明神宗一生的統治，被歷史學家分為了三個階段：前十年奮發圖強，中間十年由勤變懶，最後近三十年「萬事不理」。不過，頭十年的奮發圖強恐怕還是張居正的功勞，所以一旦皇帝自己親政，他懶的本性馬上全部顯露。但是，懶皇帝雖然很多，可是「萬事不理」，堂堂的天子居然「罷工」，卻也是一件駭人聽聞的事情。原來，這與神宗朝的一件大事「國本之爭」有關。
所謂「國本」，就是指的太子的人選。對於「家天下」的封建王朝來說，皇位的繼承人是個很關鍵的問題，算得上是國家的根本，所以，被稱為「國本」。一般來說，立太子的原則是有嫡立嫡，無嫡立長。也就是說皇后所生的兒子自然會是太子，若皇后沒有兒子，就立皇帝的長子為太子。明神宗的皇后王氏沒有兒子，他的長子是王恭妃所生的朱常洛。於是，按照慣例，他就應該立這個兒子為太子。但是，皇帝寵愛的卻是第三子朱常洵，因為，這個兒子是他心愛的鄭貴妃所生。
萬曆六年（1578年），小皇帝大婚，迎娶皇后王氏，同時選取「九嬪」，鄭氏就是九嬪之一。神宗皇帝的王皇后容貌平常，又秉持著傳統的「婦德」，皇帝對她不感興趣，卻對機智聰敏的鄭氏十分寵愛，平時一般都在她宮中留宿，妃嬪無一人能及。萬曆十四年（1586），鄭氏生下了皇三子朱常洵，神宗馬上冊封她為僅次於皇后的皇貴妃。但這一晉封卻引起了宮廷內外的紛紛議論。
原來，在皇帝大婚之前，他有一次到母親李太后的宮中給她請安，忽然一時興起，看上了太后身邊一個姓王的宮女，就和她春風一度。事後，皇帝還挺不好意思，不敢讓李太后知道，他大婚的時候所納的「九嬪」中也沒有她。但是，這位王宮女不久懷孕了，李太后向皇帝詢問這件事情，他還不肯承認，後來拿出紀錄皇帝行蹤的「起居注」一對日期，才沒話可說。李太后卻沒有生氣，倒是覺得自己馬上就要抱上孫子了，十分高興。於是封那個宮女為恭妃。後來，她就給皇帝生下了皇長子朱常洛。
雖然如此，但皇帝卻並不喜歡這個王恭妃，那次「臨幸」她不過是一時衝動罷了。等到有了心愛的鄭氏，就更是把他們母子拋到一邊。現在鄭氏也給他生了一個兒子，他便立刻封她為貴妃，而早就生了兒子的王恭妃，卻沒有這種待遇。於是在朝野上下看來，這就是皇帝打算廢長立幼的標誌了。
其實，不論是皇長子朱常洛，還是皇三子朱常洵，現在都還不過是小孩子，也分不出什麼好歹。或許在皇帝看來，到底要立誰是自己的家事，當然是由自己說得算。但那些大臣們可不那麼想，有明一代的大臣們是受理學影響極深的，對於維護禮制有著無比的熱情。當年就和神宗皇帝的爺爺世宗皇帝因為要不要管親爹叫爹的問題大鬧一場，氣得世宗皇帝在午門打了一百多個大臣的屁股，成為震驚一時的「大禮議」事件。是不是管親爹叫爹不過是個稱呼問題，尚且掀起了這般軒然大波。關係到今後誰是下一任皇帝這樣的「國本」問題，就自然更加引起了大臣們的嚴重關注，於是，當年二月，戶科給事中姜應麟首先上奏，主張「冊立元嗣為東宮，以定天下之本」。
這自然是逆了皇帝的心意，於是這位官員馬上被貶得遠遠的。但是，一個人倒下去了，還有千萬個人跟上來。一時間，主張立皇長子朱常洛為太子的奏章雪片一般的飛到皇帝這裡，弄得他暈頭轉向，心煩不已。一氣之下，恨不得像他爺爺學習，把這幫不知死活的傢伙也送到午門去打屁股。但是，當年明世宗的「大禮議」本來就是眾說紛紜，皇帝管親爹叫爹也不是沒有一點理論根據；而神宗打算廢長立幼，卻是一點理都不佔，再說他也做不到爺爺那麼陰刻，覺得這麼亂打一氣總歸不大像是「聖明天子」所為，於是，他就想出了一個自以為不錯的妙計——拖。
皇帝先是勸大臣們不要著急，皇后還很年輕嘛，萬一她將來生下一個兒子，不就是理所當然的太子，何必急著現在就立王恭妃的兒子。但是，皇帝自從寵愛了鄭貴妃，就再也不肯到皇后那裡去，皇后這兒子又從何生起。群臣們不肯上當，皇帝就使出了第二招，萬曆二十一年（1593年），神宗準備把皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一併封王，借口等他們長大些再擇其善者為太子，以此來搪塞朝臣。結果朝臣大嘩，神宗不得不收回前命。後來這件事情一直爭論不已，其間又出現了不少「妖書」，影射宮廷嫡庶之爭，弄得天下人心混亂。結果還是皇帝的母親李太后出來干預，她問皇帝：「為何遲遲不立常洛為太子？」皇帝慌不擇言：「他不過是個宮女的兒子罷了。」李太后本是穆宗皇帝的宮女，因為生了神宗皇帝才被晉封為貴妃，後來兒子即位又成為皇太后的，現在聽到皇帝兒子說出這種話來，立刻大怒道：「你也是宮女的兒子！」嚇得皇帝趕緊叩首請罪。
得到了李太后的支持，又加上群臣的壓力，皇帝只好在萬曆二十九年（1602年）十月，怏怏不樂地立皇長子朱常洛才為皇太子。至此，「國本之爭」告一段落，朝野上下才算安頓下來。
群臣雖然取得了勝利，但皇帝卻憋了一口氣。於是他產生了報復心理：你們既然不讓我立喜歡的兒子做太子，那我就「不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講」，乾脆「罷工」。
他想到做到，先是不肯上朝，又不肯「召對」大臣，於是慢慢地就連內閣的大學士們也很少見到皇帝的面了；後來更是發展到不批奏章，臣下們的奏章一概「留中」不發。皇帝很明白，對於那些他不喜歡的奏摺，只要一加以貶斥，馬上就會給朝臣們找來更多的上奏理由，又使他們得到了「訕君買直」的機會。現在乾脆給他一個不理，讓這幫「忠君愛國」的臣子們面對空氣作戰。至於他自己，就躲到深宮裡呆著去了。
這一點倒很有他爺爺的風範。當年明世宗也曾經一住西苑很多年，不去上朝。但是，世宗皇帝還是肯見見內閣大臣的，奏章也還批複，而且他躲起來的目的是為了煉丹藥。神宗皇帝又不煉藥，他躲在宮裡打算幹什麼，就成為了後代人一直十分關注的話題。
有人猜想，皇帝大人大概是抽上了鴉片煙，躺在煙榻上吞雲吐霧，自然不會再對朝政感興趣，據說他還給鴉片起名叫「福壽膏」。明代中後期以來，對鴉片的進口就開始有所增加，對之徵收進口稅就始於萬曆十七年（1589年）。定陵挖掘之後，曾對神宗的屍骨做過檢測，其中果然含有嗎啡的成分。不過，當時的鴉片雖然傳入了中國，但一般都是作為藥物使用的，十分昂貴，時人稱「其價與黃金等」。皇帝服用鴉片是否到了成癮的地步，卻也很難斷定。不過，《本草綱目》在談到鴉片時說「俗人房中術用」，恐怕這才是皇帝喜歡「福壽膏」的原因吧。
明神宗沉迷酒色，這也被大臣們的奏摺所證實。如萬曆十七年（1589年）大理寺左評事雒於仁所上的那個著名的「酒色財氣」疏。其中就提到了皇帝「戀色」的毛病，說他不但迷戀鄭貴妃，還養了「十俊」，搞起同性戀來。不過，到了神宗作皇帝的明代中後期，社會風氣已經頗為「開放」，縱情聲色成為了一時的風尚，追求酒色財氣也被視為人之常情，這一點，在小說《金瓶梅》中就有淋漓盡致的展現。而當時的士大夫之間，竟有因狎妓得了性病而寫在詩里誇耀的。而且，明代的男風也是盛行一時，小說家馮夢龍曾經編過一本《情史》專門搜集古往今來的愛情故事，其中有一類叫作「情外」，就是記載著形形色色的同性戀，他還宣稱「世故有癖好若此者，情豈獨在內哉。」這麼看來，神宗皇帝的行為也不算是十分過分，比起明武宗那種令人瞠目結舌的大鬧，他這還算是老實的。但是，不管他躲在宮裡幹什麼，這種不負責任的「罷工」，都帶來了要命的後果。據記載，到萬曆三十年（1602年），定陵官員空缺的現象已然非常嚴重。這一年，南、北兩京共缺尚書三名、侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的編製，南、北二京六部應當有尚書十二名，侍郎二十四名，這時總共缺了近三分之一。到萬曆三十四年（1606年），中央九卿要員中空缺一半，有的衙署竟然一個人也沒有。到了萬曆四十年（1612年），內閣僅剩下了葉向高一個人，六卿僅趙煥一人，都察院已經連續八年沒有正官。文官集團幾乎癱瘓。而此時明王朝已是到了崩潰的邊緣。
萬曆四十八年（1620年）七月二十一日，明神宗病逝，十月，葬於定陵。1956年5月，中國考古隊開始對定陵進行挖掘。1959年9月，建立定陵博物館。