就在傅青主的家庭連遭不幸的同時，大明王朝也即將走到了他的盡頭，傅青主在這一年和幾個同學去拜訪了一位一百多歲的老和尚，這位老和尚曾經在遼東逗留過，傅青主他們非常想知道明軍與清兵的交戰情況，就問這位和尚：「熊廷弼大人在遼東怎麼樣啊？」
只見這位老和尚仰天長嘆：「好個熊經略，好個熊經略！」然後伏地叩拜，半天不起，當他再次起身時，只見他已經是淚流滿面了。
傅青主等人都被這位老和尚的舉動所震撼了，忙問緣故，原來，熊廷弼被朝廷奸人陷害，已經被崇禎皇帝處以死刑了。
那天，大家的心中都感到了無比的沉重，每個人都似乎預感到了大明王朝的衰敗。
同年，傅青主參加了鄉試，沒有中，那位老和尚前來道喜，傅青主感到很鬱悶，心想這位拿我開心呢吧？就說：「老和尚你搞錯了，我沒中！」
老和尚很認真地說：「對，就是因為你沒中，所以我才道賀！」
傅青主聽了，恍然大悟，從此放棄了科舉的念頭。
在這些年裡，傅山寫出了《兩漢書人姓名韻》這樣一本專業書籍，此書考據嚴謹，工程浩大，是不下一定的功夫難以完成的著作，隨後，他又寫了《性史》一書，注意，這本《性史》不是寫男女關係的，而是寫心性的問題，探討「孝友之理」，「取二十一史應在孝友傳而不入者，與在孝友傳而不足為經者，兼及近代所聞見者」，是一本純粹的學術研究著作。
這個時候，唯一讓人感覺有些興奮的事情就是，三立書院發來了邀請，請傅青主去做老師，給學生們講課。
這似乎是好事，要知道現在畢業能夠留校任教也是好差事，可是，傅青主卻怎麼也樂不出來，因為，李自成已經馬上要打過來了（或者說是已經打過去了）。
學校讓傅青主等老師講課的內容居然是軍事教育等，有什麼火攻、守城之類的。
也不知道文人傅青主老師的講課效果如何，總之文獻中只留下了他評價當時教育政策的一句話：「迂哉，蔡公（當時的巡撫，兼管三立書院的工作）之言，非可以起而行者也。」
其實這句話說的很空，也沒有提出自己的見解，反正評價別人迂也好，自己迂也好，此刻都不管什麼用了，因為天下的趨勢已經無人能夠阻攔了！
相信任何處在明清交替時期的人都會感到無比困惑的，因為時局變化得太快了，公元1644年，也就是著名的甲申年，三月的時候李自成攻克了北京，崇禎皇帝上吊自盡了，明朝滅亡，正當這些忠於明朝的文人痛罵李自成的時候，五月份清兵就進駐了北京，然後清兵就橫掃中原，估計當時的老百姓只能看見軍隊打來打去，估計都快分不清到底是誰打誰了。
清兵殺過來後，鬥爭的矛盾性質就變了，原來還是中原的內訌呢，這可就是外族入侵了，雖然現在滿族已經和我們是一個大家庭了，我還有若干個哥們兒的老婆是滿族人，但是那時候的認識可不是這樣，否則您就沒法兒理解為什麼那麼多人寧可掉腦袋也要抗爭到底，那個時候人們對清兵的憤恨，和後來對日本兵的憤恨是一種性質的，抵抗外侮的。
就在眨眼之間，文人心中的支柱，大明王朝覆滅了，取而代之來統治自己的居然是些騎著馬的外族人。
這對傅青主來說才是無比巨大的真正的打擊，甚至他整個一生都沒能從這種陰影里走出來。在那些日子裡，傅青主在數次努力參與抗爭鬥爭後，感覺憑自己的力量是無法與整個局勢抗衡的，怎麼辦？清兵此時開始要求所有的漢人剃頭了，難道自己也要被剃成一個瓜皮頭？那可真是奇恥大辱啊，怎麼辦呢？
此時，另一位醫生喻嘉言的辦法是：出家當和尚。
傅青主和喻嘉言的辦法有著異曲同工之妙：出家當道士。
就在這一年，傅青主三十八歲，他上五峰山，拜還陽真人郭靜中為師，出家做了道士。