漢靈帝自從廢了宋皇后，就忙於和後宮美女一起「裸游」，過了兩年還沒有冊立新皇后的意思。他手下的朝臣可不幹了，中宮皇后乃是國家象徵，老沒有怎麼行呢，就上表請求他趕快再立一個，於是靈帝就冊立了貴人何氏為皇后。這個何氏出身微賤，乃是一個殺豬屠夫的女兒，但她容貌美艷無比，肌膚如雪，婷婷玉立，好色之徒靈帝一見就喜歡上了她。再加上何氏還給她生下了皇子劉辯，靈帝對她就更為寵愛，幾乎夜夜與她共度春宵。但好色之徒往往喜新厭舊，靈帝不久又愛上了出身名門、知書達理的王美人。幾度春風之後，王美人懷孕了。但她深知何皇后妒忌，怕她因此加害自己，就在每次朝見皇后的時候都拿帛束住腹部，免得叫何皇后發現自己懷孕。只是這種事情如何能瞞得下去，王美人就找來墮胎藥喝下，但多次服用之後卻不見效，於是她也就聽天由命，把孩子生了下來。漢靈帝給這個命大的皇子取名劉協，對他十分喜愛。
何皇后得知此事，憤怒非常，但皇子已經生下來了，已是無可奈何，就趁他的母親王美人產後調理之際，下藥把她毒死了。漢靈帝聽到王美人忽然去世的消息，十分震驚，急忙前去探視，一看王美人四肢青黑，就知道她是中毒而死。他不禁流下了淚，下令追查是誰幹的。等知道是何皇后，漢靈帝立刻大怒，並打算將她廢去。但何皇后花錢賄賂了曹節、張讓等宦官為她說情，靈帝看自己的「爹」都出面了，也就不好再把何皇后怎麼樣，於是何皇后平安地度過了這場風波。可漢靈帝自此以後，一直懷念王美人不已，還寫了《追德賦》與《令儀頌》兩篇辭賦紀念她，纏綿悱惻、如泣如訴。也許是愛屋及烏吧，漢靈帝對於失去母親的皇子劉協也就憐愛有加，怕何皇后害他，就把他寄養在母親董太后那裡。又因為這個孩子像自己，就對他更為寵愛了，萌生了立他為太子的念頭。但是，何皇后已經有了皇子劉辯，是漢靈帝的嫡長子，天經地義的皇位繼承人。漢靈帝因為討厭何皇后，就說劉辯「輕佻無威儀」，不想立他。只是當時不論是外廷的官僚，還是內廷的宦官，包括靈帝自己的外戚，都支持劉辯。漢靈帝沒有辦法，只好先拖下去。
皇帝在這邊為立太子弄得焦頭爛額，那邊國家形勢也已是岌岌可危了。漢靈帝寵幸宦豎、賣官鬻爵，大肆搜刮百姓、聚斂財富，廣大平民自然不會有什麼好日子過。他們食不果腹、衣不蔽體，過著如牛馬一樣悲慘、下賤的生活，一些地區甚至出現了人吃人的現象。據史載，在河內、河南這兩個地區，發生了婦女吃自己的丈夫、丈夫吃自己的妻子的可怕事情。民眾對這種悲慘的生活再也不能忍受，最終爆發了黃巾軍大起義。
漢靈帝的橫徵暴斂曾經引起過小股的民變，但這些暴動多為自發而來，零散而不相統屬，沒有形成太大的氣候，不久就被東漢政府鎮壓下去。黃巾起義卻是一場有嚴密組織的自覺行動。它的指導思想，就是當時盛行的太平道。
太平道是早期道教的一支，大約產生在東漢中期，在流傳過程中又受到了一些讖緯神學的影響。到了漢靈帝時期，巨鹿人張角把它發揚光大了起來。他自稱「大賢良師」，通過符水給人們治病，還不要錢。他的符水可能還挺靈，很多人都被他治好了。於是一傳十，十傳百，張角的名聲就越來越大。張角在給人看病的同時還不忘傳教，於是很多被他看好了的人也就成了他的弟子。於是張角又派他的兄弟張寶、張梁和弟子周遊各地，也是一面治病，一面傳道。大約花了十年工夫，太平道傳遍了全國，各地的教徒發展到幾十萬人，就連漢靈帝的「爹」張讓，都和張角有所交往。張角把全國八個州幾十萬農民都組織起來，分為三十六方，大方一萬多人，小方六七千人，每方都推舉一個首領，由自己統一指揮。太平道已經成為了一支不可忽視的力量。
於是張角認為起義的時機逐漸成熟，就編造出讖語：「蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉。」「蒼天」指的是東漢政權，「黃天」指的是太平道，「甲子」指的是中平元年（184年）的三月初五。但這些意思都比較隱晦，東漢政府並沒有疑心。他們還暗暗派人在洛陽的寺廟和各州郡的官府大門上，用白粉寫上「甲子」兩字，作為起義的暗號。可在起義前一個多月的時候，起義軍內部出了叛徒，向東漢政權告了密，朝廷立刻在洛陽進行搜查。張角當機立斷，決定提前一個月起義。他自稱天公將軍，稱弟弟張寶為地公將軍，張梁為人公將軍。三十六方的起義農民，一接到張角的命令，同時起義。所有起義的農民頭上都裹著黃巾，作為標誌，所以叫做「黃巾軍」。
黃巾軍聲勢浩大，不到十天，全國都響應起來了。各地起義軍從四面八方向洛陽湧來，各郡縣的告急文書也像雪片一樣飛向京都洛陽。漢靈帝這才慌了手腳，不過他頭腦還算清醒，知道做自己的「爹媽」的宦官和那些花大錢買官做的人都不那麼中用，只好又重新起用黨錮之禍中的「黨人」。他拜外戚何進為大將軍，同時派出大批人馬，由皇甫嵩、朱儁、盧植率領，分兩路去鎮壓黃巾軍。
黃巾軍雖然在起事前組織嚴密，但起事之後卻缺乏統一調度，基本上是各自為戰。在加上當年九月，張角便病死了，失去了領袖的黃巾軍更顯得渙散，終於被官軍各個擊破。雖然之後一些分支部隊還在地方上作戰，堅持了十餘年之久，但幾支主力卻已經被殲滅，黃巾起義最終失敗。
黃巾起義雖然失敗了，東漢的統治也已經分崩離析。士大夫階層經過兩次黨錮之禍，早就對東漢朝廷失望透頂。等到朝廷遇到黃巾起義，才又想起來用他們去鎮壓，可雖然讓他們出力，戰功卻全讓那幫宦官得去了，屢立戰功的盧植因為拒絕給宦官受賄，還被他們誣陷下獄。看到朝廷的這般行徑，士大夫們對它更是絕望之至。而且，在鎮壓黃巾軍的時候，漢靈帝下過一道詔書，吩咐各州郡自己招募人馬，對付黃巾軍。這麼一來，各地的宗室貴族、州郡長官、地主豪強，都藉此搶奪地盤，擴張勢力，國家已經變得四分五裂了，皇室成了名存實亡的空架子。
中平六年（189年），漢靈帝死了。死前，他把兒子劉協託付給心腹宦官蹇碩，讓他擁立劉協。但這時候何皇后的哥哥何進已是大將軍，掌握著朝廷大權，他在中軍都尉袁紹的幫助下，除掉了蹇碩，擁立何皇后之子劉辯繼位，是為漢少帝。何進還想誅殺所有的宦官，可是事與願違，他反而被宦官所殺。聽到這個消息，袁紹立即率領軍隊攻進皇宮，將兩千餘名宦官，殺得一個不留。接著董卓引兵到洛陽，逐走袁紹，廢少帝，殺何太后，又擁立劉協為帝，是為漢獻帝。至此，雖然東漢的國號還存在了很長時間，但它的統治已經名存實亡了。接下來登場的，就該是三國的那些英雄們了。