說到曾經席捲中國東南沿海和朝鮮半島，殺掠中、朝兩國平民百姓無數的日本「倭寇之亂」，今人第一印象無不是明朝中後期嘉靖時代東南沿海的倭寇大起，以及譚綸、戚繼光、俞大猷等明朝軍民可歌可泣的抗倭事迹。但實際上，倭寇對中國沿海百姓的禍害，遠比此時要早得多。早在元末明初之時，這場歷時200餘年的抗倭戰爭就已開始。
中國有史記載的最早「倭寇入侵」事件，是元朝武宗至大元年（公元1308年），倭寇連船數百，擄掠寧波。今人說倭寇，總說是日本破落武士以及沿海「奸民」自發組織的海盜團伙，似與日本政府無關。但根據有關日本史料記載，這有歷史記載的第一次倭寇入侵，確為日本的「政府行為」。彼時日本正是鎌倉幕府倒數第二任統治者久明親王（日本後深草天皇之子）統治時期，他在位時確立日本的「武士道精神」，並開始組織船隊劫掠朝鮮和中國的沿海地區，曾有大臣後草建司勸他不要激怒中國，他答道：「唐（中國）已不復從前，不足懼。」元朝忽必烈時期的征日失敗，讓日本對中國從仰視變為平視。雖如此，彼時「倭寇」的主要掠奪對象，仍然是距離其最近的朝鮮。
元末至正年間天下大亂時期，倭寇對中國沿海的侵擾一度達到極盛。此時日本鎌倉幕府業已滅亡，進入了京都、奈良兩個天皇並立的「南北朝」時期（公元1336年～1392年），雙方旗下的諸侯相互征戰數年，亂民四起，大量戰敗的武士浪人搖身一變成為海盜，這些海盜多來自日本的長州、薩摩、鹿八島等地。日本南北朝下屬的「大名」，也有人資助海盜集團，劫掠後坐地分贓。入侵的路線，大體是每年四五月間，從高麗至山東半島和遼東半島，再至江浙地區。偏巧此時東南沿海變亂四起，東南「義軍」領袖方國珍和張士誠麾下也有不少「海賊」，因此臭味相投，合兵劫掠東南沿海。尤其可惡的是，他們經常在沿海捕獲鄉民，擄至日本後令剃日式髮型穿日服學日語，將其「日本化」，再挾持至中國劫掠，遇官軍圍剿時，就令這些人為炮灰。曾給元軍抗倭做幕僚的元末文人林伯景在其筆記里就曾記錄：元兵捕獲的倭寇「俘虜」，相貌與倭人無二，過堂的時候卻齊用中國話喊冤，仔細審訊才知是多年前被擄走的當地「鄉間良人」。所謂倭寇，十有八九都是這些被脅迫的「華僑」。為防倭寇，元朝嚴令「片板不得下海」，所謂海禁即從此開始。洪武元年（公元1368年）朱元璋推翻元朝，天下一統，而「倭患」這個歷史遺留問題，也擺在了百廢待興的大明王朝面前。
洪武二年（公元1369年），朱元璋初登皇位，倭寇就給朱元璋來了個「下馬威」。同年四月，倭寇與江南張士誠、方國珍殘部勾結，「大掠五府，飽掠而去」。同年五月，倭寇又侵山東，毀蓬萊，登州衛所，「劫掠官庫，軍士死傷逾千」。囂張至極，朱元璋考慮到國家初建，爭取和平解決。同年六月，朱元璋以楊載和趙秩為使者，出使日本「南朝」，面見主掌「南朝」國事的懷良親王，措辭嚴厲申斥其罪行。孰料懷良親王狂妄，竟當場斬殺趙秩，並拘押楊載。第二年，日本足利氏掌權的「北朝」向「南朝」發動軍事進攻，懷良不支，偏巧此時朱元璋再派使節前來交涉，懷良唯恐朱元璋趁機攻伐，立刻態度轉彎，不但當場道歉，還將被扣押的楊載等中國使節盡數釋放。第三年，懷良派使節至南京，送還被擄百姓70多人。朱元璋大喜，從此與日本南朝建立了外交關係，允許其派使節到中國「朝貢」。然而就在同年五月，又發生了倭寇大掠溫州之事，第四年，倭寇又大掠福建、廣東、海南三省，一月內「沿海鄉民死者逾萬，焚屋千棟」。朱元璋遣使怒責懷良，懷良喊冤，聲稱這些倭寇都是從「北朝」來，非自己屬地。朱元璋這才知道，原來日本還有個更強大的「北朝」。其後朱元璋多次派使臣與「北朝」建立關係，都被懷良設法阻止。值得一提的是，懷良派到中國的使臣，多次重金賄賂彼時明朝「宰相」胡惟庸，與之狼狽為奸，「通北朝」之事，也是胡惟庸屢屢作梗。洪武八年（公元1375年），日本北朝室町幕府統治者足利義滿遣使朝拜朱元璋，朱元璋見其貢書里未提「稱臣」一事，因此拒絕收其貢物，但允許日本「光明天皇」的小兒子來南京學習，朱元璋「尤善待之」，但中日關係至今依然處於「冰河期」。洪武十四年，十七年，十八年，又有多股倭寇入侵遼東、山東、海南三省。此時明王朝經過10多年休養生息，國力漸漸強大，朱元璋遂於洪武二十年（公元1379年）命開國名將湯和與周德興在浙江、福建沿海鑄「備倭城」59座，屯兵8萬人，繼而在洪武二十三年，二十四年兩次挫敗竄犯東南沿海的倭寇，「斬俘甚眾」，至洪武末期，明朝從北至遼東，南至廣東的海岸線上，修築各類衛所200多所，置「備倭軍」近30萬人，精銳兵艦3000多艘，構築起一條海上長城。因此從洪武二十年開始至朱元璋過世，倭患暫稀。這其間，洪武十四年，朱元璋查知胡惟庸「通倭」，日本「南朝」懷良又送來書信，措辭傲慢，使朱元璋一度想征討日本，但終被大都督李文忠等人勸阻。為防前元征倭失敗覆轍，朱元璋在其留給子孫的《皇明祖訓》中，將日本定為「不征之國」，稱日本「雖朝實詐，暗通姦臣胡惟庸謀不軌，故絕之」。因此200多年後的大明「抗倭援朝」戰爭里，萬曆皇帝雖調集精銳水師雲集天津，意欲直搗日本本土，終因丁應泰等大臣以「祖制」勸阻而作罷。
在朱元璋過世前的明洪武二十六年（公元1395年），日本北朝「室町幕府」統治者足利義滿已經平滅南朝，完成國家統一。這之間他屢派使者來華朝見，皆被朱元璋拒絕。朱元璋過世後的明朝建文元年（公元1400年），足利義滿又派使者前來朝見，在國書中自稱自己是「臣日本國王源道義」，正式向大明稱臣。建文帝欣然接納，熱情招待使者，但日本國使前腳剛走，倭寇就趁江南、浙江一帶明朝的「備倭軍」北上參加「靖難之役」之機，於建文元年，二年，三年連續擄掠溫州、寧波、紹興等地，給風雨飄搖的建文王朝，來了次「雪上加霜」。
朱棣奪取皇位一年後，永樂元年九月（公元1403年），足利義滿再派使者來華朝見，朱棣甚為高興，給予日本「永樂堪和」，兩國正式建立了「朝貢貿易」。但次年四月，山東、遼東等地接連發生倭寇入侵事件，令朱棣甚為惱火，恰好日本使臣前來祝賀朱棣冊封皇太子，朱棣便嚴厲申斥，要日本打擊海盜。足利義滿聞訊後，在國內大力「嚴打」，並派重兵全殲了對馬島上的倭寇「大本營」。永樂三年（公元1405年），將倭寇頭領20人送至大明治罪。朱棣命令日本使臣「自行裁處」。日本使臣在寧波海邊設鐵鍋，點火將這些倭寇「蒸殺之」，獲朱棣賞賜。從此時起至永樂八年（公元1410年），中國沿海暫時風平浪靜。兩國之間官方的「朝貢貿易」也迅速發展，堪稱是明朝中日關係的「蜜月期」。
轉折從足利義滿病逝開始，永樂六年（公元1408年）足利義滿病逝，繼任的室町幕府統治者足利義恃被朱棣冊封為「日本國王」，其後日本對倭寇的約束漸松，沿海地區倭患再起。永樂八年二月，倭寇擄掠浙江清南縣，朱棣譴使責問，足利義恃立刻抓捕10餘名倭寇送至中國請罪。一年後，明朝使節王進出使日本，與室町幕府官員發生糾紛，險些被扣留，朱棣震怒下拒絕日本前來「朝貢」，繼而倭患又生，永樂十三年倭寇犯山東，永樂十五年倭寇犯遼東，永樂十六年倭寇犯浙江，因明朝東南沿海守備森嚴，才未造成大禍。朱棣本人的態度也很寬容，經常將捕獲的倭寇放回，堅持要「懷之以德」，並於永樂十六年（公元1418年）派呂淵為使至日本申斥足利義恃，命其「悔過自新」。同年六月，日本派使團來華道歉，聲稱倭寇是「無賴鼠竊，非臣所知」。朱棣再次允許日本「朝貢」，但限令嚴格。明朝宣德四年（公元1429年），新任日本室町幕府首領足利義教被明宣宗冊封為「日本國王」，再次在國內全力捕倭，以求通好。明宣宗放寬了對日本朝貢的限制，從此時開始至嘉靖朝，兩國之間的官方貿易絡繹不絕，倭寇進犯雖時有發生，但一則明朝海防森嚴，二來日本國內此時打擊倭寇甚嚴，因此和平終是主流。
說到明朝初年，乃至終明一世的倭患，有個關鍵詞不得不提——朝貢貿易。
明朝初年，日本室町幕府之所以幾次在明朝的壓力下主動捕殺倭寇，甚至送倭寇頭目到明朝治罪，其原因不僅僅是懼於大明強盛的國力，更有對「朝貢貿易」巨大利潤的垂涎。每次「朝貢」，大明不僅有豐厚的賞賜和回贈，而且其在中國購買的絲綢、茶葉、瓷器等物品，倒賣到東南亞地區，轉眼就是10倍的利潤。朱棣時期，明朝屢屢以取消「朝貢貿易」相要挾，加上彼時明朝國力強盛，對朝貢的管制限令森嚴，沿海更囤積重兵，因此但凡大明「發怒」，日本方面就立刻「致歉」「捕倭」。用此法「和平解決」倭患問題，幾十年來屢試不爽。但是在朱棣死後，事情卻起了變化。