1627年，明朝天啟皇帝朱由校駕崩，崇禎皇帝朱由檢登上了歷史舞台。
登基伊始，年輕的皇帝便對明朝北部邊疆的諸蒙古部落「盡革其賞」 。右翼蒙古土默特、蒙郭勒津、永邵布、鄂爾多斯等部一貫是所有蒙古部落中最富足的，除了其所佔之地水草豐美外，很大程度在於和明朝的互市獲得巨額利益，這也是「俺答封貢」以來數十年間明朝北部邊防晏然無事的原因。崇禎帝的作為，使得「諸部嘩然」，但崇禎帝並不在意——嘩然又如何，爾等還敢犯我天朝乎？
但戰火很快就燒起來了，1628年6月，大同受到蒙古軍攻擊，軍民損失數萬，連大同也險些失守 。而率領蒙古軍的，不是土默特等部的首領，竟然是曾經明朝的盟友——林丹汗。
林丹汗怎麼了？莫非瘋了不成？
不錯，此時的林丹汗被暫時勝利的虛火燒得已經接近瘋狂了。
從西遷開始，林丹汗便沒有絲毫的手軟，沒有派使者，沒有勸降，在他的心中，對付同宗同源的土默特等部的手段，只有一個字：打。
1627年4月至7月，掃蕩蒙郭勒津部，回歸到元上都所在地；
10月，攻克土默特統治中心庫庫和屯城，土默特順義王朴什圖出逃，其兄弟鄂木布、色令等投降；
11月末12月初，殲滅蒙郭勒津部主力，「默爾根汗」白言及兒子僅率800人出逃；
1628年正月，攻掠永邵布部；
3月，擊殺順義王朴什圖的叔叔五路黃台吉。
不到一年，西部右翼蒙古諸部被林丹汗秋風掃落葉般擊潰，西遷的步伐出奇順利。
而除了收服各部外，林丹汗西征還有一個重要目的便是獲得右翼諸部佔有的與明朝互市的利益，不料自己剛征服各部，明朝皇帝卻停了市賞，林丹汗自然不想吃這個啞巴虧，崇禎元年的大同之戰，便是對崇禎皇帝的警告。
既有內部農民軍的如火如荼，又在遼東焦頭爛額的明王朝，實在沒有力量再全面和北方的強敵交戰。驕傲的崇禎皇帝無奈，向五朝元老，此時已經八十三歲，總督宣大軍務的王象乾問計。這位老臣提出了以夷制夷的計策：「臣能召永邵諸部，合從以抗插。」 。
於是，在明朝的安排下，1628年九月，土默特、永邵布、鄂爾多斯三部聯軍在艾布蓋河與林丹汗展開會戰。林丹汗大獲全勝，各部四散，鄂爾多斯歸順。明朝的以夷制夷之策破產，經過此役，「東起遼西，西盡洮河，皆受插要約，威行河套以西矣。」 。
1629年，後金的攻勢愈來愈頻繁，對林丹汗的策略又失效。經過激烈辯論，明朝決定恢複市賞，與林丹汗議和。
右翼各部或逃或降，明朝也在軍事壓力下恢複了互市。軍事上，經濟上林丹汗的收穫是空前的，他有理由相信，自己只要再鞏固一下到手的成果，便可以和後金正面交鋒，奪回自己的尊嚴。
這看似凱歌頻傳的喜劇，卻是悲劇高潮的開幕。
一個政治人物，可以暫時放棄經濟利益，也可以承受軍事上的暫時失敗，但決不能在政治上犯錯，更不能一錯再錯。
但在西遷的過程中，對上面的話，林丹汗完全是反其道而行之。
右翼蒙古諸部雖然一貫不聽從調遣，甚至有截殺商隊，停止朝貢等情事。但在內部已經不穩，外部又強敵環伺的時候，最明智的選擇是與之聯合，即使不能完全為己所用，也會是莫大的助力。
一味地施以兵威，雖然取得了勝利，所獲得的卻是一個殘破的局面。不但被迫歸附的諸部部眾心懷不滿，與之離心離德，原本的富庶之地，因為戰爭，「畜牧匱乏」，各部流離失所。加上「塞外霜早，顆粒無收兼厲疫盛行」，蒙古諸部幾入絕境。而各部的抵抗也大大削弱了察哈爾本身的力量：「插之疲甚、餓甚、窮甚」，其兵員嚴重減耗，「插有馬約備僅收四萬，插眾不滿五萬」 。
更可怕的是，為了市賞與明朝動武，雖然逼迫明朝恢複互市，但也標誌著明蒙聯合對抗後金的局面沒有挽回餘地的被破壞了。崇禎帝君臣將林丹汗視作和後金一樣的敵人，這比在遼東時更為孤立。
如此境地，欲說鞏固成果，無異緣木求魚。
為了躲避災荒和瘟疫，更是不願再繼續戰爭，林丹汗屬部的烏珠穆沁、蘇尼特、浩齊特等部紛紛離開了他，投奔了漠北喀爾喀。
林丹汗此時已經利令智昏，乾脆又出兵攻打漠北喀爾喀，如果失敗，也許還能讓他冷靜下來，可惜，他又勝利了，漠北的扎薩克圖部和托輝特部被擊敗。同室操戈的鮮血，越流越多。
當林丹汗血戰宣大塞外的時候，後金的皇太極卻在蠶食林丹汗在故地的領土。
1628年22月，後金兵抵大凌河，留守的多羅特部首領古魯出兵迎擊，兵敗戰死，所部損失一萬一千二百餘人；
5月，後金兵犯阿拉克綽特，林丹汗大將因特塔布囊戰死；
9月，皇太極糾合敖漢、奈曼、扎魯特、哈剌嗔等部掃蕩錫爾博錫哈圖、英湯圖等地，察哈爾部眾「抗拒者殺之，其降者編戶」 。
也是不到一年，林丹汗留守故地的人馬全軍覆沒，都城察罕浩特成為一片廢墟。遼東一帶，完全劃歸後金版圖。
林丹汗每況愈下，故土丟失，新地紛亂，尤其是人心已經到了土崩瓦解的地步。為了歸攏人心，他召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名翻譯家，在1628～1629年期間翻譯了108卷《甘珠爾經》。林丹汗把祖傳下來的傳國玉璽、嘛哈噶喇金佛和《甘珠爾經》視為三大法寶，他也許認為，這些代表傳統和神聖的東西，會讓自己渡過難關。
這是他的一廂情願，祖先與神靈沒有一兵一卒，根本無法庇佑這個子孫和信徒。歸併遼東的後金可汗皇太極很快便開始了對他的最後一擊。
1632年4月，皇太極率後金軍與土默特、喀喇嗔、伊蘇特、扎魯特、敖漢、奈曼、科爾沁、阿魯科爾沁等幾乎所有歸附的蒙古部落，起兵10萬，遠征林丹汗。
大兵壓境，林丹汗準備決一死戰，但「疲甚、餓甚、窮甚」的部眾早已經沒有了抵抗的意志，「所部解體」。無奈中，林丹汗率眾渡黃河西撤。這場突如其來的撤退，部民大部分毫無準備，人馬輜重遺棄的遍地都是，待度過黃河時，已「沿途離散十之七八」 。後金軍彷彿不是來交戰，而是來收集難民和戰利品的。
這一場攻伐和潰逃，近在咫尺的明朝軍隊津津有味的做著看客，甚至還幫了後金不少忙。當蒙古余部不少逃入明邊，後金方面致書沙河堡明方官員索取察哈爾屬部土默特人時，明人將逃入堡中之人和林丹汗的財物全部「歸還」後金。之後，後金趨宣府，明官吏又獻出犒賞林丹汗所余財物，計緞布及虎豹等皮，共一萬二千五百件 。
雖然是不共戴天的敵人，明朝仍然願意在小範圍內和後金合作，全然不顧當年的盟友情分。雖然表現了明朝官吏的短視，但這枚苦果，卻是林丹汗自己種下的。
用鮮血換來的西部根據地，沒有經過一場像樣的戰鬥便全部失去，克什克騰部也投降了後金。林丹汗的主力無存，倒是新歸附的鄂爾多斯部和他一起進入了千里瀚海的毛烏素沙漠。
在那不毛之地，林丹汗將度過他生命的最後兩年。