他在松庄一住就是十多年，在這些日子裡，他除了整理一些學術著作，生活中一個比較重要的事情就是為人瞧病，因為此時他的醫名已經比較大了，前來求方的人很多。
他在臨床中發現，婦女患了病是比較凄慘的，過去人很封建，尤其是婦科疾病都認為是隱私，所以一般都是不好意思講，等到病重了，治療的難度也大多了，而婦女在中國社會環境下所承受的壓力也較大，生孩子，養孩子，孝敬公婆，伺候老公，都她一個人幹了，一般是還沒到四十歲呢，就是一個標準的黃臉婆了，有的甚至因疾病而早死。
而且，由於婦女的生理與男子不同，因此，其疾病也有自己的特點。
所以自古有「寧治十男子，不治一婦人」的說法。
在面對這些患者的時候，傅青主的心情是非常難過的，因為他想起了自己早逝的妻子。
為什麼治療婦女疾病的方法如此的少呢？難道婦女就不值得我們去尊重嗎？
於是，有著叛逆思想的傅青主開始刻意於婦科病的治療，並在這一期間寫下來流傳千古的《傅青主女科》。
說起這本《傅青主女科》真是值得特書一筆啊，這本書對婦科疾病分析得非常透徹，其中的藥方也是傅青主經過千錘百鍊，最後總結出的，此書之精鍊，臨床療效之好，我認為古今少見，就在今天，婦科醫生很多仍然是用其中的方葯來進行加減，全國每天婦科醫生開出的傅青主的醫方應以千計，我自己就在臨床中經常使用傅青主的方子，療效都非常的迅速，所以對其推崇異常，經常向同道朋友宣傳。
由於傅青主這個人太神秘了，光他的筆名就有幾十個，所以在清朝的時候曾經有人懷疑《傅青主女科》是否是他寫的，實際上在近世已經沒人爭論此事了，因為新中國成立後在山西發現了多部傅青主醫學著作的遺墨和抄本，經過文物考古專家鑒定，已經得到確認。
值得欣慰的是，隨著社會的穩定，家藏文物的人不斷獻寶，目前有更多的傅青主留下的文物正在被公諸於世。
除了《傅青主女科》，他還在這個階段寫下了很多其他醫學著作。
在他的詩作里，我們可以看到傅青主這一時期的寫作狀態，如：「一縷沉煙縈白牖，先生正著養生書」（摘自《青羊庵》，先生是指他自己）、「江泌惜陰乘月白，傅山徹夜醉霜紅」（摘自《紅葉樓》），可見他經常通宵達旦地寫著醫學著作。
當然，您別以為傅青主整天都在寫醫學著作，那就錯了，傅青主的博學是我們無法想像的，首先說他的書法，此時他的筆風已經由原來的雍容華貴一變成為了狂傲和洒脫，其氣勢之恢弘，其對章法之藐視都達到了令人動容的地步，尤其是他的草書作品，更是讓人看了心旌搖蕩，更有懾人的氣魄。
我經常向人講做事的境界問題，而書法是最能體現此中之道的，做事有「術」和「道」的區別，有「術」的人已經很不錯了，可是他們會經常發現，到一定程度以後自己再也無法提高了，怎麼努力都無濟於事，這個時候，如果他能夠獲得更高的境界，進入「道」的層次，那麼他就會獲得突破性的進展。而現在很多人寫草書，都是沉醉於「術」的層次，事先安排好運筆的路線，然後慢慢地按照設計線路書寫，這樣的作品，總是在二流中，而真正達到了一定境界的書家，則根本不是這樣寫的，他們完全是自己先進入酣暢淋漓的狀態中，然後揮筆而就，據說唐代張旭在寫狂草的時候，經常是喝了酒，自己興奮得大呼小叫，然後一蹴而就。這種作品，才是真正的能夠震動人心、氣勢磅礴的作品，讓他自己再寫第二遍都不可能。你再來看傅青主的作品，亦多如此。
因為，他已經達到了那種意在筆先，無拘無束的境界。
書法界公認，傅青主是中國最後一位草書大師，從此以後，如此大師，再也沒有出現過。
有的人說在20世紀80年代又出現了許多草書大師，在我看來，「出現了許多」，就等於「根本沒有出現」。
因為，書「道」的功夫在筆墨之外，在人生的境界中。
順便說一句，傅青主某些書法作品現在看起來（比如《嗇廬妙翰》手卷中的楷書），絕對是後現代主義作品，放在今天風格前衛的美術館中展出，仍然絕對前衛。
他和他兒子傅眉的某些畫也是，我乍一看嚇了一跳，這不是典型的印象派畫作嗎？
傅青主在學術研究方面則認為「古學不可廢」，因此他把研究各種古學都當作自己的任務，他提倡「經子平等」，在註解、訓詁、考據的基礎上，開始進行批註、評註、校改，他打破獨尊儒術的概念，對諸子百家一同研究，開創了研究子學的一代風氣，子學研究從他那裡開始繁榮起來。
總之，他所作的學問我難以用簡單的語言來概括，各位知道他是一位在學術各個方面都有巨大建樹的人就可以了。
有人會提出這樣的問題：這位涉獵的範圍如此的廣泛，能樣樣都精嗎？
這個問題我也曾考慮過，因為我也沒有達到那種境界，所以只好猜想（實在是沒有辦法啊，請各位原諒），但是我們會發現，這個世界上有許多大師，會同時在幾個領域裡都獨佔鰲頭，因此我猜想學問之間是互通的，是互相促進的，可能在一個領域達到了至高的境界，也會使人更容易理解其他領域的問題。大家也幫著想想，是不是這麼回事兒。
由於傅青主的學問太大了，所以前來拜訪的人絡繹不絕，全國各地的許多學術精英都前來拜訪，進行學術交流，其中比較有影響的比如著名大思想家、學者顧炎武，這位是當時學術界的一大牛人，也是學貫天人，他也是極重民族氣節，一生反清，同時學問淵博，在音韻、訓詁、考據方面是一代大師，他和傅青主兩人一見如故，從此成為了一生的好朋友，這兩位大學究在一起，那可真叫一絕，他們倆說話估計您站旁邊可能聽不懂，因為全是典故，聽上去就跟江湖黑話似的，在《十七史商榷》中記載，有天傅青主叫顧炎武起床，說了句「汀茫久矣！」顧炎武一愣，繼而才恍然大悟，原來古音中「天」就讀做「汀」，「明」就讀做「茫」，也就是「天亮很久了」的意思，人家大學究的說法就是不同。
兩人在一起還寫了大量的詩，各位別以為古人寫詩很費精力，其實就和我們發帖子一樣，隨手寫的，特快。這兩人寫的詩拿來，可能大家基本都看不懂，也都是滿篇的典故，看來學問太大了也是毛病啊！
當然，這樣也有一點好處，就是他們在商量反清復明的事情的時候，就是弄一個清廷的密探在身邊，這位密探伸多長的耳朵也聽不懂，怎麼也要個教授級的密探才能聽個大概。
這二位後來還為了給反清復明提供方便，創造了一種轉運資金的方式，就是票號，這就是後來橫行天下的山西票號的開始，沒有想到，兩位大學究的一個點子，竟創造了日後的票號傳奇。
為了生活，傅青主和兒子傅眉在太原南門附近的玄通觀旁開了個藥局，其實傅青主不常在那裡，生意主要是傅眉打理的，有趣的是，我們的高人傅青主極具廣告意識，竟然自己手書廣告招貼，貼到大街上，這可真是一大奇聞，現在山西省博物館還收藏著傅青主親筆廣告招貼一張，實在是讓人眼界大開，現在我給收錄如下，讓大家也欣賞一下：
怎麼樣？有趣吧，瞧人家廣告寫得都那麼對仗，可能要說這知識分子下海，傅青主算是早的了。
但是，估計這則廣告的效果不會好，因為大家一看是傅青主寫的，立馬就搶先撕下來，拿回家當寶貝收藏了（這不就最後流轉到山西省博物館了），估計傅青主寫一萬張也沒有用，只能是讓現在拍賣行里更熱鬧一些而已。
當然，這個藥鋪只是傅青主一家糊口而已，他的生活依舊拮据，經常是靠朋友們接濟度日。