說到朱元璋的統治，有一個名詞不容迴避——殘暴。殘暴的方式，就是屢興大案。
歷史學界，很早就有「洪武四大案」之說。所謂四大案，即空印案、郭恆案、藍玉案、胡惟庸案，簡單的名詞後面，是千萬顆人頭落地。
四大案中，「空印案」和「郭恆案」都是貪污腐敗案，前者因官員使用蓋有官印的空白文書，激起朱元璋震怒，前後株連數萬人。後者因戶部侍郎郭恆貪污官糧，再次興起大獄，株連上萬官員。「藍玉案」和「胡惟庸案」都是謀反案，受牽連的大多是跟隨朱元璋打天下的功臣，前後十餘年，屠戮上萬人。樁樁案件，皆是血雨腥風。
但要論對後世的影響力，「四大案」中不論哪一樁，都有限得很。「胡惟庸」「藍玉」兩案株連無數，朱元璋的本意是為他的後人「接班」掃清障礙，誰知事與願違，反導致即位的建文帝無將可用，「靖難之役」中敗給了朱棣。至於「空印案」和「郭恆案」的目的，則是為了整頓吏治，掃清腐敗，然而即使在當時，面對貪官屢殺屢不絕的情況，朱元璋本人也曾感到絕望，發出「朝殺而暮犯」的悲嘆。而後明王朝吏治腐敗，貪污橫行，或許更是朱元璋生前想不到的。
然而卻有這樣一樁案子，論株連人數和規模，皆無法與「四大案」相比，但案件產生的影響，卻遠比四大案深遠，不但終明一世，甚至波及今日。這就是發生在洪武三十年（公元1397年）的「南北榜案」。
南北榜案，又稱劉三吾舞弊案，與四大案「公說公有理」的爭議不同，這樁案子，是一件徹頭徹尾的冤案。
明朝洪武三十年（公元1397年）二月，正籠罩在「藍玉案」血雨腥風中的明王朝，迎來了其三年一度的科舉會試，在這個藍玉案株連甚眾，無數官員落馬的非常時期，此次科舉的結果，也無疑將對朝局產生微妙的影響。正因其重要性，在主考官的選擇上，朱元璋煞費苦心，經反覆斟酌，終圈定了78歲高齡的翰林學士劉三吾為主考。
劉三吾在當時可謂大儒，此人是元朝舊臣，元末時就曾擔任過廣西提學（相當於教育廳廳長），明朝建立後更是多有建樹。明王朝的科舉制度條例就是由他制訂，明初的刑法《大誥》也是由他作序，此外他還主編過《寰宇通志》，這是今天中國人了解當時中國周邊國家的百科全書。他與汪睿、朱善三人並稱為「三老」，《明史》上更說他「為人慷慨，胸中無城府，自號坦坦翁」，可謂是人品才學俱佳的士林領袖。選擇他為主考，既是朱元璋對他本人的認可，也是朱元璋對這次科舉的期望。
然而劉三吾不會想到，他的一世英明乃至身家性命，都會因為這次科舉而葬送，一切，都源於一個誰都不曾想到的「低概率事件」。
洪武三十年二月，會試開始，經一月考核，選出貢士51名，又經三月初一殿式，點中陳安邸為狀元，尹昌隆為榜眼，劉鶚為探花。然而僅僅6天過後，明朝禮部的大門就差點被告狀的砸破，大批落榜考生跑到明朝禮部鳴冤告狀，南京街頭上，更有數十名考生沿路喊冤，甚至攔住官員轎子上訪告狀，短短几日里，整個南京城沸反盈天，一片喧囂。「科場舞弊」，成了南京百姓街頭巷尾津津樂道的話題。
喊冤的原因，很簡單，也很奇特。當年會試中榜的51名貢生，清一色的來自南方各省，竟然沒有一名北方人。因此街頭巷尾各式傳言紛飛，有說主考收了錢的，有說主考搞「地域歧視」的，種種說法，皆是有鼻子有眼，直讓主考們渾身是嘴也說不清楚。
消息傳來，明王朝上下震撼，先後有10多名監察御史上書，要求朱元璋徹查，朱元璋的侍讀張信等人，也懷疑此次科舉考試有鬼。朱元璋本人自然惱怒，窮人出身的他，一生最痛恨的就是「貪污腐敗，營私舞弊」。事件發生僅幾天，三月初十，朱元璋正式下詔，成立了12人的「調查小組」，這其中有曾經懷疑此次科舉舞弊的張信等人，也有以學問著稱的嚴叔載、董貫，還有以「忠直敢言」聞名的周衡、黃章等人。成員的選擇上，可謂是做到了公平公正。
然而調查小組經過數日的複核，到該年四月末做出的調查結論，再次讓朱元璋瞠目結舌：劉三吾等人的閱卷公平公正，以考生水平判斷，所錄取51人皆是憑才學錄取，無任何問題。
結論出來，再次引起各界嘩然。落榜的北方學子們自然不幹，朝中許多北方籍的官員們更紛紛抨擊，要求再次選派得力官員，對考卷進行重新複核，並嚴查所有涉案官員。然而震怒下的朱元璋，卻做出了一個更加極端的決定。
是年五月，朱元璋突然下詔，指斥本次科舉的主考劉三吾和副主考紀善、白信3人為「藍玉餘黨」，尤其是抓住了劉三吾10多年前曾上書為胡惟庸鳴冤的舊賬，認定劉三吾為「反賊」，結果涉案諸官員皆遭到嚴懲，劉三吾被發配西北。曾質疑劉三吾的張信更慘，因他被告發說曾得到劉三吾授意，落了個凌遲處死的下場。其餘諸人也被發配流放，只有戴彝、尹昌隆二人免罪。此二人得免的原因，是他們在複核試卷後，開列出的中榜名單上有北方士子。六月份，朱元璋親自複核試卷，開出了一個更令人瞠目結舌的錄取名單：51名中榜貢士，竟然清一色是北方人，無一名南方人。
該事件以後，明王朝的科舉制度，發生了一次重大的變革。從此明朝的科舉錄取，不再是「全國統一划線」，相反分成了「南北榜」，即南北方的學子，按照其所處的地域進行排名，分別錄取出貢生後，再統一參加殿式。這個制度不但此後沿用於整個明清兩朝，與今天高考中的「分區劃線」，也有異曲同工之意。
朱元璋用「搞平衡」的辦法處理了這次震撼明王朝的科舉大案，但案件背後的謎團，依然值得深究。
深究南北榜案，第一個疑團是：為什麼經過兩次複查，中榜的依然清一色是南方人，究竟是舞弊，還是「巧合」？
解答這個問題，就不得不面對一個現象——中國經濟文化中心的南移。
這個現象，從唐王朝安史之亂時就已開始，到南宋時期則進一步擴大。北宋滅亡後，大批的北方文化精英南逃，使南方文化開始了長足發展。南宋滅亡後，元王朝一度廢除了科舉制，雖然在後期重開科舉，但漢人的錄取比例極其少，科舉出身的官員，在元王朝政府中的地位也極低。長江以北的中原地區，在歷經了金朝、元朝幾百年的異族統治後，無論經濟還是文化，早已大大落後於南方。在元王朝的科舉中，中榜的漢人，也多來自安徽與江南地區。朱元璋起兵平天下的年代裡，彼時中國文化界最富盛名的人物，更是來自於浙江的「浙東四才子」——吳征、劉基、章溢、宋濂。早期創業的朱元璋，也正是因為籠絡到了大量的江南文化界名人，才得以迅速壯大實力。朱元璋的謀士朱升、李善長等人，同樣都是來自安徽與江南等地的才俊。
明朝以前，中國南北方文化教育的先天差距是巨大的，明朝建立後實行的教育體制和考試製度，非但沒有彌合這個差距，相反則繼續拉大。先說教育體制，明王朝的教育體制，早在朱元璋打天下時就確立了，各地的府學、州學、縣學，最早都設立於朱元璋早期的佔領地，如安徽、江蘇、江南地區，北方大規模重設學府，普及教育，多是在洪武元年（公元1368年）朱元璋北伐元朝之後，無論從師資水平還是開展程度，比起南方都相去甚遠。當然北方並非無人才，山東、山西兩省一直為教育大省。但朱元璋厲行文化專制，明朝早期，北方士子對新政權多持懷觀望態度。朱元璋的幾度文字獄，遇害者大多是北方文人，因此許多名士們隱居山林，對明王朝採取「不合作」的態度。如此境況，明朝早期北方教育遠落後於南方，似是情有可原。
明朝科舉，以「八股文」取士，這種考試方式本身就給南方學子提供了優勢。今人說八股文，多以為是明王朝首創，其實八股文取士，開始於北宋王安石變法，當時王安石革新科舉制度，提出以「經義之學」取士，但對文體無特殊要求，這是八股文的開始。隨著時間推移，對八股文的要求越發細化，其風格特點也日益明朗。明朝科舉的實際制定者，正是「浙東四子」中的劉基和宋濂，其考試規範、考試範圍、考試要求，更適合江南學子。每次開科，南方學子自然「駕輕就熟」。
事實上，從洪武三年明王朝第一次科舉考試開始，南方考生的成績，就一直在北方考生之上。比如洪武三年的科舉鄉試，南方的錄取名額是350人，北方僅有250人。「南北榜」案之前的明王朝6次廷試，狀元清一色都是南方人。而從錄取比例上看，也有南方中榜者逐漸增多，北方中榜者日益減少的趨勢。「南強北弱」的大格局，明王朝上下其實早已心知肚明。
然而饒是如此，為什麼到了洪武三十年，會發生「清一色南方人」這樣的低概率事件呢？而早已「心知肚明」的朱元璋，為什麼會做出激烈的反應？
事實上，科舉考試，從來都不僅僅是一個考試問題，更是一個政治問題