這是道光九年十二月間的一夜。三九隆冬滴水成冰，北風吹在身上，穿得再厚實也覺得刀割一般生疼。甫交戌時，北京城裡各處商鋪攤販便都歇了業，大街頓時顯得空曠寂寥。安定門大街板廠衚衕恆家大院里卻是燈火通明，一干下人源源不斷捧著熱氣騰騰的烤鴨、涮羊肉、油爆肚仁、炸佛手卷什麼的往廳堂里送，主人正在那裡宴客。
上席坐著的是位清癯老者，尋常衣冠，看上去不是官場人物，神情也很是謙遜隨和，但陪客的眾人卻甚是恭敬，唯恐招待不周。
此人便是京城裡大大有名的醫生王清任。那日下午他冒寒為恆家出診，一帖葯下去沒多久，昏沉多日的病人便出了身汗，呻吟著喚餓。恆府闔家大喜，硬不放清任回家，定要他喝了酒再走。
席間清任三句不離本行，說的多是些行醫的病例和心得。幾巡酒下來，他有了些醉意，長嘆一聲：「我已過花甲，時日不多，只是有一心事未了，甚是不甘哪。」眾人忙問是何事，他開始不肯講，說是怕壞了大夥胃口，後來經不起一再追問才道：「我方從醫，便有志願，希望能明了人體臟腑——治病不明臟腑，何異於瞎子夜行啊。多年來一有機會便觀看凌遲行刑，甚至到亂葬崗觀察被野狗刨出的死屍；到如今對內臟形狀位置大致也有了些掌握，但對膈膜一物始終不能詳解，年事日高，每當想到此處總覺不安，甚是苦惱啊！」
眾人頓覺倒胃，但席間一人拈鬚微笑，慢慢道：「先生莫急，或許在下倒可以幫上幾分忙——我當年帶兵鎮守哈密時，所見誅戮甚多，別的見識沒有，對此物卻有幾分了解……」
話未說完，王清任已是離座而起，走到這人面前畢恭畢敬做了一個揖，口裡連稱討教不絕，未了長長舒口氣道：「四十二年了，今日終於有望完滿……」
燈光下，眾人分明看見老醫生的臉頰微微顫抖著，兩眼似乎有些晶瑩。
次年，王清任所著《醫林改錯》終於刊行。
《醫林改錯》分上、下兩卷，三萬餘言，主要內容有兩方面：其一是「改錯」，王清任認為前人醫書言臟腑多與解剖形態不符，自相矛盾錯誤百出，於是他根據平生觀察研究，一一繪製了自己認為正確的「親見改正臟腑圖形」；另一則是他對人體氣血理論的獨到認識。
《醫林改錯》問世之後，幾百年來毀譽不一。一般說來，後人對其氣血學說崇信者甚多，爭論的焦點大多集中在清任的臟腑理論上。此書一出，便在醫界激起軒然大波，引來眾多名醫的激烈攻擊，說王清任是個「不自量」的「狂徒」，所謂「《醫林改錯》，越改越錯」，流傳開來甚至可能是種可怕的流毒。
反對者中，一部分是囿於傳統倫理觀念，視毀傷他人身體為極其不仁的行為，漫罵王清任研究屍體是「教人於胔骼堆中殺人場上學醫」，如今回頭看去，早已經是荒唐的言論，消散於歷史的風煙之中。而另一些人則認為清任的理論是離經叛道的悖逆學說，甚至有人漫罵他此舉是標新立異，拿經典做靶子，企圖「東張西望東集西湊，便可駕聖賢而上，」嘩眾取寵出風頭。
不可否認，古代典籍歷經千百年流傳下來，出於對前輩大師的敬畏和由此產生的自卑，加之老邁儒學的思想禁錮，多數醫家確實缺少探索創新精神，很難突破前人的藩籬。遇到疑難或者與己見相悖之處，大多懷疑自家學問未到，實在想不通時乾脆繞著走，說所有的不可解釋不過是古書錯簡、衍脫，一拍屁股避開了事。這些人對清任的責難沒有多大的價值。問題在於，儘管也有很多人認為他對臟腑的明確劃分，是一種形態學上的準確化過程，但不少學者根據中醫傳統理論，對王清任提出了很有力的批評。
大部分學者認為，中醫學幾千年來對「臟腑」的定義，從未真正使用過解剖學和形態學的方法，「五臟六腑」藏象學說，在中醫學體系中始終是一種功能化的概念，而不等同於實實在在的器官。
也就是說，中醫學說的臟腑，雖然與現代人體解剖學的臟器名稱相同，但並不就是那幾塊血淋淋的肉，而是一個複雜的體系；中醫藏象學說里的一個臟腑，可能包含了解剖學中幾個臟器的生理功能。比如中醫所說的「心臟」，並不僅僅是解剖學上那個由心肌瓣膜組成的拳頭大小的物件，還包括了大部分神經系統和循環系統的功能，甚至還有思維功能。
此心非彼心，對一般人解釋這個道理可能比較困難，好在中醫有的是獨特的內容。用「命門」的概念來解說這個理論可能會容易理解一點。命門，這個中醫獨有的臟器，自《黃帝內經》提出後，幾千年來，它究竟在人體哪個部位眾說紛紜。有右腎說，有兩腎皆是說，有兩腎之間說，還有人說命門不是有形的器官，只是存在於兩腎之間的一股氣。但儘管各有各的說法，但對命門「男子以藏精、女子以系胞」的功能卻基本沒有異議，也不影響他們各據領會開出的藥方的療效。這正說明了中醫藏象學說重視的首先是人體器官的功能。
如果說一些西方醫學家對命門學說可能會嗤之以鼻——你倒是找出左右兩腎的區別，證明出一個命門給我們各位Doctor看看？說什麼「命門者，諸精神之所舍，原氣之所系也」，故弄玄虛天書一般，胡說八道！那麼對於中醫的經絡學說，他們就不得不瞠目結舌連呼不可思議了。
看武俠小說的，對經絡都不陌生，提起金庸筆下的六脈神劍人人眉飛色舞，發燒級的甚至能一一道出到底是哪六道經脈；說到打通任督二脈，更有人是手舞足蹈悠然神往。然而，當西方科學家搬出所有最先進的吃飯傢伙，密密麻麻在人身上纏滿花花綠綠粗粗細細的電線，大動干戈折騰一番後，還是只能聳聳肩攤開手，一頭霧水：「不過儘是些血管神經，經絡在哪裡呢？沒有啊？」——這之前他們早已經將N個命苦的遺體一寸寸解剖得支離破碎了。
雖然在人體內找不到任何經脈的跡象，但他們不敢像對待命門那樣貿然否認經絡的存在：確鑿的證據使得他們啞口無言，以經絡學說為理論基礎的針灸顯示出不可思議的效果在他們眼裡看來簡直是神跡。且不提針灸對中風、神經痛、失眠、落枕等大大小小疾病的突出療效，只憑几枚髮絲般的銀針便可以阻擋痛覺，進行手術麻醉，這就不能不逼著洋博士們一邊摘眼鏡抹汗水一邊繼續硬著頭皮尋找這理論上遍布全身而事實上卻看不見摸不著的所謂經絡了——針灸，是最早走出國門，為西方醫學界不得不接受的中醫科目之一。
很清楚了，中醫拘泥的並不是哪個器官到底在哪裡，幾斤幾兩長什麼樣，更在乎的是這個臟器到底有什麼功能。對中醫有價值的是活體上功能的運轉，人一斷氣，便是一堆死肉，研究得再透徹也已是離開了本相。如有人真正用解剖學上的器官來對應理論中的臟器，混淆功能和實體，就好比用名詞取代了動詞形容詞，多少犯了偷換概念的錯誤；按此路子發展下去，以一個器官涵蓋一個系統，確實有限制醫家思維的危險，說是流毒，雖然誇大其辭，但不能不說也有些道理。
甚至當代還有醫家認為，王清任對解剖學的研究走的是一條不該走的路，混亂了中西醫基本理論，「吃家飯，管野事」，他根本就不該去研究什麼解剖學——
機械的解剖學如何能解釋得了中醫？
這場尚未完全塵埃落定的爭論，背後隱藏著中西方醫學間根本性的區別。
中、西醫植根於絕然不同的理論體系。
西方現代醫學是在解剖學基礎上建立和發展起來的，它對人體的認識和理解基於具體局部的解剖，以微觀分析研究為手段。
也就是說，在西方醫家眼裡，人體是由神經、血管、骨骼、肌肉、皮膚等等一樣樣組裝起來的精密合成體。他們的研究方法，是把人身上能切的薄薄切來，能取的用試管盛了，放到顯微鏡下細細打量或是用各種方法測試成分；再設計出層出不窮的儀器，如什麼X射線、胃鏡、CT，想盡方法使人體所有角落都無所遁形。因此他們看人，雖是七零八落，但又分門別類各成系統；並且隨著研究的深入越來越瑣碎，科目也隨之越分越細，有個笑話說西醫連左右鼻孔都得分科，儘管誇張了些但也說明了這一趨勢。
中醫最根本的理論是陰陽學說，人體的一切都可分為陰陽兩方面，而陰陽卻是互根互用相互依賴，不可須臾分離的——就像人類可以分為男女，但強行分開兩性必然會滅絕人種。所以儘管也分為五臟六腑五官九竅四肢百骸，但這些林林總總其實全部統一在陰陽之下，各種臟器密切相關，相生相剋運轉不息，從而構成了這個萬物之靈的人身。因此在中醫眼裡，人體是一個不可分割的和諧整體；他們看人，從來不是一塊塊肉一根根骨一個個臟器孤立地看。
如老中醫看病，甚至不用你開口，只是上下打量一番，歪著頭，不動聲色地把上一會脈後，便會悠悠地吐出幾個字：「看來，你某處不太好啊。」當時定有不少懷揣西醫診斷報告的患者覺得此老高深莫測，佩服得五體投地——居然能與X射線不差分毫，這定