永安城為州治所在，是一座繁華堅固的中型城市。攻克這座城市後，洪秀全一家於十月一日進駐原知州衙門。城中一些富豪人家被抄家，抄家所得被納入「聖庫」，以資軍用。但總的來說，太平軍的紀律是相當不錯的。在永安城裡，太平天國建立起了自己的一整套制度，被歷史學家稱之為「永安建制」。
在這裡，太平天國頒布了由馮雲山在三年前就制定好的一部《太平天曆》，這部曆法中西結合，定一年為三百六十六天，分為十二個月和為期七天的禮拜，還保留了傳統的二十四節氣。
更為引人注目的是，太平天國在這裡建立起了自己的一整套官僚制度。
洪天王年僅兩歲的兒子洪天貴福被封為「幼主」，稱「萬歲」，以後的兒子則一律稱為「殿下千歲」，女兒們稱為「金」。軍中高級將領稱作「大人」；中級軍官到兵頭將尾的兩司馬，被統統稱為「善人」；其子女，男的被稱為「公子」、「將子」，女兒被稱作「玉」、「雪」；女將領被稱為「貞人」。各級頭目的妻子被稱作「貴」，並根據丈夫的具體職銜細分為「貴嬪」、「貴姒」、「貴姬」、「貴嬙」不等。
洪秀全為「天王」，稱「萬歲」；楊秀清為「東王」，稱「九千歲」（沒錯，就是和明朝著名宦官魏忠賢一樣的歲數）；蕭朝貴為「西王」，稱「八千歲」；馮雲山為「南王」，稱「七千歲」；韋昌輝為「北王」，稱「六千歲」；石達開為「翼王」，稱「五千歲」。以東王節制諸王，其他各人或稱軍師，或稱丞相等。為了避洋上帝「爺火華」的諱，所有的王都不能稱「王爺」，洪秀全自己也以身作則，不稱「帝」、「聖」、「上」等，僅稱「主」。
從這些森嚴的等級制度我們可以看到，號稱「天下多男兒，皆是兄弟之輩；天下多女子，儘是姊妹之群」的太平天國，也並不是想像中的那樣「平」。
太平軍的軍制，是知識分子馮雲山借鑒《周禮》設計出來的，以五人為「伍」，設伍長；五「伍」設兩司馬；四個兩司馬編製設一卒長管轄……依次五五進位，再往上則是旅帥、師帥、軍帥。一軍轄五師，理論上有一萬三千一百五十五人。但楊秀清、蕭朝貴這兩個「不識得多字墨」老粗對此頗不以為然，認為這一軍制並不實用，馮雲山純粹是在賣弄學問。
太平軍在永安沒有站住腳。雖然他們此時已有兩萬多人的實力，但清軍迅速趕來，到一八五一年底已集結了四萬六千人。十二月十日，號稱敢戰的清軍猛將廣州副都統烏蘭泰，猛攻永州外圍防線的要點水竇村，當時還未被封為西王的蕭朝貴身負重傷，村子失陷，整個防線陷入被動。兩天後，傷勢惡化的蕭朝貴被封為「八千歲」，一周後，洪秀全下詔封「五王」，這時候蕭朝貴才成為「西王」。因為這場重傷，原本平起平坐的楊秀清、蕭朝貴兩人涇渭立分，形成了楊秀清一人獨大，以東王身份節制諸王的局面。
次年四月五日夜至次日拂曉間，太平軍自清軍防守薄弱的永安東南突圍，清軍追擊中伏，烏蘭泰中炮戰死，另有四名總兵陣亡，損失慘重。
自永安突圍後，太平軍北上直撲省城桂林。海盜出身的羅大綱是太平軍初起時難得的具有豐富軍事經驗的將領，他派出數百人身穿清軍號衣，冒充向榮部隊，企圖混入桂林奪城。可湊巧的是，向榮本人剛率一支部隊進城，計謀被識破了，桂林奇襲戰打成了攻堅戰。
太平軍圍攻桂林城三十三天之久，見城池難以攻克，遂掉頭他去，擬穿過靈渠，自灕江水系進入湘江水系。這條路還是秦始皇南征百越時開闢的，距今已有兩千多年。唐朝黃巢北上爭天下時，就是走的這條路。而此刻，洪秀全也步上了黃巢的後塵，走上這條不歸之路。「江山如此多嬌，引無數英雄競折腰」，無怪乎後人要感慨萬千。
在廣西最北端的全州城下，太平軍卻遭受了一次極其偶然而又影響深遠的的損失。五月二十四日，太平軍前鋒抵達全州城下，見城池堅固，遂準備繞城而過。然而全州城頭的清軍卻惹是生非，一名炮手望見對方行軍序列里有一頂裝飾華麗的轎子，頗感手癢，鬼使神差地瞄準它放了一炮。這一炮打得出奇的准，轎子被擊毀，裡面的人也滾落出來，看起來似乎受了重傷。
接下來，正在繞越城池的太平軍紛紛停下腳步，開始惡狠狠地強攻全州城。尾隨太平軍的清軍鑒於永安城下之慘敗，不敢進軍，即便是全州知府寫血書求援，也沒人理睬。六月二日，全州城破，太平軍一反常態的屠城兩天，只有少數人逃脫。
這位坐轎子的，正是天王的摯友，創建太平天國的元勛南王馮雲山，這支軍隊中的大部分中級以上軍官，都是由他發展入會的。這樣的人物，怎麼能用炮打他？
全州之戰，牽住了太平軍的猛進的步伐。為甩開追兵，他們未加休整便繼續上路，由於疲憊和大意，居然沒有向前方派出偵查分隊。
六月五日，太平軍繼續沿水路兩路向湖南進發，進抵離全州城北僅十來里地的蓑衣渡，在這裡遭到清朝候補知府江忠源的奇襲。
今天，人人都知道曾國藩，然而卻少有人還記得住這個江忠源——早早的戰死，註定他只能成為浩瀚青史中的一顆流星。
江忠源，湖南新寧人，比洪秀全大兩歲。早年頗無賴，在北京拜會同鄉先達曾國藩，老曾竟老實不客氣地讓門房去告訴江先生：「主人敬謝客，客新寧無賴秀才，平生工喝雉耳，主人不暇與若輩游也。」所謂「喝雉」者，賭博也——譯成白話就是「我家主人不想見你這種只會賭博耍無賴的傢伙」。江先生大怒道，事誠有之，然而「天下豈有拒人改過曾國藩邪」？門房回報，曾驚起，親迎入，甚為禮敬。江先生談笑中聲震屋瓦，揮顧間茶盞落地，一派豪傑派頭。事後，曾國藩評價稱「平生未見如此人」，並斷論「此人雖名滿天下，然當以節烈死」。
然而江先生所作所為，還有更讓時人拍案的。陝西鄒舉人，和江先生一同進京應考的鄧老師，兩個人同時肺病發作，大口嘔血，又窮得請不起僕人，多虧得江先生親自「量水稱葯，數月不少懈」。鄒舉人苦撐數月，終於還是死掉了。江先生自掏腰包，為素昧平生的鄒舉人治喪，並打發其族人護送靈柩回陝西。而他自己，則親自護送鄧老師，想回湖南故鄉。可走到半路，鄧老師也死掉了，江忠源是扛著一口大棺材回到老家的。這還沒完，過幾年，他又有一位同鄉曾春田在京城亡故，還是由他千里迢迢護送回湖南老家。那年頭，交通不像如今這般發達，數千里地，得走上小半年，何況還帶著這麼大口棺材！莫說湖南同鄉冠蓋滿京華，當時有誰能顧及得到這些落魄潦倒客死異鄉的倒霉鬼？也只有這個江忠源肯挺身而出，因此「當是時，公之義聲已震京師矣」。當時有人寫打油詩道是：「代送靈柩江岷樵，包寫輓聯曾滌生。」前者說的是江忠源，後者說的是曾國藩——不過剃頭先生是因為給活人寫輓聯被揭穿而出名的。
道光二十八年，江忠源在家鄉新寧開辦團練，鎮壓當地瑤民起義有功，遷升浙江秀水知縣。太平天國起事前，他恰好因父喪在籍，遂就地募兵數百人，稱為「楚勇」，入廣西助剿太平軍，隸屬於烏蘭泰部。這是湖南地方團練升格為正規部隊之始。
蓑衣渡地處湘桂之交，重巒疊嶂，地形複雜。湘江在此急轉東向，西岸有沙灘突出於河面，渡口處河床狹窄，寬僅百餘米，水淺而流急。由於太平軍在全州耽擱了十天，江忠源部得以搶先趕到，並且有了充分的時間設置陷阱。
江忠源軍砍伐竹木，打樁堵塞河道，並用大鐵釘將這些木樁牢牢固定，使船隻無法通過。然後，他將自己的人馬埋伏在河西的叢林中，靜候太平軍出現。
六月五日，太平軍差不多是後隊剛出全州城，前鋒就到了蓑衣渡。第一批船隊駛過淺灘，才轉過河曲就迎頭撞上江忠源的木樁，並遭到清軍炮火攻擊。因水流太急，後隊停不住船，又紛紛撞上前面的戰艦，大小船隻擠在一起，一片混亂。虧得江忠源手裡兵力不強，太平軍主力得以棄船向湘江東岸突圍衝出。但即便是這樣，損失也相當大，約有一萬人戰死，三百多艘船隻被焚毀或俘虜。已受重傷的南王馮雲山，在這次襲擊中因傷勢加重而死，他的死，給太平天國的前途埋下了隱憂。
蓑衣渡之戰標示著，在太平軍前進的道路上，最大的敵人已不再是清朝的正規軍，而是迅速崛起的地方團練中的佼佼者。
受到重創的太平軍自湘江東岸的陸路進入湖南，攻克永州，隨即又於六月十二日攻克道州，在這裡休整了一個半月，才得以重振旗鼓。
九月十二日，西王蕭朝貴與林鳳翔、李開芳率前鋒部隊直抵湘北重鎮長沙，立刻開始攻城。然而，六天後的九月十七日，他在指揮攻城時，被城頭上一名狙擊手發現，中彈身亡。十月初，洪秀全親率全軍趕到長沙城下，但此時守城的清軍也增加到四五萬人，而且軍備物資充足。
守長沙的是已經因「吏治廢弛」而被撤職的湖南巡撫駱炳章。他是洪秀全的花縣老鄉