明熹宗特別寵愛奶媽客氏，她的「對食」魏忠賢也就跟著雞犬升天，做了司禮監的秉筆太監。這個職位權力極大，不但是宮中的太監頭兒，還因為對大臣們的上奏有批答的權力，甚至於相當半個皇帝，要是皇帝是個不管事的，如熹宗這樣的，那就幾乎是整個皇上了。不過既然叫「秉筆」，可見從事這個職位的太監魏忠賢得有很高的文化素養才行，否則也看不懂那些寫給皇帝的奏章是什麼，更不要說批答。熹宗又是個文盲，這秉筆太監的作用就更加重要。但是，巧得很，他這個秉筆太監魏忠賢，竟也是一個文盲。
魏忠賢原來不過是個市井無賴，因為借錢不還，讓人逼債逼急了，就憤而自宮，入宮做了太監。他雖然大字不識一個，卻狡黠多智，記性特別好，還善於逢迎拍馬，所以不久就在宮中混得不錯。後來又勾搭上極受皇帝寵愛的奶媽客氏，做了客氏的「對食」，成了皇帝身邊親近的人。他善於揣摩皇帝心意，知道小皇帝愛玩，就想出各種新鮮有趣的玩法讓小皇帝開心不已，因此得到了小皇帝的極大信任，就讓他做了秉筆太監。
「秉筆」太監而不識字，怎麼批答奏摺呢。這倒也難不倒魏忠賢，他自有辦法。他讓親信把奏章上晦澀的文言給他用口語講出來。然後他發號施令，再由那人翻成文言，給他用硃筆寫在奏摺上。這麼一番折騰，倒也弄得有模有樣。小皇帝也是文盲，又糊糊塗塗地愛忘事，自然不會和他計較這些。魏忠賢還和他的前輩劉瑾公公學了一招，也是等皇帝正玩得高興，比如說正在拿著刨子鋸子大作木工活的時候，就拿上公文奏摺請皇帝批示，皇帝興緻正高，哪裡想看這些玩意，總是不耐煩地揮揮手，讓他去自行處理。於是，魏忠賢就把朝中大權牢牢地掌握在自己手裡。
魏忠賢胡作非為，朝中大臣們自然不幹。左副都御史楊漣彈劾魏忠賢二十四大罪。說：「宮中、府中，大事、小事，無一不是忠賢專擅」，一時間百官響應，彈劾魏忠賢的呼聲甚高，連魏忠賢都有點害怕，對皇帝說自己要出宮避禍。皇帝哪裡肯放，溫言勸諭，百般挽留，還為此輟朝三日；後來又傳下聖旨，敕諸臣不得擅出奏事。於是群臣大嘩，又開始紛紛上奏。可皇帝就是鐵了心要留魏忠賢，大臣們也沒有辦法，首輔葉向高還因此辭職。而魏忠賢看到皇帝對他如此支持，膽子就越來越大了。他總攬朝內外一切大權，人稱「九千歲」，還有人稱他「九千九百九十九歲」，和「萬歲」只差一歲。朝中官吏多投奔到他的門下，有「五虎」、「五彪」、「十狗」、「十孩兒」、「四十孫」等等名號。他的死黨從中央到地方，自內閣、六部至四方總督、巡撫皆有。當然，魏忠賢也不是得到所有人的附合，和他做激烈鬥爭的，就是「東林黨」。
東林黨由其領袖顧憲成所講學的東林書院而得名。顧憲成曾經給東林書院題寫了一幅很有名的對聯：「風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事、事事關心。」由此可見此「黨」人的抱負。他們往往不畏強權，為民請命，大膽彈劾朝中權貴，甚至敢於冒犯「龍顏」。他們提出反對礦監稅使掠奪、減輕賦役負擔、發展東南地區經濟等主張，同時要求開放言路、抑制宦官和貴族特權、實行改良。這些針砭時政的意見得到社會的廣泛支持，同時也遭到宦官及其依附勢力的激烈反對。魏忠賢亂政受到了他們的極力彈劾，就對他們恨之入骨，瘋狂迫害。他搗毀了東林書院，還把全國的書院都關閉了，又誣陷已經退休的東林黨領袖高攀龍貪贓枉法，派遣錦衣衛騎快馬去加以抓捕。高攀龍卻十分鎮定，寫好兩封信交給孫子，讓他們明天交給錦衣衛的人，之後便投入池中而死。
魏忠賢又指使爪牙去蘇州抓另一位東林黨人周順昌，結果在當地激起民憤，數千人聚集在官府衙門外，以顏佩韋等人為首擊鼓鳴冤。太監們驕橫不法，與民眾產生了衝突，當場被打死了一個。東林廠於是，巡撫毛一鷺向朝廷報告「吳人盡反」，派軍隊鎮壓，逮捕了顏佩韋等五人，污衊他們是「首亂者」，隨即加以殺害。為防止民眾再次造反，竟將五人首級懸於城門之上，來威懾民眾。但當天晚上魏忠賢就做了一個惡夢，夢見五人索要他的首級。他極為恐慌，害怕自己就要死掉。這時手下人給他出了個主意，勸他給自己建祠堂，一來自己的肉身化成了塑像，可以鎮住這些鬼魂；二來可以更好地控制民眾，增添他們的恐懼心。一般祠堂都是為了紀念去世的人而建的，但魏忠賢還活著沒死，所以就叫做「生祠」。於是魏忠賢就命令心腹在蘇州為自己修建生祠。生祠建得富麗堂皇。匾額上是皇帝的御書「普德」兩字。祠堂裡面供奉著魏忠賢的肖像，用罕見的香木雕刻，眉眼口鼻，四肢衣著，都與本人一般無二。肖像的肚子里，裝滿了金玉珠寶。在頭髻上留下一小孔，裡面插著四季的鮮花，芬芳撲鼻，香氣四溢。一幫馬屁精每天都要到生祠燒香叩拜，命令凡是路過的人，也要行五拜禮，呼九千九百歲。
有了打頭的，別的馬屁精自然紛紛仿效，都把這當成了向魏忠賢獻忠心的手段。一時間「九千歲」生祠滿天下。一座比一座富麗，「極壯麗莊嚴，不但朱戶雕梁，甚有用琉璃瓦，幾同宮殿」，祠中都供奉魏忠賢生像，頭戴官帽，身穿朝服，手持玉笏，竟是帝王的規格了。各地官員在迎奉塑像時也莊嚴肅穆，儼然如迎接皇帝一般。不僅為官者如此，一般商人、土豪，乃至地痞、無賴也都跟著湊熱鬧，規模越搞越大，裝飾越搞越華麗，有的地方甚至出現了拆民房、廟宇甚至於學校來爭建生祠的。天啟七年（1627年）五月，松江監生陸萬令，居然奏請在國子監里為魏忠賢建造一座祠堂，還在奏章中肉麻地說「九千歲」功德蓋世，堪比孔子，把魏忠賢和孔子並提。顧炎武在總結明亡原因時，說很重要的一條就是「士大夫無恥」，可謂在此得到了淋漓盡致的表現。
但是，魏忠賢雖然是「九千九百九十九歲」，比「萬歲」就差一點，但到底不是「萬歲」，一旦皇帝不在了，他通天的權力也就沒有了。天啟七年（1627年），小皇帝一次在宮中花園裡的湖中划船，不慎掉到了水裡，魏忠賢嚇壞了，趕忙跳下水去救皇帝，其他人也紛紛跳入水中。皇帝撈上來了，卻因為驚嚇，不久就生了大病。魏忠賢十分擔心，他從宮中府庫里找出大紅壽字紗，做成衣服讓宮中上下都穿上，來為皇帝祈福。還不停地讓人對著皇帝的寢宮大喊：「聖駕萬安矣」。但這一切都沒有用處，八月二十二日，熹宗去世。因為他沒有子嗣，皇后張氏主持立他的弟弟信王朱由檢為帝，是為崇禎帝，也是明代最後一位皇帝。魏忠賢十分忌憚信王，對他即位百般阻撓，但在張皇后的堅持和周旋下，沒能得逞。後來崇禎終於設計扳倒了魏忠賢，將之趕出宮廷，安置在鳳陽。魏忠賢於路畏罪自殺。客氏則被趕到浣衣局亂棒打死。二人的親族也大多被殺，依附他們的無恥之徒則被逐出朝廷。被魏忠賢排擠的東林黨人再次上台，崇禎帝也有心勵精圖治。但已經太晚了，明朝已經是危急重重，從根子里腐爛了。十七年後，李自成大軍攻入北京，崇禎帝在煤山自縊，明朝滅亡。