明朝崇禎十七年（公元1644年）三月十九日，「大順」朝皇帝李自成率軍攻破北京，文武官員大多投降，崇禎帝煤山上吊，天子守邊關，君王死社稷。統治中國266年的明王朝至此滅亡。而後寧遠總兵吳三桂向清朝投降，四月十三日，吳三桂與清軍聯軍，在山海關之戰中大破李自成20萬大軍，曇花一現的大順政權就此崩潰。隨後吳三桂充當清朝急先鋒，先追殺李自成，再南下進攻南明政權，終助清王朝一統天下，建立了全國一統的大清帝國。
後人皆把1644年看做歷史的拐點，特別是看成明王朝結束。而事實上，崇禎自盡後，明王朝並未完全喪失生機，當時忠於明王朝的遺臣們，在那一年並未認識到明王朝即將垮台，相反大多認為南明就要開始。在明朝滅亡後繼續建立政權的南明王朝，完全有機會免於滅亡，甚至統一天下。然而歷史的機會，被一次次無情地錯失。
且讓我們來看看整個過程。
公元1644年吳三桂借清兵入關，後人皆認為他是漢奸，但是在當時，許多人不這麼看。比如南明名臣，後來死守揚州，不屈而死的南明弘光政權督師史可法，就曾對吳三桂，乃至對清軍寄予厚望。在吳三桂山海關破李自成，引兵南下時，史可法大為興奮，對好友劉宗周讚歎說：「吳將軍（吳三桂）忠義，欲效忠武也。」把吳三桂比作唐朝平定安史之亂的郭子儀，吳三桂借清兵的行為，被看做是郭子儀借回鶻兵平定安祿山的翻版。在彼時南明政權內部，「借擄平寇」是許多大臣的共識，包括史可法、錢謙益等名臣，眼中的首要敵人，依然是逼死崇禎的李自成。
今人在說清朝南下時，總說是籌謀已久的雄才大略，其實在佔領北京後，在以後怎麼辦的問題上，清朝方面也是幾度猶豫。比如和多爾袞同為輔政大臣的鄭親王濟爾哈朗，就曾對多爾袞說到：「佔中原不足持久，不如儘早北歸。」而許多王公貴戚也擔心清朝難以立足，皆主張搶掠後北撤。真正力主清朝建立政權的，是洪承疇等降清的漢官，在幾度猶豫之後，彼時執掌清朝大權的「攝政王」多爾袞最終決定在中原立足。為了爭得皇室貴族的支持，清軍在佔領北京後不久即發布「圈地令」，允許王公貴族在中原圈地，並有免稅待遇。有了「既得利益」，清朝上下這才同心同德，開始了全國統一戰爭。
從當時的實力分布看，局面對清王朝未必有利。清朝在趕走李自成後，控制區域不過是淮河以北、陝西以東的土地。在當時，江南大地依然掌握在南明政權手裡。公元1644年五月，福王朱由菘在南京登基，建立了南明弘光政權。從軍事力量看，南明弘光政權擁有兵力100餘萬，且擁有富庶的東南大地，即使不能收復中原，劃江自保絕無問題。外加張獻忠尚在四川，李自成余部也四處活動，清朝統一全國，論局面，遠難於北宋滅亡後的金朝。
但南明政權自己給清朝幫了忙。今人皆說南明弘光帝荒淫，但南明最大的問題卻是「黨爭」。朱由菘登基前，圍繞著誰繼承帝業，各方勢力相互衝突，南京兵部尚書史可法主張立桂王朱常瀛，以錢謙益為首的東林黨人則想立路王朱常芳，衝突的結果是折中了——福王朱由菘即位為帝，改年號為弘光。弘光政權的勢力，主要就是東林黨和閹黨。東林黨以禮部尚書錢謙益為首，閹黨以馬士英、阮大鋮為主。這裡要說說馬士英，許多史書以及戲曲里，馬士英都被劃作「奸臣」，因他舉薦魏忠賢的黨羽阮大鋮復出，東林黨也說他是「閹黨」，但他在崇禎時期就歷任封疆，建樹頗多。早年做過宣府巡撫，崇禎十五年時，又總督過瀘州、鳳陽軍務，在農民軍烈火燎原的局面下，數次在當地擊退農民軍，江南未打擊農民軍襲擾，也有他的功勞。南明建國初期，比起諸多無實際政務能力的書生，他當屬一員幹才。
南明的內耗，從立儲就開始了。最後朱由菘之登基，是因為此時總督鳳陽軍務的馬士英率軍5萬軍隊攜朱由菘入南京，製造了「既定事實」。然後東林黨人失勢，當年的閹黨阮大鋮經馬士英舉薦重新出山。東林黨人遭排擠後有樣學樣，高宏圖密信勾結此時手握重兵的寧南侯左良玉，請他出面「清君側」，即幫助東林黨奪權。弘光元年（公元1645年）三月，左良玉正式出兵，兵逼九江。為防左良玉，馬士英急命此時督師揚州的史可法抵抗，江北防線盡撤。此時，清軍由阿濟格、多鐸統兵大舉南下，趁南明政權內耗之際，兵不血刃渡過長江。左良玉在「清君側」路上病逝，全軍降清，史可法部署在揚州北面的「江北四鎮」也盡數淪陷，弘光政權大局已不可挽救。五月十三日，清軍攻陷揚州，史可法不屈遇害。五月十四日，清軍佔領南京，南明上下文武百官多成俘虜，阮大鋮、錢謙益之流投降。馬士英逃跑後攜太后退守浙江，後被清軍擒殺。南明弘光政權僅存在了一年即告滅亡。觀整個滅亡過程，實禍在黨爭。一直被認定「正義」的東林黨，先勾結左良玉起兵在先，錢謙益之流主動投降在後，可以說是清軍南下的「推手」。
現代人說起弘光政權的滅亡，總把那時期遭排擠的東林黨說成「正義」，馬士英、阮大鋮之流說成「邪惡」。但雙方均無「正義」可言，說起抗清的「實事」，反而是「奸臣」馬士英出力多些。南朝如果沒有黨爭內耗，清朝想迅速平定江南，幾無可能。
弘光政權滅亡後，南中國曾出現了多個南明小朝廷，但都各自為戰，曇花一現。而且小朝廷之間的相互殘殺，比抗清的戰鬥更多。之後的十幾年間，清軍一路南下，攻城略地，並頒布剃髮令，強令百姓剃髮易服，引起反抗無數。真正給清王朝製造巨大麻煩的南明朝廷，是最後一個南明王朝永曆王朝。
永曆政權，建立於公元1646年十二月二十二日，永曆帝朱由榔，是萬曆皇帝朱翊鈞的直系孫子。南明隆武政權滅亡後，他在廣西巡撫瞿式耜的擁立下在廣東肇慶即位。同其他南明諸帝相比，永曆帝是一個苦命人，登基只有7天，清軍就迅速撲來，贛州失守。永曆朝廷只得遷往廣西，定都於桂林。艱難困苦下，永曆帝當機立斷，決定聯合散落在各地的原農民軍余部，共同抗清，這個決定為南明政權迎來了曙光。永曆政權先後接納了大順軍郝搖旗部、李過部，與湖廣總督何騰蛟一起聯合破敵。同年四月，南明軍取得「湖南大捷」，何騰蛟在湖南九戰九捷，幾乎收復湖南全境。與此同時，清軍中李成棟、金聲恆等漢將也紛紛起事，叛清降明，永曆政權的控制區域，到公元1649年時，已擴展到雲南、廣西、四川、湖南、江西、貴州、廣東七省，幾乎坐擁南中國。
「黨爭」這個明王朝的魔咒再次接踵而來，和弘光政權一樣，永曆政權也是魚龍混雜，既有大順軍余部，也有東林清流，還有閹黨成員，各方勢力相互牽制，局面危急下或能同心，一旦局面轉好，內部問題就浮出水面。永曆政權內部的黨爭，主角是「吳黨」和「楚黨」，起義軍中，「正規軍」和投降的農民軍矛盾不斷，正規軍普遍歧視農民軍，時常激起兵變。公元1649年，清軍進攻湖南，駐守當地的總督何騰蛟指揮失誤，遭清軍孔有德部偷襲，被俘遇害。同年四月，「起義」不久的永曆大將李成棟，在江西信豐全軍覆沒，永曆王朝局勢急轉直下。公元1650年底，永曆帝的輔國大臣瞿式耜兵敗全州，殺身成仁。這幾次失敗，表面看是軍事原因，其實是內部矛盾。比如湖南之戰，清軍大兵壓境時，發生了南明正規軍與農民軍之間的兵變內戰。李成棟戰敗，也是因永曆寵臣馬吉祥作梗，斷絕了李部的軍糧供應，孤軍奮戰終全軍覆沒。公元1651年，農民軍將領李來亨宣布脫離永曆政權獨立抗清。大好的形勢，至此已完全葬送。雖然永曆帝又聯合大西軍，一度由李定國發動北伐，擊敗清軍，但此時已無法力挽狂瀾。公元1662年，逃亡緬甸的永曆帝被緬甸方面遣返後，遭清朝平西王吳三桂絞死於昆明，一度轟轟烈烈的南明抗清大業，就此徹底失敗。