閻應元這個人因為江陰抗清而名垂青史，他之前名不經傳。後面我們可以看到，無論從哪方面來說，他都是一個相當傑出的人才，軍事才華遠在史可法之上。但就是這樣一個人才，竟然在明朝只是一個小小的典史！由此也可見陳明遇此人的眼光不凡。
當黃道周的妻子蔡夫人在老家聽到丈夫出關的消息，長嘆一聲：「哪有將在內相在外而能成大事的？道周死得其所了！」
重新回到江南南明政權的話題。從六月初八到六月十四，潞王朱常淓的監國總共只有六天，時間極短，且毫無作為，成為南明史上的一個可笑的小插曲。
舉行登基大典儀式當天，「大風霧起，拔木揚沙」，尚璽官的坐騎受驚，玉璽摔落，碰壞一角。雖然兆征不祥，君臣還是很有平復天下的決心，銳意恢複。由於身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善於撫慰群臣，樂於納諫，甚至同意招納「大順軍」（李自成軍）余部，以共同抵抗清軍。同時，針對南明軍殺害剃髮的平民一事，他也予以阻止：「兵行所至，不可妄殺。有發為順民，無發為難民。」這一諭旨使得一般百姓歡呼鼓舞，紛紛來投。
這個時候，二十二歲的鄭成功的力量並不大，但在同清方反覆較量的過程中，他成功地將東南沿海地區的抗清勢力匯合成一支勁旅，鄭成功也逐步在歷史的大舞台上嶄露頭角。
鄭芝龍的跋扈由此可見一斑。黃道周的死對隆武帝是一個很大的打擊，之後隆武帝已經明白除非離開福建，擺脫鄭芝龍兄弟的控制，否則不可能有任何作為。於是，他決意親征，目的是第一步把行在移到江西贛州。按照理想的情況，如果江西用兵得手，可以西連湖南何騰蛟部，東接福建鄭芝龍部，南靠廣東。從這樣的戰略部署來看，江西的地位就格外突出。
一百年後，黃道周所抗拒的征服者的皇帝乾隆推崇他為古今完人。
魯監國政權既然已經失去了自己的基地，飄泊無所，糧餉無源，客觀上形成投奔鄭成功的勢態。這樣，在魯監國的文官武將中就出現了分化，有的轉入鄭成功部下，如閩安侯周瑞等人；有的則以寓公自居。定西侯張名振和監軍張煌言始終只願同鄭成功保持同盟關係。
陳明遇自感到缺乏軍事組織才能，在他推薦下，江陰士民將鄉居的原任典史（弘光時調升廣東英德縣主簿，未赴任）閻應元迎接入城擔負守城重任。
延平的隆武朝廷聽到清軍渡過錢塘江的消息後不久，鄭芝龍借口對付海盜襲擊，離開了延平。此時鄭芝龍已經決定投降滿清，秘密下令仙霞關守將放棄天險，自動撤退，這就給清將李成棟和佟養甲的率兵進攻讓開了道路。佟養甲是遼東「舊臣」，他的職責就是嚴密監視李成棟。
多爾袞在接到攻佔南京的捷報後，即遣使諭豫親王多鐸，命令「各處文武軍民盡令剃髮，儻有不從，以軍法從事」。在民族危難關頭，江南各地的漢族紳民迫於剃髮令，群情激奮，紛紛自發舉兵抗清。其中的一個地方就是上海與南京之間的美麗水鄉——江陰。它抵抗清軍達八十天之久。陷落的時候，有七萬多人死於清軍將領下令進行的血腥屠殺之中。
清軍進入金華後，借口「民不順命，因屠之」，又炮製了一場慘絕人寰的「揚州十日」。
滿清委派的知縣方亨到江陰上任後，遵照清廷法令張貼布告，令百姓剃髮。方亨叫書吏把府文寫成布告張貼，其中有「留頭不留髮，留髮不留頭」的話，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：「就死也罷！」消息很快傳遍全城，一時人人群情激憤。
不久後就發生了曾德事件。曾德原先是鄭彩部下的將領，鄭芝龍降清後，曾德不大得志，在鄭成功軍中受施琅節制。施琅被削去兵權後，曾德為求出頭之日，利用過去在鄭氏家族軍隊中的關係投入鄭成功營中，充當親隨，即所謂「恃鄭氏親昵，逃於鄭所」。施琅聽到消息後，大為憤慨，派人把曾德捉回斬首。鄭成功「馳令勿殺」，施琅卻悍然不顧，「促令殺之」。
朱聿鍵以明朝宗室遠親即位稱帝，實是時勢使然。但他一年以前還是高牆中的罪宗，既缺乏自己的班底，又沒有足夠的名分，儘管他頗想有一番作為，重建明朝江山，可先天的弱點使他不能不依賴福建的實權人物鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟。即位後，朱聿鍵就以擁戴功加封鄭芝龍為平虜侯，鄭鴻逵為定虜侯。為了收攬人心，朱聿鍵任命黃道周等二十餘人為大學士，入閣人數之多，在明代歷史上從未有過。
清廷對黃道周如此客氣，固然是敬重其儒林一代宗師的身份，更重要的，是抱著感化、勸降的用心。洪承疇親自出馬勸降，黃道周先是裝聾作啞，根本不認這位同鄉的老朋友：「洪承疇？早就在松山戰死了，先帝賜祭九壇，帶領百官親自哭臨，怎麼還會活著？一定是無賴小人冒充的。」
守城的閻應元、陳明遇也鼓勵城鄉義勇扼守危城，並派徽商程璧等人出城聯絡各地義師來援，卻始終沒有得到江浙救兵。堅持了八十天後，清軍集中大炮轟擊城東北角，城牆崩塌，清軍蜂擁而上，江陰因此失守。陳明遇巷戰而死，閻應元負傷後投湖自殺，卻被清軍及時從水中拖出，因不肯投降遇害。
鄭成功不承認近在咫尺的魯監國政權而遙奉永曆，並不是由於朱由榔在血統上近於帝室，而是欣賞「天高皇帝遠」，這符合他一貫的思想：「東南之事我為政」。在鄭成功內心深處，未必真的尊重那位永曆皇帝。1649年（順治六年）前後，鄭成功為了糧餉，與南明永曆政權的郝尚久爭奪潮州，導致清軍乘虛而入，郝尚久一怒下投降了滿清。鷸蚌相爭，漁翁得利。這樣，潮州就落入了滿清之手，鄭成功和南明永曆政權誰都沒有佔到便宜。這充分說明了鄭成功擴張自己的領地的策略，這大概是他們海盜家族的天性使然。只不過在大敵當前的形勢下，鄭成功這樣的表現只能說明他缺乏作為統帥人物的全局觀。他遇事容易衝動，往往憑一時的好惡不計後果地處理問題，在許多事情中都表現了出來。下面我們詳細來講鄭成功的一生。
公元1661年（順治十八年）二月初三日中午，兩萬五千名鄭家軍在金門島東向的料羅灣，登上了近四百艘戰船。鹿耳門之戰與鄭荷對決晌午時分，旌旗飛揚的龐大船隊，乘風破浪駛向台灣的中繼島，澎湖。次日，船隊來到了澎湖，泊峙內灣，鄭成功派出船隻到大員附近海面偵查，並在澎湖整裝，等候順風出發。
健跳所實際上只是浙江臨海縣瀕海的一個小地方，很難立足。魯監國及其隨從實際上經常住在船上，以防不測。到1649年秋，健跳所的糧食供應嚴重短缺，魯監國不得不放棄他在在大陸上的立足點。
二月初六夜，為了搶潮水，鄭成功決定冒險啟碇，在強風巨浪中向東南方航進。次日黎明，數百艘高掛著鄭字旗幟、漆著太陽與月亮並存的日月旗軍船，在蒙濛霧中，悄悄來到鹿耳門外港，於北線尾島外的海邊下錨。
台灣的荷蘭人同壟斷東南沿海海上貿易的鄭芝龍的關係一直不好，但同鄭成功的關係更加不好，因為鄭成功為了進行抗清的戰爭，經常干擾貿易。當時東印度公司中已經有人擔心鄭成功在沿海遭受挫折後會佔領台灣。1652年，台灣發生過一次反抗荷蘭人統治的起義，這次起義被荷蘭人認為是鄭成功派人煽動的。所以從那時起，荷蘭人對廈門周圍的每一次出征都很緊張，生怕鄭成功將入侵台灣，特別是當他在南京失敗以後。當時，荷蘭在台灣的兵力只有一千多名；但設在巴達維亞的東印度公司總部無意在台灣投入更多的軍隊，也不大相信謠言，沒有採取步驟加強殖民地的防務。
鄭芝龍的兒子鄭成功則與父親分道揚鑣，與叔叔鄭鴻逵一起率部退往金門。而在鄭芝龍自投羅網以後，清軍立即背信棄義地攻入安平鎮，大肆搶劫淫掠，鄭成功的母親田川氏也被姦汙，憤而自縊。鄭成功聞訊後，痛不欲生，更堅定了武裝抗清的信念。清兵飽掠而歸後，鄭成功回到安平，料理了母親的喪事，用黃金鑄造了一尊田川氏的坐像，飾以珠寶，朝夕上供，從此開始了他獨擋一面的長期抗清鬥爭。
鄭氏家族靠海上活動起家，而清軍不習海戰，這是鄭軍能夠長期活躍於東南沿海的重要原因。因為鄭成功處置失當，施琅投入了清方懷抱，使清廷能夠建立一支足以同鄭軍相抗衡的水師，這對後來局勢的發展是關係匪淺的。
連真心歸附清朝的漢人學者也在筆記中紛紛不平地記述道：「我朝（清）之初入中國也，衣冠一仍漢制。凡中朝臣子皆束髮頂進賢冠，為長服大袖，分為滿漢兩班。有山東進士孫之獬，陰為計，首剃髮迎降，以冀獨得歡心。乃歸滿班則滿以其為漢人也，不受。歸漢班則漢以其為滿飾也，不容。於是（孫之獬）羞憤上書……於是削髮令下，而中國之民無不人人思螳臂拒車斗，處處蜂起，江南百萬生靈盡膏野草，皆（孫）之獬一言激之也。原其心，止起於貪慕富貴，一念無恥，遂釀荼毒無窮之禍！」（《研堂見聞雜記》）
投降的潞王和福王等人後來