公元前246年，年僅十三歲的嬴政以太子身份繼承王位，史稱始皇帝元年。趙姬封為太后，呂不韋仍為相，除已封為文信侯外，還被尊為仲父。仲父，意即叔父，因齊桓公曾稱管仲為仲父，此後，仲父也就成了君王對最親近之重臣最為尊崇的稱呼。
呂不韋雖然在當上丞相的第一天就架空了庄襄王的實權，但畢竟還有一個王者的象徵高高聳立頭頂，他不得不有所顧忌。而現在，子楚一死，嬴政即位，秦國的政權、軍權全部落入他的手中，他想做什麼就可以做什麼，想怎麼辦就怎麼辦，無拘無束，成了一個典型的無冕之王。秦國軍民，唯有俯首伏地，唯唯諾諾而已。
至此，呂不韋才算真正知道了權力的力量與滋味，也就不難理解為什麼歷代會有那麼多芸芸眾生擁擠在一條狹窄的小路上，為了撈個一官半職而不惜一切代價乃至奮不顧身的。據史書所載，呂不韋雖然達到了權力的巔峰，但他仍保持著清醒的頭腦，並未忘乎所以做出什麼喪失理智的狂悖之舉。
正當他自我陶醉之時，趙姬卻主動找上門來了。自從來到秦國，以趙姬的身份、呂不韋的地位及壁壘森嚴的王宮而言，他們必然小心翼翼，即使有過眉目傳情之舉，但脫衣上床的私通行為，恐怕還不曾有過。然而，子楚一死，趙姬就再也按捺不住了。庄襄王今日一個美人，明日一個宮女，對猶如一本翻爛了的舊書般的趙姬，自然用心「耕耘」的功夫就少了。也就是說，自來秦宮的三四年間，趙姬名為王后，實際上卻在守活寡。這對一個還不到三十歲正值性慾旺盛之年的女人來說，比處於水深火熱之中還要難熬。子楚一死，趙姬就有了一種掙脫囚籠重獲自由的快感，呂不韋的膽子也大了起來，他摒棄左右，尋了一個秘密所在，讓趙姬痛痛快快地滿足了幾番。趙姬卻像久盼甘霖的枯禾，雨水一灑，禾苗就返青了、旺盛了。她並不滿足於幾粒可憐的雨露，她要取得名正言順的地位，與呂不韋重行結為夫妻。這在呂不韋看來肯定嗤為典型的婦人之見，作為商人出身的他所看重的並非虛名，而是一種可觸可摸可見的實利，與趙姬私通跟實際上的夫妻又有什麼兩樣？王宮森森，規矩嚴明，他們做得到嗎？兩人私通，已是冒天下之大不韙了，怎能繼續不顧死活直往前沖呢？可是，趙姬卻淚眼婆娑地苦苦相求，並提出要他廢掉嬴政自立為王的主意。她說：「只要當了秦王，我還是王后，咱們倆就可堂堂正正地待在一起了。」呂不韋聽了，當即愣住：「我怎能殺掉自己的親生的兒子搶奪他的王位呢？兒子為王，不就跟自己當王一回事嗎？再說，嬴政不也是你的兒子嗎？你怎就這麼狠心呢？」趙姬說：「一邊是我的兒子，一邊是我的情人，如果要我選擇其中一個的話，不韋，靠得住的還是你。畢竟，親生兒子並不等於咱們自己啊！」
這時，呂不韋才真正感到了事情的嚴重性。具有超常智慧的他很快就想出了一個自以為絕妙的脫身法子——他找到了一個名叫嫪毐的高大英俊的青年男子做替身，讓他以宦官的身份進入太后王宮服務。在處腐刑時，呂不韋特地派人做了手腳，並沒有除掉嫪毐褲襠里的兩粒睾丸。也就是說，派給趙姬的還是一個真正的男人。這樣一來，趙姬的慾火得到滿足，就不會來找呂不韋「扯皮拉筋」了。
在此期間，呂不韋又做了一件大利於秦國的事情。
近鄰韓國面對強秦的猛烈進攻，於無奈之際想出了一條拖住秦國的「疲兵之計」。他們派出一個名叫鄭國的優秀水利專家，勸說秦人修築一條大渠。秦國一旦動工修渠，將會投入大量的人力、物力、財力而無暇東征，韓國也就獲得了安全。韓國之所以想出這一計謀，就在於十年前，秦國蜀郡在郡守李冰的主持下治理岷江水害，修建了著名的都江堰水利灌溉工程，使得蜀地千里沃野成為秦國的大糧倉。這回，只要稍稍遊說，獲益多多、嘗過甜頭的秦國肯定會再次動工修渠的。
韓國的推測一點不錯，呂不韋見鄭國精通水利，而他提出的在關中地區修一大渠，然後取涇河之水灌溉關中平原的建議不僅切實可行，而且可以預見到的是，其獲利將不亞於都江堰。
於是，秦國又一項偉大的水利工程於秦始皇元年（公元前246年）正式動工，奠基儀式由相國呂不韋親往主持，其莊嚴隆重可想而知。
然而，最慣使用間諜、情報戰術的秦國很快就探明鄭國原來不過是韓國的一個姦細，而他勸說的秦國修渠之策，也是一條惡毒的疲秦之計。
疲秦之計雖然拖住了秦國，韓國可以再行苟延殘喘數年，但渠成之後，將是一項利國利民的不朽大業，秦國也會因此而更加富強。一個高明的拳擊手自然懂得，先將拳頭稍稍收回，然後再打出去會更加有力。
發現中計之後，呂不韋並沒有殺掉鄭國，而是繼續重用他將渠修下去。
這充分顯示了呂不韋心胸之豁達大度與用人的不拘一格，由此我們也窺見到了呂不韋身上的確具有一般凡夫俗子難以企及的遠見卓識與大家風範。
鄭國為了回報呂不韋的不殺之恩，對工程的設計與施工也就更加認真精心了。十年後，工程終於順利完工，呂不韋下令以水工鄭國的名字命名該渠，叫它鄭國渠，首開中國歷史上以人名命名某項工程之先河。
鄭國渠位於渭河以北，全長一百五十多公里，採用了原始的簡易渡槽，解決了橫跨諸多河流的問題，並利用有利地形，全部實行自流灌溉，顯示出高超的技術水平。鄭國渠建成之後，灌溉面積高達四萬多頃（約合現今二百八十萬畝），秦國的大本營——關中平原於一夜之間彷彿就變成了一座米糧倉。
隨著嬴政的一天天長大，他對呂不韋的怨恨也在加深，摩擦與矛盾漸漸變成或隱或顯的衝突。
前面我們曾經談到過，童年時的嬴政就因呂不韋與母親趙姬的曖昧關係而對他產生了一種朦朧的恨意。童年的生活與環境深刻地影響著個人性格的形成與發展，童年時期的本能感覺與好惡印象很有可能會凝成一種無法化解的心理定勢。嬴政在孩提時代萌生的恨意非但沒有隨著年齡的增長及呂不韋對他的關懷與摯愛慢慢消釋，反而還在一天天莫名地增長著。對待嬴政，除了關愛外，呂不韋更多的則是督責，督促他練文習武，刻苦用功，成為具有雄才大略的明君。而這，只會加深嬴政心頭的反感：你是誰？有什麼資格管我？仲父又算得了什麼？畢竟不是我的父親呢！別看我仲父仲父地叫得親熱，心裡頭可煩著你恨著你呢！
呂不韋對他的心理活動自然不曾知道，也不會對一個不甚懂事的孩子去進行一番深深的探究，他所能做的，只是在心裡頭一聲聲地呼喚著兒子，我的親親兒子，然後在行為上盡著一個父親應盡的職責。
公元前244年，秦國為了雪恥報仇，呂不韋重用敗軍之將蒙驁反攻魏國，一下子掠取了二十座城池，大獲全勝而歸。對此，身為相國的呂不韋免不了會露出幾分驕矜之色，沒想到秦王嬴政卻不屑一顧地說道：「這算得了什麼呢？只能算個半勝，若是我呀，就要一鼓作氣，率軍打到魏國首都大梁。」呂不韋聽了，覺得嬴政小小年紀就有如此氣勢，真是孺子可教也，不禁拈拈鬍鬚，頷首而笑。嬴政又繼續說道：「我要佔領大梁，屠城三日，然後乘勝消滅魏國，殺他個屍首遍地、血流成河，人人害怕，個個臣服，然後班師回宮！」呂不韋聽得驚驚咋咋，就想這孩子哪來這些兇惡可怕的念頭？得趕緊讓他轉彎，學點愛民撫民的治國之道才是。就找來幾個功底深厚的導師，給他灌述一些儒家、道家、墨家的思想與內容。
然而適得其反，那些先生們一天到晚喋喋不休的吟詠與講解弄得嬴政暈頭轉腦乏味極了，不由得產生了一種強烈的逆反心理。你要我學儒通墨懂道，我偏不理會這些破玩意兒！我要研習專與儒墨道唱對台戲的法家學說，把它當作法寶，看你仲父又能把我怎樣？
天下沒有不透風的牆，時間一長，呂不韋與趙姬的私通嬴政自然也會心知肚明。極有可能，他還有意無意間地見到過他們兩人繾綣相依的鏡頭。除了咬牙切齒地獨自憤怒外，對此他也無可奈何。於是，不禁又喚起了童年的恨意，新仇舊恨一齊湧上心頭，他發誓一有機會就要報復。而這次的仇恨對象，除了相國呂不韋，還有母親趙姬，他覺得母親淫亂宮闈，實在有失身份太不像話了！
少年嬴政的心頭，灌滿了一股難以言說、無從發泄的仇恨與羞辱。聯想到童年時所見，就追溯到了母親趙姬以前曾是呂不韋愛妾這一事實，聯想起秦國曾經流傳過他是一個小雜種的風言風語，一時間，聰穎的嬴政似乎什麼都明白了。
於是，他就認真地觀察相國那慈父般的眼神，回想仲父這些年對他的恩愛，一言一行，點點滴滴，歷歷在目。頓時，他的心頭涌過一股從未有過的親情與親切，呵，極有可能，仲父就是自己的親生父親呢！
明白了這一點，嬴政的心頭就變得複雜起來。
然而，呂不韋不僅我行我素，執掌著秦國的實際大權，就是對他這個名正言順的秦王，也根