙古帝國版圖的開始。
到蒙哥汗統治時期，西藏成為忽必烈的封地，忽必烈對西藏進行人口普查，按照蒙古本土製度設十三萬戶，每個萬戶有一個萬戶長。
元朝建立後，忽必烈冊封薩迦派第五任教主八思巴為「帝師大寶法王」，將衛藏十三萬戶作為灌頂的供養奉獻賜給了八思巴，並賜予薩迦本欽「烏思藏三路軍民萬戶」頭銜，建立了薩迦政權。
但衛藏十三萬戶主要是依據西藏原有各教派和其它地方勢力分散割據的政治格局為基礎劃分的。各萬戶長通常都要元朝皇帝詔封，雖然這種詔封都要有薩迦政權的提請，但這一做法使得薩迦派對其它十二萬戶的管理極為有限，其管理權並非以自身的實力為基礎，而是元朝強加於其它萬戶之上的。各萬戶分別從元朝手中獲得詔封並各自管理著自己的轄地和莊園屬民，他們在其各自的轄區內仍擁有絕對的權威。
這種制度在薩迦政權有強人坐鎮時晏然無事，一旦強者逝去，危機便會爆發。而薩迦政權在八思巴之後，歷任法王均是平庸之輩，僅靠著元帝國的支持才勉強維持著統治。
當元帝國步向死亡的時候，薩迦政權也就不可避免的被這萬戶制度推向覆滅。
元世祖忽必烈在中原的制度最終成就了朱元璋，而在西藏的制度，則成就了絳曲堅贊。
他系吐蕃王朝時代朗氏家族後裔。出生於十三萬戶之一的前藏帕竹萬戶之家，7歲受居士戒，9歲受沙彌戒，14歲至薩迦寺學法。1321年被正式委任為帕竹萬戶長。
絳曲堅贊向有雄心，成為萬戶長之後，在領地內實行政教合一，將帕竹萬戶治理的兵強馬壯。趁著薩迦政權衰微，頻頻進行擴張，先後吞併雅桑萬戶、蔡巴萬戶、止貢萬戶等前藏萬戶，到1349年幾乎完全控制了前藏地區。
1354年，薩迦政權內訌，絳曲堅贊出兵包圍薩迦寺，收繳了元朝賜予薩迦世代管理烏思藏的敕封，兼并後藏大部分地區，薩迦政權壽終正寢。
絳曲堅贊設首城於乃東，開始了帕竹政權統治時代。為了獲得統治的合法性，絳曲堅贊遣使元朝，希望獲得承認。
此時已經自顧不暇的元惠宗，對於祖先所尊崇的薩迦派的敗亡自然無可奈何，只得承認既成事實，封絳曲堅贊為大司徒，承認其在西藏的地位。
受封於元朝的帕竹政權後又受到明王朝的承認，歷任統治者都稱為「第悉」，一直穩固的控制著西藏的教派和諸侯。
直到藏傳佛教不世出的傳奇人物——宗喀巴的出現。
15世紀初，看到佛教徒們沉淪於享受和奢靡，藏傳佛教一代宗師宗喀巴倡導宗教改革，提出喇嘛遵守戒律，重苦行，禁娶妻，並制定僧人的生活準則、寺院的組織體系、學經程序和是非標準等等。
無論哪種宗教，一旦進行改革，便會出現分裂，便會有新的教派產生。藏傳佛教也不例外。於是，一個新的教派，藏傳佛教最大的宗派格魯派——也就是通稱的黃教，應運而生。
藏語「格魯」是善律的意思，該派強調嚴守戒律，故此得名。創建之初，格魯派受到帕竹政權闡化王扎巴堅贊的庇護，發展順利。1409年，宗喀巴在帕竹政權支持下，在拉薩發起大祈願法會，顯示其權威地位，同年建甘丹寺為主寺。
1419年，宗喀巴圓寂，弟子們本著大師遺願，發揚其宗風，又分頭建寺。先後建立哲蚌寺、色拉寺、札什倫布寺，與甘丹寺一起合稱為衛藏四大寺。各寺內均成立學院，分科修學顯教，此後又相繼成立了上下密乘院。
有四大寺為根基，格魯派的僧眾信徒日益增多，勢力日漸擴張。
福兮禍所倚，宗教改革會產生新的教派，便難免和舊教派產生內矛盾，輕者分道揚鑣，嚴重便會發生宗教戰爭。
格魯派是藏傳佛教各宗派中出現最晚的一個，而發展卻最為迅速。隨著它的日益壯大，其它教派都或明或暗的進行著破壞和打擊。其中，反對最激烈的，是噶瑪噶舉派。
噶舉派是藏傳佛教的重要宗派之一。藏語「噶舉」中的「噶」字本意指佛語，而「舉」字則意為傳承。故「噶舉」一詞可理解為教授傳承。這宗派歷史悠久，形成於「佛法後弘期」，也就是宋朝初年。經過多年演變流傳，逐漸形成香巴噶舉、達波噶舉、噶瑪噶舉、蔡巴噶舉、拔絨噶舉、帕竹噶舉等派。
而噶瑪噶舉派是噶舉派中勢力最強、影響最大的一支派別，其創始人都松欽巴在臨終時口囑他要在人世間再次轉世，讓後人教法繼承者到時要尋訪認定轉世靈童。從而開創了「活佛轉世」之先河。
這麼一個樹大根深的教派自然不願意格魯派壓自己一頭，不但在教法上處處與之爭論，還想將格魯派徹底剷除。
可打擊格魯派，就必須消滅其身後的支持者——帕竹政權，噶瑪噶舉派對此沒有辦法。而此時，帕竹政權的家臣仁蚌巴家族也在希望架空主家奪取政權。兩者一拍即合，聯起手來。
1462年，年僅3歲的阿旺扎西扎巴登上第悉寶座，這麼小的孩子自然不能治國。於是，掌管仁蚌巴家族的措傑多吉以攝政官的名義管理帕竹第悉的政務。這樣少主強臣的格局在歷史上實在出現得太多，最後的結果也很相似。
從此之後，仁蚌巴家族掌握了前後藏的統治權，帕竹政權僅剩下了一個名義。措傑多吉在擔任攝政官期間，將尊崇噶舉派，壓制格魯派作為既定國策。
1503年，仁蚌巴家族的權力人物頓月多吉在拉薩附近的薩納瑪地方，為噶瑪噶舉派興建了規模很大的圖丹曲科爾寺，以此來壓倒黃教的——色拉、哲蚌、甘丹三大寺。
格魯派失去了靠山，在仁蚌巴家族和噶瑪噶舉派的打壓下舉步維艱，只能在暗地裡對他們進行詛咒。
也許是詛咒應驗，仁蚌巴家族很快遭到了報應。靠架空主家得勢的仁蚌巴家族又被自己的屬臣辛廈巴家族捅了一刀。
1563年，辛廈巴家族的首領才旦多吉對仁蚌巴家族發動反亂，並屢屢戰勝仁蚌巴家族的軍隊，最後取仁蚌巴家族而代之，成為西藏的實際統治者。
格魯派的大敵仁蚌巴家族倒台了。可前門走了狼，後門來了虎，辛夏巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶瑪噶舉派。格魯派的危機不但沒有減輕，反而日益加深了。