1646年八月，隆武帝在汀州遇害；九月，消息傳到湖廣和廣東、廣西等地，在南明各地官紳中又一次引起極大的震動。皇室繼統問題再次提上緊急日程。此時二十二歲的桂王朱由榔是萬曆皇帝唯一活著的親孫，也是崇禎皇帝血緣關係最近的堂弟，自然成了眾望所歸的人選。
清軍佔領浙江、福建以後，客觀的形勢造成了南明殘餘勢力向西南轉移。原任廣西巡撫瞿式耜等人提議擁立朱由榔即位繼統。掌握地方實權的兩廣總督丁魁楚卻心懷觀望，拖延不決。直到接到隆武朝大學士何吾騶的親筆信通知隆武帝已蒙難，建議速立桂王以後，才決定參加擁立行列。1646年十月初十日，朱由榔經過照例的三疏勸進，在廣東肇慶就任監國。
朱由榔在1644年國變前，就已經經歷了一場生死浩劫。
桂王朱由榔，明神宗之孫，桂恭王朱常瀛第七子。初封永明王，天啟七年（1627）九月二十六日就藩湖南衡州。崇禎十六年（1643年）八月，張獻忠部進軍湖南，永明王朱由榔在永州被大西軍俘獲，落入了張獻忠之手。正在性命難保時，朱由榔意外地受到一個混入大西政權的明朝官員的暗中保護，又恰逢張獻忠決定作戰略轉移，率領大西軍入川。大西軍北上後，明朝廣西征蠻將軍楊國威和部將焦璉率領四千多名士卒開進湖南永州等地，朱由榔才得以死裡逃生。1645年弘光朝廷覆亡，廣西巡撫瞿式耜有意擁戴朱由榔的哥哥朱由楥繼位。但當時南明的政治重心仍在東南，支派甚遠的唐王朱聿鍵在鄭芝龍兄弟和黃道周等人的支持下捷足先登，由監國而稱帝。瞿式耜的願望不僅沒有實現，自己也因受隆武帝的猜忌而被調職。不久，朱由楥一病不起，朱由榔被冊封為桂王。
朱由榔相貌堂堂，據說很像祖父萬曆皇帝朱翊鈞，可是生性懦弱，遇事毫無主見，用人又不當，實在承擔不起中興重任。因為父、兄的相繼去世，朱由榔才成為最有「資格」的朱明皇朝繼統人，但他對做皇帝的言談舉止卻一竅不通。湊巧太監王坤（又名王弘祖）投入他的府中，這人早在崇禎年間就已經受到皇帝的信任，懂得宮中「故事」，指點儀注，使他知道如何擺出皇帝的架勢，不至於出醜，王坤因此深受寵信。丁魁楚參與擁戴稍遲，又惟恐當不上首席大學士，於是同王坤串通結納，得以如願以償。王坤的弄權，使永曆朝廷一開始就陷入混亂和矛盾之中。
朱由榔監國七天後，就傳來了江西贛州失守的消息。儘管廣東肇慶距離江西贛州還有相當一段路程，卻舉朝洶洶，監國的喜慶氣氛消失得無影無蹤。司禮監太監王坤主張立即逃難，首輔丁魁楚隨聲附和，幾天後，小朝廷終於逃往廣西梧州。這種驚惶失措的舉動，對於維繫廣東人心自然是非常不利的。而且，朱由榔不知道另一個威脅正在附近出現。這就是朱聿鐭在廣州稱帝，又一次演出了明室宗藩同室操戈的鬧劇。
1646年八月福州陷落後，隆武帝的弟弟新唐王朱聿鐭倉惶乘船逃到廣州。隆武朝的大學士蘇觀生與丁魁楚素有過節，福州陷落時他正在廣東募兵，出於個人恩怨，他提出「兄終弟及」之說，於十一月在廣州擁立朱聿鐭為「監國」。三天後，就舉行登極大典，改元紹武。紹武政權最重要的一些官職，幾乎全由廣州本地人擔任。
朱聿鐭在廣州即位的消息傳到梧州，朱由榔和丁魁楚等人大吃一驚。朱由榔等人自知逃離廣東鑄下大錯，為了收拾廣東民心，立即東返肇慶，隨後宣布即皇帝位，祭告天地、社稷、祖宗，改明年為永曆元年。這樣，南明又出現二帝並存的局面。
對此，清人計六奇評道說：「肇慶府去廣州僅四百里，擁立時無一函商及三司各屬；既立後，復不頒新天子詔，元勛大老惟鬻爵擇腴是務。至於軍國重事，如峽以外設守廣州，防禦梅嶺，俱不暇顧，且暫為目前計而已。」
可見，在大敵當前、國難臨頭這樣的危急情況下，南明這些官紳們，仍蹈明後期的積習，各自懷著野心，死死抱住一個王子皇孫，作為政治資本，只顧他們自己加官晉爵，實現「佐命元輔」之野心，置國家民族於不顧。擁立後，儘管他們之間還繼續做說服工作，但結果只是加深了矛盾，怨隙越演越深，最後導致兵戎相見。
桂王和唐王的爭立，給南明殘疆剩土的地方官也增添了混亂。湖廣的何騰蛟、堵胤錫、章曠以及其他文武官員都先後收到了兩個朝廷頒發的「喜詔」，雖然他們基本上都站在桂王朱由榔一邊，唐王使者處處受冷遇，但事實上朝廷的威望相對被削弱，在許多問題上處於被動局面。
永曆朝廷遷回肇慶以後，立即派兵科給事中彭燿等人前往廣州，勸說朱聿鐭取消帝號，退位歸藩。彭燿到達廣州後，聲淚俱下地勸說蘇觀生不要同室操戈，還說紹武之立純粹是蘇觀生個人「貪一時之利，不顧大計」。蘇觀生大怒，悍然下令把彭燿等人拖出處斬，隨即調動軍隊，派陳際泰向肇慶進攻。永曆政權也調兵遣將，派兵部右侍郎林佳鼎迎擊。雙方都打著「討伐」的旗號。
兩個政權的注意力和珍貴的人力物力，被用在這種自相殘殺上，而雙方更大的共同敵人卻被暫時忘卻了。
十一月底，兩支南明的「討伐軍」相遇於廣東三水，永曆軍先獲勝利，攻殺八百多紹武兵，陳際泰狼狽而逃。林佳鼎初戰告捷，得意忘形，揮軍直殺廣州而來。紹武帝一下子著慌，蘇觀生倒有主意，他派林察率數萬海盜（現已招安為紹武軍）前往迎敵。林察與林佳鼎是舊相識，就派人詐降。林佳鼎信以為真，置林察兵於不顧，徑自帶領戰船追擊往海口方向竄逃的紹武殘軍。林察所率的昔日海盜個個勇于海戰，又富於經驗，暗中設伏，突然向永曆軍船施放火器，永曆兵大驚潰敗，不是被水淹死、被火燒死，就是被自家明軍殺死，林佳鼎本人也受炮擊，死無全屍。永曆軍幾乎全軍覆沒，只有三十餘騎人馬逃出此厄。
敗訊傳到肇慶，永曆朝廷又陷入一片驚惶失措之中，大學士瞿式耜自告奮勇，督領招募的義兵前往迎敵。沒過幾天就傳來了清軍佔領廣州、紹武政權覆亡的消息，朱由榔又再次登舟離開肇慶，經廣西逃往湖南。
與永曆政權的「窩裡斗」中大獲全勝，紹武帝飄飄然，自以為「天授帝位」，開始搞那套郊天、祭地、幸學、閱兵的花架子。君臣上下，又大肆封賞，胡亂賜官，究其實也，他只是廣州一個城的「皇帝」而已，「七門之外，號令不行」（黃宗羲《行朝錄》）。
正如古語所說：「螳螂捕蟬，黃雀在後」，永曆、紹武兩軍在海口血戰之際，李成棟、佟養甲的清軍已在漢奸辜朝薦（潮州人，退休明官）帶領下攻取漳州，又襲取潮州，並誘降大盜陳耀，攻克惠州。李成棟的清軍一路上最大的障礙是山路崎嶇，真正南明的抵抗幾乎沒怎麼遇到，往往是在城下一列兵，南明守軍就城門大開，府縣守官拿著簿冊恭謹獻降。為了麻痹廣州的紹武帝和蘇觀生，李成棟還讓各地官員書寫信件送遞廣州，報告說沒有任何清兵到來，致使廣州的紹武君臣相安泰然，自以為沒有任何迫近的危險。
1646年十二月十四日，李成棟派前鋒三百精騎兵從惠州出發，連夜西行，從增城潛入廣州北。清軍以帕包頭，偽裝成明朝軍隊，從水路大搖大擺乘船入城，然後上岸，直到布政司府前他們才在眾人面前掀掉頭上包布，露出剃青前額的滿人髮式，揮刀亂砍，大呼「大清兵到！」
「韃子來了！」一句驚呼，滿城皆沸，百姓民眾爭相躲避，亂成一鍋粥。
紹武帝正和蘇觀生等人在國子監「視學」，忽然有衛士急報清兵入城。蘇觀生非常生氣，昨天潮州還有信報說一切無恙，今天怎麼會有清兵來此！他揮手讓左右殺掉報信衛士。
入城的清兵很快殺掉廣州東門守衛，大開城門，數百清兵策馬沖入，大紅頂笠滿街馳奔，城中頓時鼎沸起來。紹武君臣這才知道清兵真的殺到，蘇觀生急令關閉城門，調兵作戰。可是，精兵都派往肇慶方面去對付永曆朝廷，一時調不回來，宿衛禁兵也一時召集不全，一時間作鳥獸散。廣州重鎮就這樣糊裡糊塗地被清軍佔領。
情急之下，紹武帝易服化裝外逃，但最終在城外被清兵抓住，關押在府院。李成棟大概因為廣州城攻克得太容易，心情不錯，沒有下令屠城，也沒有立刻殺掉紹武帝，還派人送食物飲水給紹武帝。這位一直昏庸無能的朱明爺們倒是有錚錚氣骨，堅拒不受，說：「我若飲汝一勺水，何以見先人於地下！」晚間，趁守兵不備，用衣帶自縊而死，和他哥哥一樣，做到了「國君死社稷」，總算有點骨氣子。
蘇觀生則跑到他一手「提拔」的生死好友吏部都給事中梁洪（上洪下金）處問計。梁洪一臉忠義，平靜說：「死耳，復何言！」於是兩人商定分入廳堂左右的東西房，上吊報國。可笑的是，梁洪入房後，自己掐住脖子嗷嗷叫幾聲，又踢翻凳子給自己「配音」。旁邊的蘇觀生認定這位好友已自殺殉國，提筆在牆上大書「大明忠臣義士固當死！」，然而上吊自殺殉節。梁洪聽得真切，馬上衝進屋指揮