從那以後，傅青主繼續在民間行醫，同時著書立說，直到四十九歲的時候，發生了著名的「朱衣道人案」，所謂朱衣道人就是傅青主的別號，傅青主因此被捕入獄。
事情發生的起因是這樣的，當時在南方還有南明永曆政權，從事反清運動（後來被吳三桂給鎮壓了），永曆政府派了一個叫宋謙的人到山西來組織起義，此人來到山西後，廣泛聯繫山西反清人士，準備伺機起義，宋謙曾經前來見過傅青主。
本來宋謙和各界人士約好在三月十五日起義，但他在三月十二日路過武安縣的時候，有個捕頭髮現宋謙騎著騾馬，並隨身帶著弓箭，形跡可疑，就報告了縣衙，結果縣衙派兵丁在十三日凌晨將宋謙抓獲，在嚴刑拷打下，宋謙變節，供出了起義的一些組織者，這其中就有傅青主的名字，於是河南巡撫（此事發生在晉冀豫交界）上報朝廷，不久，朝廷下令，將宋濂正法（這是個很愚蠢的命令），捉拿其他人等。
於是傅青主及其兒子傅眉入獄。
整個案件的過程其實我們能夠從普通文獻里見到的記載很少，大家歷來說法不一，但幸運的是，1963年在北京中央檔案館的清朝檔案中發現了「朱衣道人案」的審訊記錄和判決題本，這樣，我們就看到了真實的情況，對事情有了深入的了解。
傅青主在被捕後，「容色自如」，雖嚴刑拷打，仍「言語不亂」，顯示了大丈夫本色。
在審訊中，傅青主面對審問，從容應對，一口咬定沒有參與，拒絕供出其他人，因為知道宋謙已經被處決，所以在應對中提出了一個要求：「若將姓宋的提來，與山（傅青主自己，傅山）雜在亂人中，他若認識得山，山便情願認罪。」（以上為審訊記錄原文）
審訊的人氣得腦袋都快爆了，哪位王八蛋下令先把宋謙殺掉的啊（皇上下的令），現在死無對證啊。
沒辦法，只有嚴刑拷打，於是大刑伺候！
這個案子一直牽動到清朝的最高統治者，順治皇帝幾次硃批，指示如何進行審理，可見清政府對此十分重視。
可是，卻一直從傅青主的嘴裡得不到任何有價值的內容。
最後，傅青主說宋謙來拜訪他的時候他拒絕了，沒有見面，當時有山西布政司經略魏一鰲正巧來傅青主的家裡給他父親求藥方，所以親眼看見，可以作證。
傅青主就是這麼隨口一說，其實哪有這事啊？
那麼，如果衙門去詢問魏一鰲豈不就暴露了嗎？
實際上，傅青主心裡是有數的，能夠在危急關頭託身的朋友是誰，他自己心裡應該很清楚。
果然，衙門派人到布政司魏一鰲那裡詢問。
魏一鰲聽了，連一點猶豫都沒有：「沒錯兒，當時我就在傅青主的家裡，親眼看見的，他們沒有見面。」
什麼是真正的朋友？可以將生死相托者方是！
這事兒又被彙報給朝廷，北京那邊在八月由皇上下旨，由刑部尚書任俊、都察院左都御史龔鼎孳、大理寺卿尼堪等十五名大臣會審（級別很高了），結果又是搞不出了結論，最後還是告訴下面，嚴刑逼供！
在遭受酷刑的時候，傅青主還曾經以絕食來進行抗爭，他曾絕食九日，可見其不屈的意志！
傅青主是六月份被捕的，期間受盡了折磨（大家可以想像出來，清朝的酷刑是比較多的），嚴刑拷打甚至摧毀了他的健康，但始終不曾低頭。
他還在監獄裡寫下了許多詩篇，在詩中，他曾經用堅硬如石的老椿樹來比喻自己：「獄中無樂意，鳥雀難一來。即此老椿樹，亦如生鐵材。高枝麗雲日，瘦干能風霾。深夜鳴金石，堅貞似有儕。」其堅毅樂觀之氣節，令人讚歎！
要是我們自己碰到這種情況不知道會表現如何，您可以設想一下，被日本鬼子抓去了，會經受得住嚴刑拷打嗎？
傅青主不但能，居然在監獄裡還有精力給別人講課（俺真是服了），他在給一個青年獄友講忠孝的事情的時候，提到了自己的母親，其實，傅青主在監獄中最擔心的就是自己的老母親，自己的老母親已經八十多歲了，還讓她跟著自己擔驚受怕，實在是心中不忍啊，但是他說忠孝不可兩全，想必母親該會理解自己「責有不得辭」吧。
那麼傅青主的母親此時如何呢？文獻載，老人家對傅青主的侄子傅仁說：「你二大爺我已是舍了他了」，老人此時家裡已經沒有什麼人了，兒子和孫子都入了監獄，但老人卻對痛苦平靜如常，她對傅青主的朋友們說：「道人兒應有今日事，即死亦分，不必救也！」可見，她早已做好了犧牲自己兒子的準備。
那麼，難道老人真的是那麼的堅強嗎？實際上，人心皆為肉長，哪有不痛心之理？別人告訴傅青主，他的母親實際上卻已「飲食稀少，淚眼腫痛」，背地裡「念兒憶孫，不少絕口」！
傅青主聽了以後，心如刀割，「熱淚澆心」。
到了年根底，由於始終審不出個眉目來，只好先把傅青主的兒子傅眉放回。
傅青主在後來的詩里描述了傅眉一路狂奔回家的情況：「黃昏奔西村（他們家居住的地方），幾死固碾溝（差點掉進溝里）。敲門見祖母，不信是爾不。稍馬頃少米，菜向鄰家求。明日是年下（除夕），稀粥寒燈篝。老母舉一匙，如我進遮羞。」
詩中寫到傅眉回家後，老祖母簡直不相信是他回來了，馬上拿出僅有的一點米，然後向鄰居要了點菜，給傅眉做吃的，明天就是除夕夜了，結果祖孫兩人在寒冷的屋子裡喝點稀粥就算迎接新年了。
每次讀到這首詩，我都會淚流滿面。
好一位深明大義的老人啊！
在審訊實在沒有什麼結果後，只好在第二年的七月份，由順治皇帝下旨，把傅青主給釋放了。
時人稱讚傅青主「浩氣如虹貫碧空」。
傅青主在出獄以後，曾經去南方做了一次遊歷，估計他的目的是想考察一下南方反清鬥爭到底進行得如何了，因為聽到的傳說太多，今天說那兒起義了，後天又說沒有，到底如何呢？傅青主決定親自去看看。
這次遊歷的結果是，傅青主看到清朝政府已經基本控制了全國的局勢，各地已經基本平靜了下來，老百姓已經開始恢複生產了。正所謂，大勢已去矣。
這次遊歷是傅青主生活的一個轉折點，從此，他知道武力鬥爭已經沒有太大希望，自己能夠做的，只是與清政府不合作而已。
回到山西後，傅青主搬到了太原東山腳下的松庄，因為他不承認滿清政府，認為自己是僑居在異國的統治下，所以一直稱自己僑居松庄（當時還沒有護照之類的說法，所以華僑的身份可以自己封）。
在他僑居松庄的第一年，他的母親去世了，享年八十四歲。