到底傅青主在五峰山上向郭靜中道長學習了多長時間，文獻中沒有記載，似乎時間不是很久，但是，以傅青主學貫天人的博學之才，稍加點撥就會融會貫通的，他在研讀中醫古典著作的同時（現存《霜紅龕集》有傅青主讀《黃帝內經》的大段筆記），還在閱讀諸子百家的時候來與醫學理論互相參證，這則是其他人所無法做到的。
我相信他一定從郭靜中道長的嘴裡得到了切實的指點，因為他在《題幼科證治準繩》中，提出了學習醫學的正確途徑，他說：「既習此，實無省事之術，但細細讀諸論，再從老醫口授，自當明解」，既然他認為「從老醫口授」如此重要，而在他的一生中並未見他跟隨其他人學習，因此，郭靜中道長的指點一定是十分重要的。
在他下山以後，開始在山西各地遊歷，他的足跡遍及平定、壽陽、盂縣等地，一方面尋訪志同道合之士，伺機準備反清復明，另一方面開始了行醫的實踐活動，在這段時間裡，他的醫學理論和臨床實踐開始結合，醫療水準得以大幅度的提高。
在這樣的歲月中，公元1644年過去了，也就是說，崇禎十七年甲申，是人們使用明朝年號的最後一年了，在這一年的除夕之夜，傅青主百感交集，他寫下了《甲申守歲》這首詩：「三十八歲盡可死，棲棲不死復何言。徐生許下愁方寸，庾子江關黯一天。蒲坐小團消客盡，燭深寒淚下殘編。怕眠誰與聞雞舞，戀著崇禎十七年。」
凄慘之意，盡顯筆端。
但是，其中又透露種種豪情，似有所寄託。
這樣過了一年，在公元1645年，發生了一件意想不到的事情，傅青主的老師，就是那位傅青主幫著打官司的袁繼咸老師，在反清鬥爭中，被俘了。
袁繼咸老師在武昌，後來清軍入關後，他就跑到了南明政府，負責抗清的軍事事務，在清兵南下的戰鬥中，不幸被俘，被押送到了北京。
在被押解的途中，他寫了一首詩給傅青主，詩云：「獨子同憂患，於今乃離別，乾坤留古道，生死見心知。貫械還余草，傳燈不以詩，悠悠千載業，努力慰相思。」
然後，他還說他已經知道傅青主出家為道士了，很高興，並鼓勵傅青主一定不要出山為清廷做事。
傅青主在接到老師的信以後，猶如五雷轟頂，雖然他早已料到會有這麼一天，但沒有想到會來得這麼的快，怎麼辦？恩師的生死命懸一線了！此次情況，與當年被誣告有著天地之別，這次絕對是殺頭之罪啊！
於是，傅青主毅然辭別家人，收拾行囊，秘密潛入了京城。
在京城，他早晚窺視監獄的情況，伺機解救袁繼咸老師。
但是，此時的清政府已經政權鞏固，豈是一個區區傅青主可以劫得了法場的？於是，不久袁繼咸就被清政府殺害了。
在被殺之前，袁繼咸老師給傅青主傳出來一封信，信中說，自己有兩本著作，一本《經觀》已經完成了，另一本《史觀》還沒有完成，傅青主能否替自己寫完，同時，他說：「山西的那些學者中，唯有你傅青主最了解我，現在我不希望你來為我送行。但是，請相信，我絕對不會做出對不起國家的事情，使你日後以結識我為羞啊！」（晉士唯門下知我甚深，不遠蓋棺。斷不敢負門下知之，使異日羞稱袁繼咸為友生也）
這封信，在傳到了傅青主的手中的時候，傅青主知道一切都晚了，他的老師已經殉國了，他手捧著書信，放聲大哭！說：「嗚呼！吾亦安敢負公哉！吾亦安敢負公哉！」
在民族危難之際，這些文弱的學者，用飛濺的一腔熱血，來印證了「捨生取義」這四個字！
最後，傅青主收拾了老師的書稿，含著眼淚，返回了山西。