就在海會寺驗屍後的第二天，京中浙江派官員大大鬆了一口氣的時候，另一派官員卻被惹惱了，並開始出面運動要坐實此案。
這一派官員以四川總督丁寶楨為首，大部分人為兩湖籍，並多為地方大員，被稱為兩湖派。丁寶楨並未受賄，他反對查辦此案的理由很簡單，不能為了區區一個舉人就一下子處理這麼多官吏。當然，這些將被處分的官吏大多是兩湖籍人，自太平軍事件後，兩湖人在長江南北做地方官的人很多。
兩湖派紛紛上摺子請求皇上（摺子上稱皇上，實為由兩宮定奪）不要翻此鐵案。丁寶楨上摺子說，楊乃武風流成性，亦非善類，此是鐵案，證據確鑿，若是翻案，恐令天下的地方官寒心。
大學士寶鋆是劉錫彤鄉榜同年，也上摺子說，人死已逾三年，毒氣早就消失，毒消則骨白，怎麼能夠憑著骨是黃白色，即斷定不是毒死是病死呢？
雲貴總督李宗羲上折曰：若因此案使浙江縣、府、臬、藩、撫一大批官員受到處分，則誰謂天下太平耶？意思是這個案子要翻了，就是給大清國臉上抹黑。
就連浙江巡撫楊昌睿竟也上了一個摺子，說這個案子即使需要由刑部直接審理，也沒必要將那麼多所謂的證人都帶到京中。使得江浙一帶民心不穩，而且被傳的證人也不能正常營生。意思是朝廷小題大作，滋擾民眾。
浙江派官員雖然大多是不掌實權，只管言論清議的京官，但也不甘示弱。紛紛上摺子，針鋒相對，彈劾楊昌濬、胡瑞瀾等地方大員平日草菅人命，甚至某些封疆大吏更是目無朝廷，力請重加懲辦。
兩派爭吵不休，把個審案的刑部夾在中間，左右為難。
刑部漢尚書桑春榮本是浙江紹興人，受了京官浙江派的鼓動，一心要為家鄉人出氣，所以起先想認真查辦此案。這個人年輕的時候是很有魄力的，曾經因平反大獄而享譽朝野，所以才能在一點家庭背景都沒有的情況下，一直做到刑部尚書從一品大員的位置。但此時的桑春榮已經是七十四歲的老人了，年老顢頇，對此案本無主見，一任司官辦理。別人說要平反，為浙江本籍人作些事情，他亦主張平反；丁寶楨跑到他面前氣勢洶洶的一嚇，他又拿不定主張，再不敢出面參革了。對於本來已經審定應當參革各員的疏奏，一改再改，遲遲不向上交復。
在這件案子中，刑部滿尚書皂保心中本是沒有什麼偏倚的。只是因為漢尚書桑春榮當初要求嚴審，而且自己也覺的案子有冤，作為刑部尚書應當查清其中的隱情，所以開始查案的力度也很大。待兩湖派和浙江派吵的不可開交時，他覺著自己偏著哪方都有些不當。倒把平冤的心思放下了，一心只想著自保。
兩個尚書都不想惹事，所以刑部平反的疏奏，從光緒二年一直拖到光緒三年，仍然遲遲不能上奏。
光緒三年二月時，兩派的矛盾終於激化。
二月初十上午巳時二刻的時候（上午九點半），刑部衙門的中門突然被打開了。中門只有重要人物進衙的時候，才能夠打開，這個重要人物不是別人，就是丁寶楨。
丁寶楨帶著幾十名戈什哈，自己打開中門沖了進來。那些戈什哈，一個個著戎裝挎佩刀，橫眉立目，雄糾糾的走在刑部大院里。刑部里的京官們哪兒見過這陣勢，不但不敢攔著，就是問也不敢問一聲。
早有人報了兩位尚書，皂保一聽丁寶楨又來了，急忙道：「這孫猴子又來搗亂，三十六計走為上，還是不招惹他的好。」撥了腿就從後門溜了。
桑春榮也不含糊，知道自己腿腳慢，不能象皂保那樣溜的快，急忙叫了一個隨從，往他背上一趴，說聲快走，也跑了。
丁寶楨本是向兩位尚書施壓，讓他們重審翻案的，但還是讓這兩個人溜走了。只好轉回頭來對著刑部官員一個個點著名字大聲斥罵。剩下刑部大小官員，沒有一個人說話，更不敢與他爭辯，只悶聲挨著罵。
丁寶楨正罵在興頭上，突然有人道：「丁大人，刑部是奉旨提審勘驗，是非出入自有『聖裁』，您來刑部這麼這麼做是代表當今皇上么？」
丁寶楨吃了這麼一句話，竟噎住了，回頭看，見是刑部侍郎袁保恆，就是前文提到的袁世凱的堂叔。
丁寶楨恨罵道：「你是什麼東西？竟敢與我頂嘴？我看承辦此案各級官員並無不是，不應給予任何處分，主犯仍應按照原擬罪名處決。袁保恆，你吃了楊家多少銀子，倒為楊家說話？」
這時幾名戈什哈已經圍了上來，手扶佩刀，緊盯著袁保恆。刑部各官都為袁保恆捏著一把汗，生怕他一句話說錯，便在刑部院里被狠揍一頓。
袁保恆面不改色道：「丁大人，我再說一遍，刑部是奉旨提審勘驗。此系刑部職權，並非是外官可以輕易干預的。如果您非要認為刑部做的不對，請與我一同到老佛爺那邊說理。下官甘願奉陪。」
丁寶楨聽袁保恆把慈禧都抬了出來，又是一個愣神，心知這個人不好惹，點點頭道：「好，既然你口口聲聲是奉旨。你就等著再奉旨重審吧。」說罷，悻悻而去。
丁寶楨並未能使刑部的天平傾向於兩湖派，但另一個人卻做到了。
丁寶楨大鬧刑部衙門的當天晚上，一輛馬車悄然停在皂保府前的黑漆大門外，一個人快步走出馬車，走到府門口，遞上稟貼。守門的門丁見上面有浙江巡撫楊昌睿的名字，急忙將來人請進門房少歇，另有人將稟貼遞了進去。
皂保正在鴉片榻上吞雲吐霧，一左一右立著兩個女婢侍候著，聽說來人是浙江楊昌睿派來的密使，急忙坐起身，叫人請到後院書房內，又接過女婢手中的毛巾揩了臉，穿衣整容，走了出去。
皂保方坐到書房內不久，那個人已經被引進來，見了面作揖道；「大人，我是奉了浙江巡撫楊大人之命，特從浙江策馬星夜趕來，有要事相告。」
皂保是久經官場的人了，曉得他們是為了什麼事，輕輕笑道：「這裡沒有外人，有事儘管講來。」
那人道：「楊大人特地囑託小的，知道您是刑部德高望重的大臣。所以楊乃武一案，還萬望您能從中衛護，疏通關節。」
皂保聽此人說的直接，不由得謹慎起來，道：「名貼上寫著你叫做章掄香。我與楊昌睿也是有些交情的，卻從來沒有聽說過他的幕府之中有這個名字啊？如果說是新來的，這種機密之事，又豈能用你？」
章掄香笑道：「實不相瞞。小的原是杭州知府陳魯的首席刑名師爺，與楊大人向來亦是慣熟的。同治十三年，楊大人跟前的師爺楊同瑞辭了館，楊大人就問陳知府把我要了過去。因為時日不長，所以您不認得。」
「噢，是這麼回事。」
「大司寇是本朝的功臣世胄，刑部的大權都捏在你老手中，你老只要不出面參革，諒他人也無可奈何。」章掄香說著，從袖中掏出一張銀票，輕輕放到皂保面前。
皂保一看，是源豐票號的十萬兩銀票，他不動聲色的收到袖中，笑道：「目前朝廷正是用人之際，楊昌睿無論是帶兵沙場還是為政一方都是有些本事的。況且他當初與左宗裳左大人共同辦理軍務，剿滅長毛有功，並成為生死之交。就是看在左大人的面子上，我也要想法為之圓轉。」
「謝大人，萬望大人疏通開恩，事成之後，我們楊大人還要來京面謝。」