宋理宗在他的晚年任用賈似道為相。此人是他的寵妃賈妃的弟弟，原本是個市井無賴，專好鬥雞走狗，出沒花街柳巷。但憑著他姐姐的關係，得以步步陞官。不過賈似道雖然沒什麼學問，倒頗有「術」，所以他一旦入相，便以「整頓朝綱」為名，把理宗身邊的佞幸如董宋臣之流清除乾淨，還嚴禁外戚子弟不得作郡守、監司，一時間這些人都不敢再干政。賈似道權傾朝野，便可以任意地拉幫結派，扶植黨羽了。這時，由於南宋經濟衰退，影響到了理宗的奢華生活。於是賈似道就開始多方括斂財富。推行什麼經界法、買公田，強奪老百姓的田地；又濫發紙幣，造成通貨膨脹。用這種敲骨吸髓式的做法搜來不少錢財，讓理宗覺得他能幹。不過，真正建立他「豐功偉績」的，卻是和蒙古的戰爭。
由於「靖康恥」，南宋和金一直都是世仇。南宋雖然對金納貢稱臣，但心中卻一直不服氣，所以會有「開禧北伐」，雖然以失敗告終，但南宋消滅金朝的念頭卻不曾消滅。這時，金朝的國勢也日趨衰敗，北方的蒙古族勢力強大了起來，想要和南宋聯合，共同滅金。此事在南宋朝廷引起了紛紛議論，有人拿出北宋末年聯金滅遼，卻反被金所滅的事實，反對與金開戰，可對於大多數人來說，這個能消滅掉世仇金國的條件實在是太誘人了。於是，在紹定五年（1232年），蒙古正式遣使與南宋商議聯合滅金。端平元年（1234年）正月，蒙古和南宋的聯軍攻入蔡州城，金哀宗自縊而死，金國滅亡。
滅掉了世仇金國，宋理宗志得意滿，又在當年五月下令出兵河南，想要收復北宋故地。七月五日，宋軍進駐開封，又繼續向洛陽進軍。但到達洛陽，卻遭到蒙軍伏擊，損失慘重，狼狽撤回。留守東京和其他地區的宋軍也全線敗退，史稱「端平入洛」。端平入洛的慘敗，不僅使南宋喪失數萬精兵，大量物資，也使蒙古從此找到了出兵南宋的借口。寶祐六年（1258年），蒙古三路大軍南下，正式出兵南宋。
這時理宗趕忙派賈似道領兵禦敵，還在軍中拜他為右丞相。賈似道膽小如鼠，哪敢打仗，便遣使向蒙古主帥忽必烈求和。忽必烈本來不願，但得知大汗蒙哥已死，急於回去爭奪汗位，便做了個順水人情，答應請和退兵。賈似道乘北軍撤退之機，讓人追打幾個殿後的士兵，便大言不慚地謊報「諸路大捷」，好像是天下從此就永遠太平了。為了沽名釣譽，標榜所謂的豐功偉績，還指使門客撰寫文章，名曰《福華編》，為自己根本不存在的「援鄂之功」歌功頌德，肉麻至極。理宗皇帝對這位小舅子的謊話也信以為真，把他視為再造王室的大救星，進為「少師」、「衛國公」，還親切地稱他為「股肱之臣」。
宋理宗又過了幾年「太平」日子，在景定五年（1264年）十月病死。他生前也沒有兒子，就立自己弟弟的孩子趙禥為帝，就是宋度宗。賈似道既是「股肱之臣」，又有「擁立之功」，足以讓新皇帝對他恭恭敬敬，甚至稱他為「周公」。不過靠騙人編出來的功勞早晚要被戳破，等到元軍再一次南下，他也就無可奈何了，只好硬著頭皮前去督師。這時宋度宗也死了，他的兒子即位，是為宋恭帝。賈似道禍國殃民的行為早已是人神共憤，戰敗逃回之後，就被朝廷貶到循州，被押送官鄭虎臣殺死。之後不到一年，元軍就攻入了臨安城，南宋滅亡。
南宋雖然沒有直接亡在理宗手裡，可他在位四十年，任用奸佞，胡作非為，卻使本來就不美妙的國勢變得更加糟糕。雖說他因為推崇理學，在宋史里還得到了一個好評價，但南宋亡國，他實際上是難辭其咎的。或許是報應吧，理宗雖然能夠「壽終正寢」，但他死後，卻墳墓被掘，屍體被毀，甚至連他的頭骨都流落了近一百年，才得歸葬。
南宋共有六個皇帝，他們和后妃的陵墓都在紹興東南。元世祖至元二十二年（1285年），蕃僧楊璉真珈擔任「江南釋教總攝」，他是「國師」八思巴的弟子，仗著忽必烈的寵幸，驕橫跋扈，貪樁枉法，既然總管江南地區的佛教事務，為了支付佛教寺廟的建造和修復費用，便夥同演福寺僧允澤等人，勾結宰相桑哥，對南宋六陵進行了一次史無前例的大盜掘。不但是皇陵，就連后妃大臣的墓也不放過，一共洗劫了101處，掠去隨葬的大量金銀珠寶。其中，理宗由於在位40年，死後隨葬財寶特別多，據稱打開墓葬的時候，有白氣衝天而出，乃是寶氣凝聚而成。而且他的屍體保存完好，栩栩如生，有人說這是因為理宗口中含了夜明珠，便撬開了他的嘴巴把夜明珠拿走。理宗的棺木中珠寶很多，珠光寶氣繚繞其身，棺底鋪墊織棉，屍體還用金絲網罩包蓋著。這伙盜墓賊將棺中寶物盡數取走後，又將理宗的屍體搬出墓穴，倒懸在樹上，還用腳猛踢理宗的頭顱，以示無所畏懼。防腐的水銀慢慢地從理宗口中滴了三天三夜。在毀陵盜物之後，這伙盜墓賊還把那些帝後骨骸扔到草莽之間，任憑日晒雨淋。
這時，紹興有一個義士唐珏，聽說了這件事情，十分悲憤，就變賣了家產，招募眾人，等到夜深人靜的時候，潛人陵地，用散在四周的豬羊骨殖換取帝後遺骸，分別裝在黃絹做成的口袋裡，寫上帝陵的名號，裝入木櫃，私下遷葬於蘭渚山天章寺前（今紹興蘭亭附近），還在上面種上冬青樹作為標記。每逢寒食節，便偷偷地前去祭祀。因為理宗的頭骨特別大，調換之後怕讓楊璉真珈發現，就沒敢換。而根據密宗的說法，得到帝王的髑髏可以厭勝，致巨富，楊璉真珈就命人將理宗顱骨鑲銀塗漆，製成酒器，飲酒作樂。又把布散於墳地的骨殖收集到臨安故宮裡，在上面建造了一座白塔來鎮壓，取壓勝江南人民之意。
一般來說，歷朝歷代對於前代帝王的陵墓，都是加以保護的，即使有掘墳盜墓的，也多是個人行為，與政府無干。可楊璉真珈等人的盜墓行動卻得到了元朝政府的鼎力支持，當時曾有元朝官員和趙宋宗室請求元世祖保護宋陵，但他卻置之不理。而盜墓所得的寶物，很多也都獻給了元朝政府。而且，楊璉真珈提出「壓勝」之說，建造佛塔將宋帝遺骸置於其下，以壓服宋人，也迎合了元世祖趁此斷絕百姓對趙宋的留戀與懷念的想法，故而對楊璉真珈的盜墓舉動採取了支持態度。
後來，楊璉真珈因為別的事情被抄家，理宗的頭骨也被籍沒於宣政院，用來賜給元朝的那些「帝師」。於是，理宗的頭骨就在西藏僧人之間流傳，翰林學士危素，還曾經在酒席上見過。後來，危素又做了明朝的官，對明太祖說了這件事情。太祖嘆息良久，讓北平守將從西藏僧人那裡把理宗的頭骨找了回來，於洪武二年（1369年）以帝王禮葬於應天府（江蘇南京），第二年又命人將理宗的頭骨歸葬到紹興永穆陵舊址。八十五年之後，理宗的頭骨才算回到了原來的地方，入土為安了。