這個時候，王孟英已經無法負擔家裡人的吃飯問題了，於是就把三女兒、四女兒嫁了出去，而四女兒嫁給的姚家，是在嘉興邊上比較僻靜的地方，當年的四月份，太平軍打到了王孟英居住的梅涇，「闔鎮皆逃」，就是說老百姓都跑沒了（太平軍不是人民的隊伍嗎），於是王孟英沒辦法，就帶著老婆，和剩下的五、六兩個女兒，一起跑到了嘉興的親家姚氏家裡，住了下來。
這時，上海那邊的朋友多次請他去看病，於是王孟英把老婆孩子託付給了姚姓親家，來到了上海。
公元1862年，在陰曆五月初三那天，五十多歲的王孟英一人來到了上海，呈現在他面前的是一個前所未見的繁華都市，他在自己的書里記載到：「不但滄海漸變桑田，中原宛如外國」，「帆檣林立，踵接肩摩，彈丸小邑，居然成一大都會矣」。
剛到上海，王孟英先是住在一個叫周采山的朋友開的「德泰紙號」內，這個周采山的四弟曾經患病，想請王孟英來上海診病，但是當時王孟英沒能來，等到現在來了，這個患者已經去世了。
但是王孟英本著走到哪裡，診病到哪裡的精神，在周家還是診了大量的患者，當然，其中也包括周采山和他剩下的兄弟姐妹。
周采山這個人喜歡喝酒，總覺得心下（胃那個部位）有塊地方堅硬得像有個盤子，吃飯很少，這兩天忽然大瀉，不想吃飯，王孟英診脈後，開了補氣滌痰、通陽化濕的方子，幾付葯就痊癒了。
王孟英治療周采山弟弟妹妹的病案我就不給大家舉例了，也都是藥到病除，所以周家兄弟都特佩服王孟英。
這裡，有一個人要說一下，這個人叫陳春泉，這位陳同志的小女兒才三歲，患了病，癥狀是身上忽冷忽熱，肚子脹，瀉肚子，醫生給治療了很多天，小孩子的脖子都已經軟了，四肢開始抽搐，涕淚全無，大家這個時候開始害怕了，有醫生試著給服用了溫補的藥物，結果變得神智都不清了，這幫醫生心裡也沒譜，又懷疑是邪氣內閉，於是又用了犀角等葯試試，結果病還是一天天嚴重，家裡人已經急得要瘋了，這麼試著治病哪成啊？東試驗一下，西試驗一下，您當我們家孩子是實驗室的小白鼠啊？您幾位都回去吧。但是送走了醫生，陳同志卻仍然束手無策。
這時，有人說王孟英來上海了，於是陳同志就找到了周采山，求他讓王孟英來給看看，於是王孟英來到了陳家，一診斷，就很輕鬆地說：這個孩子是飲食不節，脾胃不和罷了。
啊？這麼簡單？不可能吧，看這個病情可是嚴重得要死掉啦。
王孟英告訴陳同志，怎麼不可能，你仔細想想，她病前是不是吃什麼過量了？
陳同志仔細回憶，噢，對啊，那時候「因失恃無乳，常啖龍眼、棗脯等物以滋補也」。
這就對了，就是這個原因！
於是王孟英就開了一些消食導滯、清熱利濕的藥物。
只喝了一付，就見到了效果，幾付葯以後，就痊癒了。
天哪，這可真是高手啊！我們的陳同志佩服得簡直是五體投地，眼淚都流出來了，前面的那些醫生和眼前的這位怎麼比啊？
感激之餘，陳同志真夠意思，立刻提出，自己在黃歇浦西（估計就是現在的浦西，房價特高）有三間房子，王先生您要是不嫌棄，您就在那裡住下吧。
就這樣，王孟英在上海解決了住房問題，沒多久，他就把妻子和兩個女兒給接來了。
這三間房子開始熱鬧了起來，患者不斷登門，各類朋友紛至沓來，好多人都是原來看過王孟英的書，這回原版真人來到了這裡，於是一時間「虛室生白，人皆羨之」。
在上海，王孟英遇到了西方醫學。
其實王孟英很早就遇到了西醫，到了上海以後，則可以更加近距離地感受西醫了，那麼王孟英對西方的醫學是什麼看法呢？
歷來大家認為中西醫是兩門不同的學說，兩者格格不入，不大好互相交流。
但是，我們從清末民初的中醫學人的態度來看，大多數中醫對西醫是非常的包容的，是抱著學習的態度的。
從文獻中看，王孟英就曾經很詳細地研究過西醫的解剖學，他認為西醫的解剖做得非常的好，比如傳統中醫認為思考問題的地方主要在心，而王孟英在《重慶堂隨筆》中就論述了西醫在這方面是對的，「腦為主宰覺悟動作之司」。
終其一生，王孟英都在和霍亂作鬥爭，但卻只能做到拯救半數偏強的患者，如果他知道日後西醫有補充體液和糾正電解質紊亂等手段，能夠為治療搶得時間、降低死亡率，他又怎麼能夠不接受呢？
在他的心裡，只有救治患者是第一位的，並沒有中西醫的分別，只要是對救治有利的，就是他要學習的。
這就是個正確的態度。