回到山西後，他繼續在民間遊歷，一邊診病，一邊聯絡有識之士。他在這一時期的診病活動是可以從他的詩作中看出來的，他與老百姓建立了非常好的關係，走到一個村子，就給人看病，也不收診費，然後這家給他點飯，那家給他些水果，一個書香門第出身的大學問家，此刻開始徹底地融入了老百姓之中了。
但是，傅青主這個時期的反清復明活動卻很少能夠在文獻中找到，因為當時的活動太隱秘了，在那些時候都無法見諸記載，當然我們現在也就無從看到了，但是從他的一些詩作里，仍然可以看出一些蛛絲馬跡。
在公元1649年，也就是傅青主四十四歲那年，山西各地開始了農民起義，反清的大旗被重新拉了起來。
看來這些起義很讓清政府頭暈，因為清政府一下派出了多爾袞、鰲拜等著名的猛人出征前來鎮壓。
在清政府殘酷的鎮壓下，起義軍損失慘重，但也殲滅了大量的清軍。
傅青主曾經積極地參與策划起義等事宜，其中他們一同參與的，有當年在三立書院和傅青主一起進京請願的薛宗周、王如金。
在最後的日子裡，他們聚集了很多起義人員，準備奔赴太原，參加最後的決戰（此時前方已經開戰了），在路過雷家堡的時候，有位曹舉人為他們擺酒餞行，在席間，曹舉人勸大家，現在實力懸殊，就別去送死了。
薛宗周激動地說：「我們也知道此去有去無回，但如果我們看到了明朝的旗號，卻還觀望的話，那麼我們還算是大丈夫嗎？！」（極知事不無利鈍，但見我明旗號，尚觀望，非夫也）
然後，薛宗周轉身對王如金說：「你有老母親在堂，就別去了！」
王如金盯著薛宗周回答：「我已經和母親講了，是老母親讓我去戰鬥的！」
薛宗周含著眼淚點了點頭。
最後，他把傅青主拉到了旁邊，對傅青主說了一番話。
他說：「青主，你我兄弟一場，今天就要分別了。」
傅青主很詫異：「此事怎講？」
薛宗周：「我希望你能夠活下去，我們這些人里，你的筆法最好，我希望你能夠在我們戰死後，把我們的故事寫下去！」
傅青主一聽急了：「大家一同出生入死，為國捐軀，豈可獨活我一人！」
薛宗周：「青主，此事必須有人記載下去，這比我們去戰鬥還重要啊，否則，壯士們一腔碧血，轉眼就會被掩埋掉的，反清復明的大業，又豈是一天能夠完成的！」
傅青主的眼淚洶湧而出，已經無法說話了。
薛宗周：「青主，為了弟兄們，請你一定要活下去啊！一定要把壯士們的精神寫給後代！讓千古之後的人知道，什麼是『忠義』二字！」
傅青主緊緊地抓著這位兄弟的手，淚流滿面。
然後，薛宗周轉過身，帶領著這幾百人的隊伍，奔赴前線。
此次戰役，清軍派重兵大舉進攻，起義軍最後退守晉祠，清軍攻城幾日不克，最後挖地道放入炸藥，炸開城牆，起義軍與清軍展開了白刃戰，王如金身中數箭，力戰而死，薛宗周力戰群敵，最後葬身烈焰之中。
他們不是正規的軍人，他們是手無縛雞之力的書生，但是，在國難當頭的時刻，他們卻拔劍殺敵，慷慨赴死！
面對這些前輩，我們斯復何言！
在事後，傅青主含著眼淚，寫下了飽含悲憤之情的《汾二子傳》，其中詳細地記載了起義的過程，和最後壯士們慷慨赴死的過程，此文流傳了下來，我們現在可以看到。
傅青主一生都在自責，怎麼沒有在那場戰鬥中和大家一起死去。
但是，我相信，薛宗周在九泉之下一定會微笑的，他一定會說：謝謝你，青主，是你，成就了我們的義舉！感謝你。
《汾二子傳》這樣的文章流傳了下來，傅青主一生寫的多如牛毛的攻擊清朝的詩作也流傳了下來，其實我一直都很奇怪，為什麼在文字獄那麼多的清朝，傅青主會是一個例外，不但沒有因此而受到瓜葛，清政府還不斷地試圖給他官做，最後連皇上都對他特客氣，真是奇怪，看來，有忠義之心的人連敵人都會佩服的啊。