今人說起明朝滅亡，嗟嘆較多的一句話是「明實亡於萬曆」。從萬曆皇帝朱翊鈞在位，到天啟皇帝朱由校登基，這段時期的明王朝可謂內憂外患不斷。「外患」方面，南方有西南土司造反，東南有荷蘭殖民者入寇，北方邊境，後金日益強大，威脅明朝東北。「內憂」方面就更熱鬧，先是圍繞著立太子問題的「爭國本案」，萬曆皇帝與群臣關係僵持數年，而後又碰上針對太子問題的「三大案」，萬曆皇帝去世後，又爆發明光宗朱常洛死亡謎團的「紅丸案」，驅逐明光宗寵妃李選侍的「移宮案」。各方勢力鬧哄哄你方唱罷我登場，大明政壇城頭變換大王旗，變到最後，變成了「九千歲」魏忠賢的「閹黨」掌權，怎一個烏煙瘴氣了得。
然而說到這段黑暗歲月，各類歷史書中，無不提到了其中一個短暫的光明時期，即天啟皇帝朱由校登基初期，不管是《明史》還是《罪惟錄》，皆稱這段時期為「眾正盈朝」，即「正義力量」掌握了國家大權，這支曾帶給無數人希望的「正義力量」，就是大名鼎鼎的東林黨。
在這段明王朝權力交接，政壇風雲變幻的大戲裡，東林黨一直被各類史書評價為正面角色，也是「出鏡率」最高的角色。「爭國本」的時候他們湊熱鬧，「紅丸案」、「移宮案」時期他們力挽狂瀾，挽救危局。魏忠賢的「閹黨」奪權時期，他們毫無懼色，慷慨鬥爭，最終落得悲壯失敗，壯烈殉節。其誕生，發展，壯大，以至最終失敗的過程，無不滲透著慷慨激昂、可歌可泣的故事。後人翻閱史書，讀到「東林黨」三字，撲面而來的總是陣陣浩然正氣。
然而當我們透過「浩然正氣」，真正觸摸到歷史的真相，會看到一個完全不一樣的東林黨，這些立志匡扶天下、締造中興的熱血書生們，很多時候非但沒有成為歷史的推動者，相反卻成為了歷史的破壞者，甚至可以毫無懷疑地說：明朝滅亡，東林黨亦難辭其咎。
要了解東林黨的真實情況，必須從東林黨的誕生壯大說起。
說到東林黨的誕生，世人普遍的說法，是萬曆二十二年（公元1594年），吏部文選司郎中顧憲成罷官後歸鄉，在常州知府歐陽東風、無錫知府林宰的資助下，修復了宋朝人楊時講學的東林書院，從此開壇講學，漸成規模。其言論被稱為「清議」，社會影響力日增，大批士人、書生，乃至新興商人、紳士皆雲集於此，終成一系。之後其成員漸次步入政壇，形成了這一政治派別——東林黨。然而如果追根溯源，東林黨的產生，卻更多的是拜張居正所賜。
明朝中後期以後，原有的理學思想遭到強烈衝擊，自由思潮興盛，士大夫言論自由成風。張居正改革時期，張居正加強個人威權的做法，成為社會輿論批判的標靶。為壓制言論，張居正毀天下書院，嚴禁議論時政，其在世時，暫時將「自由思潮」壓制住，但明王朝的「思想活躍」仍在。張居正改革十年，明朝經濟大為發展，資本主義萌芽勃興，思想上的開放自由，也暗流涌動。這股思潮在張居正去世遭清算後反彈，萬曆皇帝親政後，「君主專制」已不比從前，明朝士人議論朝政乃至批評君王，都是社會主流風氣。萬曆皇帝在立太子問題上始終不能壓倒群臣，雙方僵持數十年，文官集團團結一致，不怕殺頭獲罪與萬曆相抗，其「思想基礎」正是來自於此。而東林黨，這個不同於先前中國任何一個政治流派的組織，也就應運而生。
東林黨的創建者是顧憲成，在東林黨誕生前，他只是官場上一個不起眼的小人物。萬曆二十二年（公元1594年），他作為吏部文選司郎中，向萬曆皇帝舉薦內閣人選，所推薦的人選不符合萬曆皇帝心意，在拒絕萬曆皇帝讓他修改名單的要求後，遭萬曆皇帝罷官。此後建東林書院，開堂講學，應者雲集。之所以產生轟動效應，主要是他硬抗萬曆的行為，得到了民間諸多知識分子的傾慕。明朝的君臣關係一直是對立的，朱元璋建國時，用極端高壓的政策打壓文官集團，然而隨著文官集團的壯大，明朝皇帝對文官集團的控制力日益下降。到了晚明，常有官員用向皇帝發難的方式，來提高自己的知名度，顧憲成做到了。此時正是萬曆皇帝與文官集團圍繞著「立太子」問題「爭國本」時期，雙方互相僵持，大批官員因捲入「爭國本」而遭罷免，相似的際遇，相同的憤然，自然令許多人「志同道合」到了一起。東林黨的三傑顧憲成、鄒元標、趙南星，都有著類似的際遇。另外，此時東南沿海資本主義萌芽勃興，許多新興商人，也通過結好東林黨的方式，以圖將來謀得利益。從東林書院建立的第一天起，這個隱藏於民間的組織就是一股沉默的暗流，默默積攢，待它破土而出時，將震撼整個明王朝的朝局。
東林黨逐漸滲透入明朝國家政權，是通過與朝中諸多實權派人物合作開始的，其中最重要的兩個人物，就是鳳陽巡撫李三才和內閣大學士葉向高。在後來閹黨編的《東林點將錄》（東林黨「罪犯」名單）里，每個上榜的東林黨成員，都拉出一個水滸人物進行類比，其中李三才被閹黨比作托塔天王晁蓋，葉向高被比作及時雨宋江，足見二人在東林黨這個「梁山泊」上地位之重。李三才，字道甫，陝西臨潼商人家庭出身，巡撫鳳陽時，曾嚴懲當地的礦稅太監陳增，並多次奏請減免商稅，是當時出名的諍臣。他與顧憲成要好，不但為顧憲成做內應，通報朝局的變化，且多次推薦顧憲成為官。而另一位政治人物葉向高更重要，他於公元1635年晉陞為內閣大學士，次年由於內閣大學士朱庚辭官，內閣中只剩他一人，因此人稱「獨相」。藉此機會，他向萬曆皇帝提出增補空缺官員，乘機將大批有東林黨背景的官員安插在要害部門。不過東林黨第一次引起關注，主要與李三才有關：萬曆三十八年（公元1610年），葉向高推薦李三才入閣，遭到許多人反對，有人攻擊李三才是「東林黨」，這是東林黨第一次在朝局中亮相。圍繞著李三才入閣問題，東林背景的官員與反對派針鋒相對，互相攻擊，最後以李三才憤然辭官不了了之。次年正好是京察（幹部大考核），東林黨反戈一擊，利用葉向高主持京察的機會，大力排斥異己。不過反對東林黨的力量也很強大，經過幾番較量，許多有東林黨背景的官員遭到裁撤，反對派佔據了六部顯要位置。作為東林黨的「托塔天王」，葉向高開闢了第二戰場，將許多新近東林黨成員安排到了刑部、大理寺等部門，因都是六品主事級別的小官，這個安排並未引起太多重視，而正是這個安排，給東林黨留下了翻身的本錢。
萬曆三十八年（公元1610年）的京察，以東林黨失敗而告終，這以後的幾年，東林黨人員大減，講學凋零，最困難的時候，東林書院前來聽講的人數，只有之前的二成。次年東林黨的創建者顧憲成鬱鬱而終，時年62歲。他不會想到，在他過世後僅4年，一場突然爆發的意外，打響了東林黨的翻身仗。
這就是萬曆四十三年（公元1615年）著名的梃擊事件，即「謀殺太子案」。是年五月初四，一個叫張差的農民混入太子朱常洛居住的慈慶宮，揮棒襲擊太子，幸好被隨身太監拿下。案件發生後舉朝震驚，許多官員要求追查真相。此時正是敏感時期，萬曆雖然在「爭國本」中認輸，但一心想讓自己兒子當太子的萬曆寵妾鄭貴妃並不甘心。事件一出，滿朝都將懷疑目光對準了鄭貴妃。畢竟是皇家醜事，明王朝從一開始就力圖遮掩，三堂會審了幾遍，認定這個張差是瘋子。在即將定案前，葉向高在京察時安排在刑部的六品主事王之寀，設計夜審張差，先餓他一頓，然後以「給飯吃」為誘惑，戳穿了張差「裝瘋」的把戲，繼而東林黨成員紛紛行動，要求重審此案，迫於輿論壓力，明皇室只得同意，再次會審，終讓張差供出了此案的幕後指使：鄭貴妃的貼身太監龐公公和劉公公。滿朝文武一片嘩然，最後萬曆皇帝無奈，只得安排鄭貴妃當場向太子求救，斬首了張差以及兩名太監，才把這個糊塗案了結。這場啼笑皆非又幾經反覆的鬧劇，卻成了東林黨命運的轉折點：因東林黨的追查，太子地位得以穩固，而東林黨也成了太子的盟友，更從此名聲大振。而先前東林黨的反對派，為應對東林黨日益壯大的勢力，也開始拉幫結派，形成了齊、楚、浙三黨。明朝黨爭，從此越演越烈。
萬曆四十八年（公元1619年），萬曆皇帝在內憂外患中去世，「爭國本」的主角太子朱常洛即位，東林黨地位也因此提高。朱常洛即位後縱慾過度，導致身體大壞，又服食「紅丸」（壯陽葯）中毒斃命，在位僅8個月。局勢再度緊張起來，朱常洛之子朱由校即位，次年改年號為「天啟」。這期間朱常洛寵妃李選侍企圖挾持朱由校以把持朝政，在東林黨直臣楊漣等人的逼迫下，李選侍被迫離開乾清宮，朱由校在東林黨的擁立下順利登基。至此東林黨儼然成為朱常洛、朱由校父子兩代人的登基功臣。順利即位的天啟帝也知恩圖報，登基伊始，東林黨人分別佔據了禮部尚書、吏部尚書、大理寺卿等要職，其後通過分化瓦解的手段，擊敗了反對派「齊楚浙三黨聯盟」，東林黨「托塔天王」葉向高坐上了內閣首輔的位