沙漠，不適合人類生存，尤其是數萬盡失糧秣，倉皇逃命的人。
順理成章的，林丹汗所剩的部眾開始「殺人易食」 ，凄慘之狀，無以復加。一些部眾忍受不了這樣的苦楚，紛紛東歸投奔後金，1633年4月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降後金。6月，巴達西寨桑等5個頭目，率千餘戶投降。
圖謀恢複是以後的事情，現在必須解決吃飯問題。自己沒有，就只能去搶。
1633年，林丹汗五次攻掠明邊，1634年，更是連續在3～5月出兵，閏八月甚至和洪承疇交手。這沒有什麼政治意圖，目的只有一個：糧食。
這時的林丹汗，幾乎又回到了剛剛繼位時「窮餓之虜」的起點上，人生的循環就是如此殘酷。
跌落到命運的谷底，或者徹底沉淪，或者再繼續拼搏下去。林丹汗選擇了後者，他不甘心就這樣宣布自己的失敗。
1634年，經過多方聯絡，統治西藏的藏巴汗、游牧青海的綽克圖台吉以及控制康區的白利土司與林丹汗結成了「反黃教聯盟」。既然黃教的活佛和僧侶們已經視我為敵人，那就決裂的徹底一些吧。黃教不是庇佑後金嗎？那我就反黃教。
聯盟成立之後，獲得了物資補充的林丹汗，向青海轉移，那裡，可以建立根據地，東山再起。
命運出現了轉機，但這轉機卻更像是一次無情的嘲弄——1634年夏秋，林丹汗因天花病死於甘肅大草灘。
他只有43歲，如果不是突如其來的瘟疫，他應該還有很多時間。
他失去了重振旗鼓的可能，但也避免了親眼看到自己滅亡的可能，如果當他面臨崇禎皇帝所面臨的最後選擇時，他會如何去做？歷史沒有答案了。
林丹汗的死，使蒙古的抗金陣營失去了最後一面旗幟，林丹汗身邊最忠心的部眾也開始星散，成群結隊的人降於後金，僅是年十一月，便有五千戶二萬餘人。那尊被林丹汗視為護法神像的嘛哈噶喇金佛也被人送到後金，在皇太極看來，它的載歸昭示著蒙古國運的終結。
林丹汗的兒子額哲與母親蘇泰帶著最後數千部眾困守在大漠，父親、丈夫不在了，他們不知道自己該怎麼辦。
漠北喀爾喀車臣汗遣使額哲，希望他移帳漠北：「我等與爾汗原系同宗，滿洲豈爾等之主耶？即宜來歸，勿再遲延」 。汗廷末路，有人便想做曹操了。留下來必然被後金消滅，而北上就會成為傀儡，額哲母子權衡猶豫，彷徨無計。
而皇太極卻不會給他們權衡的時間，1635年2月，後金以多爾袞、岳托、薩哈璘、豪格為統兵元帥，率精騎一萬遠征林丹汗余部。
4月28日，後金軍趁著大霧包圍了汗廷，派出蘇泰之弟南楚勸降。額哲母子見大勢已去，「遂歸降後金」。那塊世代相傳的傳國玉璽，終於落到了皇太極手中。
429年的蒙古帝國，364年的元朝，267年的北元，至此終結。作為亡國之君的林丹汗，也「享受」到了應有的恥辱，自己的八個妻子，全部被皇太極及其兄弟、臣子瓜分。
1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚盛京瀋陽，承認皇太極為汗，並奉上「博格達·徹辰汗」的尊號。
同年，皇太極即皇帝位，改國號為「清」，改元崇德。
林丹汗敗死，「建虜無復西顧憂，而東謀朝鮮矣」 。而隨著朝鮮王國的歸附，在東亞清朝最後的要消滅的對手，就剩下大明王朝了。