雖然繼位是在1604年，但在此之後的整整十年當中，我們幾乎看不到他的影子。
從少得可憐的史料中，我們只能看到，他任命內喀爾喀五部中的烏齊葉特部首領錫爾呼納克杜棱為自己管理左翼三萬戶的特命大臣，以此換來了內喀爾喀聯盟對汗廷的靠攏；他在阿巴嘎哈喇山南麓（今內蒙古阿魯科爾沁旗罕蘇木蘇木）修建自己的都城「察罕浩特」。
其餘的，便是幾個極為不屑的評價。
萬曆三十四年（1606年）十月戊申，兵科都給事中宋一韓關於《邊事大略》的上奏中談到遼東方面時寫到：「自酉戌兩殞大師，遼尚可言哉。所幸天厭夷種，土蠻物故，稍稍息肩。獨凌丹憨新立，眾虜煽惑，都會，歹青等陽順陰逆，安能不相率響應，此遼東之情形也。」
而對於新立的「凌丹憨」，宋一韓給了五個字的評價：「窮餓之虜也」。
第二年，萬曆三十五年（1607年）的七月壬辰，兵部尚書蕭大亨的上奏中，則下了「幼憨嗣立，懦弱未威」的考語。
一個13歲的孩子，給人的印象，除了「窮餓」、「懦弱」還會有什麼呢？各部的貢奉全部停止，甚至連派往明蒙邊境進行貿易的商隊也被殺人越貨 。
除了恥辱，可汗的寶座帶給林丹巴圖爾的，確實不多。年紀還小的他也許會偷偷得掉下眼淚。但隨後，他還會以威嚴的面目出現在眾人面前。這是個不相信眼淚的時代，他必須要堅強地走下去。
整整十年，我們無法確切知道林丹巴圖爾幹了些什麼，我們只能從後來的事件中看出，他積蓄了整整十年的力量。為了日後的雄圖大志做個方面的準備，他要成為一個英勇戰士、一個合格的統帥，讓所有對手都不敢小看的敵人。
最重要的，他要成為一個真正的可汗。