一行人先逃到了鳳翔，田令孜又想跑到成都，但僖宗已經覺察出他的專權，就斷然不許。於是他就劫持皇帝跑到了寶雞，後來又到了興元，這時，皇帝說什麼也不肯走了，就留在了那裡。而朝廷百官看到皇帝又一次跑了，也就對他徹底失望，懶得再追。各地節度使也對田令孜的專權十分不滿，不少人把打擊的矛頭對準了他。光啟二年（886年）十月，節度使朱玫把襄王李熅挾持到長安立為傀儡皇帝，給已經亂成一鍋粥的政局又增加了新的混亂。一時新舊兩個皇帝開始比拼影響力，到底唐僖宗是「正統」所在，更勝一籌。王重榮和李克用轉而擁護唐僖宗，殺掉了襄王李熅，傳首行在，也就是唐僖宗所在的興化。
而黃巢軍隊卻由於在長安大肆殺戮掠奪，失去了廣大百姓的支持，由勝利轉為失敗。農民軍的優勢本來就是靈活機動，他卻留守長安，很快就被各地的勤王大軍團團圍住，處在了被動的境地。中和二年（882年）九月，黃巢手下最得力的大將朱溫投降唐朝，反成了鎮壓農民軍的主力。對此唐僖宗大喜過望，認為是「天賜我也」，還給朱溫賜名朱全忠。但僖宗沒有想到，這個朱「全忠」卻一點也不忠，最後竟是他奪去了唐朝的江山社稷，不過這是後話了。沙陀貴族李克用也率兵入援以助朝廷，大敗黃巢軍，在中和三年（883年）四月攻入長安，把黃巢趕了出去。於是，唐僖宗在四川度過四年的流亡生活之後，終於回到了已經殘破不堪的長安城。
僖宗逃跑並沒有通知百官，很多朝廷大員並沒有來得及走。於是黃巢的軍隊就把這些大臣統統殺掉。宰相盧攜已經飲葯自盡，他的屍體也被從棺材裡拖出來，碎屍示眾。黃巢的軍隊還殺光了留在長安的唐宗室，又燒殺搶掠，使得長安城一片恐怖。對此，韋莊在長詩《秦婦吟》中有生動的描述：
長安城的境況十分凄慘，唐僖宗的日子也並不好過。他們一行人逃得太匆忙，連馬都沒來得及找。路上遇到十幾個唐朝騎兵，他們對皇帝大喊：「黃巢本來是給皇帝清除奸臣的，現在皇帝西遷，關中父老還有什麼指望！希望陛下快些回長安。」田令孜聽他們說出「奸臣」來，那除了自己還會有誰，就急忙命令侍衛將那些兵士殺死。還好黃巢攻入了長安就志得意滿起來，沒有派兵去追他。唐僖宗才一口氣跑到了興元（今漢中），在那裡下令全國兵馬勤王收復京城。但興元位置偏僻，錢糧儲備較少，隨著唐朝的文武百官相繼趕來，僖宗朝臣開始覺得財政上困難起來。田令孜就趁機勸說僖宗到四川避難。
四川是唐朝皇帝們的傳統避難所，自從唐玄宗在安史之亂時跑到這裡之後，皇帝們都愛上了這個地方，之後的唐代宗、唐德宗也來這裡避過兵亂。但田令孜讓僖宗去這裡卻是為了更好地控制他。因為四川的節度使陳敬瑄，也就是那個靠球藝贏得這個官位的傢伙，是田令孜的心腹。僖宗正為艱苦生活發愁，聽說四川物產豐富，就滿口答應。歷盡千辛萬苦，僖宗一行人到了成都，總算有了一個落腳地。
經過一番折騰，田令孜也被貶到四川去了。唐僖宗準備返回長安。可他逃跑的時候太過匆忙，居然把唐朝列祖列宗的牌位都丟了。僖宗感到回去之後難以向列祖列宗交待，就決定先派人去長安修復太廟，重製牌位，暫時停留在鳳翔。文德元年（888年）二月初，僖宗生了重病，就命車駕急速回京師。過了一個月，27歲的僖宗離開了人世。他雖然生前兩度逃出京城，倒很幸運地在長安宮中的武德殿「壽終正寢」。他之後的兩個皇帝就沒這份運氣了，都死在了他看中的「忠臣」朱全忠手上。他死後的二十年，唐朝的江山社稷也被這個朱全忠取而代之，建立了後梁，自此，中國的歷史就進入了五代十國時期了。
只是成都生活雖然安定，卻哪裡比得上長安的繁華。僖宗失去了那麼多好玩的東西，只好和嬪妃們一起喝酒賭錢，有時回想長安的生活就會流淚。田令孜便來寬慰他，道是皇帝聖明，黃巢賊軍不久就會消滅的。把皇帝哄得高興，他好從容掌權。由於他的心腹在這裡當節度使，田令孜就覺得這裡是自己的勢力範圍了，於是開始胡作非為起來。把各地進貢來的財物分給隨他入川的軍隊，而對真正護衛僖宗的四川軍隊卻沒有分毫的賞賜，這使得四川軍隊極為不滿，有人聚眾起兵，馬上得到紛紛響應，陳敬瑄好不容易才鎮壓下去。通過此事，各地領兵大將們看到皇帝昏庸無道，又何必要為他賣命，就各打自己的小算盤，開始經營自治領地。為五代十國的大分裂埋下了伏筆。
按說黃巢起兵反唐，完全是唐僖宗的苛政逼出來的，可唐僖宗卻不反省自己的過失，反而對那些受逼迫成為黃巢姬妾的女子擺起皇帝威風來，責問她們：「你們都是高官勛貴的子女，世世代代都受國恩，為何屈從反賊。」這時，為首的一個女子辭色不撓，回答說：「逆賊凶不可擋，朝廷有百萬軍隊，尚且弄到宗廟失守，跑到巴蜀去避難。現在陛下卻因為不能抵抗賊軍而責備我們這些女子，那要把那些公卿將帥們放到什麼地方去呢！」皇帝被她噎得說不出話，只好把她們統統綁到街市上殺掉完事。長安的市民同情她們的遭遇，紛紛給她們送去酒喝。她們中的很多人都因為悲傷害怕，一邊大哭，一邊喝得大醉。只有那個和皇帝頂嘴的女子，卻既不痛哭，也不飲酒，一直到就刑，都神色肅然。這麼一比，這位大唐天子的見識操守，顯見得還不如一個小女子。
農民軍兵臨城下，唐僖宗才慌了手腳。他看到大勢已去，便顧不得祖宗的基業，讓田令孜挑選了數百名神策軍士兵，保護著自己，攜帶四個王子和八個受寵的嬪妃，倉皇從長安西門趁著混亂秘密出逃。這時，唐僖宗擅長騎射的優點總算派上了用場。他跑得比兔子都快，「賓士盡夜不息」。不過也幸好跑得快，因為當天下午，黃巢就攻入了長安。
不過僖宗經過一番逃難，也長大了些，不再是個只想著玩的小孩了。他對田令孜專權的情況開始不滿，可這個「阿父」雖然在玩的時候能哄著他，但一涉及到手中的權力，就分毫不讓。最後又由於和大將王重榮爭權奪利，導致王重榮聯合李克用兵犯長安，田令孜再一次挾持唐僖宗出逃。
……
長安寂寂今何有，廢市荒街麥苗秀。
采樵砍盡杏園花，修寨誅殘御溝柳。
華軒綉縠皆銷散，甲第朱門無一半。
含元殿上狐兔行，花萼樓前荊棘滿。
昔時繁盛皆埋沒，舉目凄涼無故物。
內庫燒為錦繡灰，天街踏盡公卿骨。
……