阿剌知院刺殺也先，完全是出於私憤，事先並沒有政治方面的計畫。報仇雪恨後，下一步該怎麼辦，他完全沒有了主意。
他得這種遲疑，不但造成了衛拉特各部的分裂，也使自己很快陷入四面楚歌。
原本拜服在也先腳下的蒙古本部（都沁）各首領這個時候卻空前團結，迅速取得了主動權。
1454年，成吉思汗弟別里古台後裔毛里孩、另一弟哈撒兒後裔齊王勃魯乃、哈剌嗔首領孛來、永邵部首領癿加思蘭、知院阿哈剌忽、平章昂克、少師阿羅出等人擁立脫脫不花幼子馬兒古兒吉思為汗，汗號「烏珂克圖汗」。毛里孩與孛來同為太師，向明朝派遣使節宣布新汗繼位，同時迅速以「臣弒君」為名起兵攻打阿剌。
此時的衛拉特各部早已各奔前程，連最大的綽羅斯家族也已分裂，阿剌知院除了本部人馬沒有任何外援，眾寡懸殊之下，兵敗身亡。
以北元君臣來說，這也許只是一次討伐逆臣，使黃金家族復辟的戰鬥，與以前的歷次作戰沒有什麼區別。
但是，這卻是對蒙古歷史影響巨大的事件。
阿剌知院敗死，衛拉特各部西遷，這個一貫標榜獨立的部族從此不再和北元發生關係。他們沒有了統一的首領，也不再擁立大汗，開始了沒有目的的自行其是。
在此之前，他們希望掌握蒙古的最高權力，甚至希望代替黃金家族成為蒙古人的可汗。而在此之後，他們完全將自己置身於蒙古之外，徹底成為了敵國。
以後的北元蒙古，不再包括他們；蒙古的可汗也再與他們無關。
即使是中興之主，也無法再把他們納入麾下。