光緒二年二月中旬，由王昕傳旨，即令楊昌睿將全案人犯派員押解赴京。楊昌睿奉到上諭，見刑部要來提解人犯，大為不滿，但不敢公然違旨。只好派候補知縣袁來保做押解委員。將楊案中的人犯及干證人等解送北京審理。楊乃武案的審理也真正進入了最後的司法程序。
這批人犯中少了愛仁堂的掌柜錢寶生，但卻多了兩個人。一個是愛仁堂藥鋪學徒楊小橋，一個是該案的始作俑者之一、當初唆使葛喻氏告狀的陳竹山。
餘杭縣知縣劉錫彤也被帶往京城。因為怕他畏罪逃了，聖旨中只說是派劉錫彤赴京督驗屍骨。但劉錫彤去王昕的行轅遞手本時，卻說王昕這幾日只住在船上。劉錫彤只好去船上拜見王昕。船下的差人聽說是劉錫彤來了，道：「王大人說了，不必通稟，你來了直接引進去即可，跟我來吧。」差人一直把他引到大船後面一間艙中。劉錫彤一看，王昕並不在這間艙里，裡面卻準備下了一張床鋪，艙內灶具齊備，差人笑道：「王大人說了，請你不必回去，就在船上住下了，然後一同進京。」劉錫彤這才知道中了計，嚇了一跳，再想逃已經不可能了，只得在此住下。
王昕把劉錫彤押在官船上，又命候補知縣袁來保從監中調出楊乃武、小白菜二人，吩咐將二人用秤稱過，對袁來保道：「這二人如今便交給老弟你了。你把我的話傳給押解的差人，兩個人的重量都在此稱過，到得京中，倘輕了一斤，重責五十，輕了十斤，重責五百；若是重了一斤，賞銀五十。十斤賞銀五百，若有一人發生變故，便拿你老弟和押解的差人抵命。路上好生伺候著。」
袁來保連忙應諾，立時當著王昕的面將此話傳下去。這便是王昕怕差人得了賄賂，在路上害了二人性命。又監督著將已經埋入地下三年零八個月的葛品連的棺材起出，貼了封條，派人送到船上。一切事情就緒，方開回京去。
劉錫彤的妻子林氏知道丈夫被軟禁了，知道不妙，急忙找來何春芳商量。何春芳見大事不好，恐怕此案要翻了也帶累自己，告訴林氏說自己的堂叔在刑部作官，可以想法通融，向林氏騙了一萬兩銀子就逃之夭夭了。
林氏又打發獨生子劉子和去河北鹽山老家避風頭，因要討個好口彩，所以選了福星號輪船。哪知屋漏偏逢連陰雨，回去坐的這個福星輪，不但不是福星，反而在途中沉沒了。中國海域中發生的第一件重大海難事件，就是「福星輪沉沒」事件，劉子和最終葬身魚腹之中。
劉子和的幫凶陳竹山也在解押到京的路上得了重病，上吐下瀉，快到京城的時候，一命嗚呼。
楊乃父及小白菜倒是受到優待，不僅一路上沒受苦楚，過去受刑的創傷，也在沿途給予診治。葛品連的屍棺有專船運送。每到一個州縣，棺材上都要加貼一張封條，輪流派兩個差人睡在棺材旁吃在棺材旁，日夜看守不敢鬆懈。以防屍骨被人在途中掉換。到北京後，共經過五十六個州縣，貼了五十六張封條。
官船在路上走得甚慢。因為天津教案剛發生不久，這個案子影響極大，路上極不太平，時有耽擱，行程甚緩。到了八月份才來到北京。
（天津教案：1870年6月，法國天主教仁慈堂收容的中國兒童，因發生瘟疫大批死亡，教堂將之葬於河東鹽坨之地，每二三人一棺，屍骸暴露，慘不忍睹，引起群眾憤恨。適天津不斷發生迷拐兒童事件，被捕案犯供稱系受教堂指使，一時民情激憤，輿論大嘩。6月21日天津知縣劉傑同拐犯到望海樓教堂對質，教堂門前聚集的民眾與教徒發生衝突，法國駐津領事豐大業到場向劉傑開槍，打傷其隨從，激起了天津民眾極大憤慨，致使天津全城鼎沸，引發了「火燒望海樓」教案這場大規模的中國民眾自發地反抗帝國主義壓迫的鬥爭。教案發生後，法、英、美、俄、普、比、西7國聯銜向清政府提出「抗議」，並調集軍艦至大沽口進行威脅。清政府對外妥協，對內鎮壓，殺16人，流放25人，將天津知府張光藻、知縣劉傑革職充軍，派崇厚去法國「謝罪」，向各國賠銀50餘萬兩。教案過後，民心不服，津冀魯蘇之地，常有襲擾之事。）
九月初十，由刑部會同京師五城都察院一同對該案進行了會審。醇親王奕譞、刑部侍郎夏同善，都到了刑部大堂，在堂後聽審。堂上專為私訪此案的給事中王昕設下一座，負責監督審問。刑部滿尚書皂保、刑部漢尚書桑春榮在正中坐定，戶部、禮部兩位尚書，在旁陪審。一應人犯，俱已提在下面。三部衙役，站立兩邊。書吏、幕僚各歸其座，好不嚴整威肅。皂保先把劉錫彤傳上堂來，並不問話，命劉錫彤立在一旁，桌上卻把楊乃武一案的文書口供放在上面，又把楊乃武提上堂來。
皂保喝問道：「楊乃武，毒死葛品連的兇犯究竟是不是你呢？」
楊乃武知道這一回到了京中，就是最後一次申冤的機會了，向上道：「青天大人，小人實是冤枉的呀，哪裡有什麼毒死葛品連的事情，都是被餘杭縣知縣屈打成招的。因此小人在供狀上，也寫下了屈打成招的花押哪。」遂把蝌蚪文寫成「屈打成招」四字，冒作自己名字的花押講了。
皂保找懂蝌蚪文的幕僚看了，確認的確是那四個字，微微一笑道：「這倒虧得你想的出。」
劉錫彤聽了，不禁吃了一驚，又聽皂保接著問道：「那麼胡大人浙江欽審的時候，你為什麼卻又在供狀上摁了手印了呢？」
「供詞未經過目，指印亦系強蓋。不然小的既非目不識丁，前兩審都以簽字為押，何以這一回卻以手印為押？」
皂保點點頭道：「那麼你把自從餘杭縣開審，直到如今的事情，細說一遍。」
楊乃武遂從自己中了同治癸酉科舉人一百零四名說起，後來先在杭州拜客會友，後被劉錫彤假作請宴，席間將自己拿下審問。又如何用天平秤等酷刑，逼打成招；到了陳魯複審時，又用上炮烙非刑，更是受刑不過，只得屈招，一直到胡瑞瀾審案都細細的說了一番。
桑春榮是浙江紹興人，也算是江浙京官一派，聽得陳魯用了炮烙非刑，這是大清律例所不允許的，急忙命人驗看，只見楊乃武身上有十多處火傷，雖已癒合，但已留下如片片白梅般的疤痕。
除火傷之外，又在脛骨、手指關節等處驗出許多傷痕，可謂遍體鱗傷。堂上雖大多是刑部的人，見的刑罰多了，見了這般慘狀，也不禁發出唏噓之聲。
桑春榮又向劉錫彤看了一眼，劉錫彤只低了頭，哪裡能說得出話來。桑春榮又細細問了楊乃武同小白菜是怎樣關係。楊乃武便一點不虛，把二人關係說明。說罷又叩頭道：「小人今日得見青天，便是死在九泉，也瞑目了。」
皂保和桑春榮審罷，當下即命人把楊乃武帶在一旁，把小白菜帶上堂來。
小白菜上了堂跪下，皂保一看果然是個標緻的美人，怪不得惹出這些事非來，當下喝問道：「葛畢氏，姦夫究竟是誰，從實招來。」
小白菜叩頭道：「大老爺是青天，小婦人怎敢說謊，並無姦夫，亦無毒夫之事，實在是冤枉啊。」
皂保一拍驚堂木道：「幾次供狀之上，都有你畫的押，你還敢狡辯么？」
小白菜聽了此話，淚都滴了下來，哭道：「小婦身受非人之刑，怎能不招？」遂把幾次受刑的事講了，講到邊葆城用銅絲穿入乳頭的刑罰，連皂保都聽的直皺眉頭。
小白菜講罷，皂保又把愛仁堂藥鋪學徒楊小橋、鄰居王心培等干證；葛品連的母親葛喻氏、乾娘馮許氏、堂弟葛文卿等苦主；楊乃武的姐姐楊菊貞及報告舅父姚賢瑞，楊乃武的妻子詹楊氏及抱告王廷南等親證；還有其他若干人證分數批帶上來一一問過。
學徒楊小橋供稱並不知有賣砒情事，藥鋪進貨簿上從來也沒有進過砒霜；葛品連的母親葛喻氏供出了陳竹山和劉子和兩個人借弔唁的機會唆使葛喻氏告狀的事；劉子和雖然沒有捉住，但劉子和的跟差李進誠也被拿到京城。李進誠供稱同治十二年七月劉子和與陳竹山在倉前鎮盂蘭會上，曾到過小白菜家，意圖勾引。後來，葛品連死後，兩個人也曾去弔唁，所供與葛喻氏供稱相符。仵作沈祥供稱，驗屍的銀針沒有用皂角水擦洗過，只見口鼻血水流入兩耳，就在屍格上填了七竅流血。曾與皂班通事班頭阮德爭執，一說砒毒，一說病亡，爭執不下，後來屍單上就含糊注了個中毒而亡。
劉錫彤聽到沈祥反口，承認驗屍有誤，公然將他出賣，氣的兩隻眼都紅了，大罵道：「混賬東西，欺心背主，胡說八道，就是養一條狗也比你忠心。」一邊說竟一邊站起來，擄袖掀須衝到沈祥前面，舉手照著他臉上就是兩拳，打的沈祥鼻子冒血，直糊了一臉。二人揪作一團，打的不可開交。堂上人看了都覺可笑，皂保急忙命刑部差人把二人扯開，將劉錫彤摁住，大聲叱止道：「劉錫彤，在天子腳下，刑部大堂之上，你竟也敢咆哮公堂，歐打人證。可知你在地方的行徑。」
因劉錫彤仍穿著官服，不能行刑，皂保便讓人把他摁跪在地下，問道：「劉錫彤，你將以前審案情形清楚講來。