傅青主贏得了官司，回到山西後，開始埋頭於學術研究。
從這個時候開始，傅青主對所謂的舉子業開始失去了興趣，因為他在北京看到了官場的腐敗，他覺得在那樣烏七八糟的環境中是不會令自己快樂的，從此，他開始將注意力集中到了諸如史學、宗教等方面的研究中。
我們現在能夠見到的傅青主最早的一幅書法作品，就是出自這個時期，是書寫於1641年的《上蘭五龍祠場圃記》，現在我就正在端詳著這幅書法作品的拓本，我把自己的感受向大家彙報一下吧：它以行草風格書寫，給人的感受是筆勢圓轉流暢，雍容華貴，從容不迫，看上去與明朝和平時期的文徵明、祝枝山等人的作品很有些相似之處，其筆意之嫻雅，與王羲之的書法作品亦有相通之點。可見，前期正規的書法訓練，給傅青主的書法奠定了堅實的基礎，但是，由於此刻他還沒有經歷人生中真正的驚濤駭浪，因此，書法還沒有達到真正的至高境界，至少，還沒有讓人望之駭然，精神為之一振的地步。
另外，傅青主到底是什麼時候開始學醫的呢？這是一個不解之謎，有的文獻說他是家傳醫學：「家傳故有禁方，乃資以自活」，這個說法不夠確切，或者可能是家裡有一些醫書，但是他卻沒有學習，因為在他十幾歲的時候父親患了外感病，甚至到了病危的地步，根據文獻，具體的癥狀是：「呃逆，直視，循衣摸床，發黃髮瘢」，如果傅青主此時要是經過醫學訓練的話，那麼用《傷寒論》中的方法就可以解決問題，至少是緩解，但他卻相信神仙，聽說南關文昌廟特靈，就跑去那裡一心求神，結果拿回了一些莫名其妙的神仙藥，父親服下後病情有所減輕，他還認為是神仙顯靈了，可見當時他還沒有學醫。
在他的妻子去世後，我們也沒有找到他學習醫學的記載，有可能他開始對此事關注，但還沒有開始學。
實際上，傅青主自己的身體就非常的不好，小的時候曾經幾次得了重病，差點死去，把他的父母嚇壞了。
在傅青主三十五歲的時候，也就是他從北京打官司回來四年後，他的家庭再次遭遇打擊，他哥哥傅庚的兒子傅襄病了，具體患的是什麼病文獻中沒有記載，只知道沒有多久就死去了，年齡只有二十歲，就在傅襄去世的當天，他年僅十九歲的妻子喝下毒藥殉情自盡。
一對兒文靜可愛的年輕夫妻就這樣地相伴著離開了人世，這是何等的令人痛心啊，傅青主的心中感到了錐心刺骨般的疼痛，他自己描述到：「庚辰夏，舍侄物故，余長日擁被坐，昏昏然不出門，亦不見客，中楚不時作」。
由於有關傅青主的文獻存世的比較少，而且研究得不夠，所以我們對傅青主並不真正的了解，很多人只知道他是個水平非常高的醫生，甚至很多人認為他是「神醫」，但是，人們卻不知道他的醫術是怎麼來的，更不知道他和他的家庭曾經被病魔逼迫到了何種地步！
現在，讓我們來看看作為一個凡人的傅青主真正的情況吧，看看他是如何一步一步走上鑽研醫學的道路的。
傅青主的侄子去世的第二年春天（1641），很不幸，傅青主自己也感染上了瘟疫，這次的病嚴重得用他自己的話來說是「幾死」，就是幾乎死掉。具體患病的情況傅青主自己沒有記載，可見，這個時候他對醫藥並不了解，也沒有解救的對策，多虧他的哥哥傅庚照顧他，為他精心調護，傅青主才活了下來，但是這次患病的時間卻很長，直到秋天的時候還沒有完全恢複。
可是，傅青主自己的病剛剛好，他的哥哥卻不幸地染上了病，在第二年夏天，就去世了。
到底哥哥患病的情況如何，文獻中也沒有記載，我們已經無法了解當時的具體情況了，只知道這次失去兄長對傅青主的打擊無比巨大。
傅青主自己記載說在那些日子裡，他和老母親兩個人整天抱頭痛哭（此時他父親已經去世），母親一會兒安慰他，他一會兒安慰母親，但那都是無濟於事的，隨即兩個人又痛哭。（日夜共老母哭泣，老母慰山，山慰老母，隨復涕出，不能仰視）
在那些日子裡，傅青主甚至到了不能出門的地步，「直怕見人家有兄弟偕行者」，看到了人家兄弟，就想起了自己的哥哥，就會抑制不住自己，失聲痛哭！
看到了吧，這就是傅青主年輕時期的真實狀態，病魔一個一個地奪去了他的家人的生命，傅青主雖然此時已經學富五車，卻無能為力，並因此被折磨得痛苦不堪。
怎麼辦啊傅青主？努力學習醫學吧！千萬不要讓這樣的事情再次發生了，快快找到你自己的位置吧，因為你日後將是我們的大醫傅青主！
相信這是此時所有看官的心聲。
我現在要告訴您，不要著急，因為老天爺對他的打擊還沒有真正的到來，在他的人生歷程中，他還要經歷更大風雨，遭受更大的打擊！