光緒元年（1875年）七月，《申報》發了一篇文章，該文章繼續對奉旨審案欽差、浙江學政胡瑞瀾複審楊乃武案進行了關注，其中提到「雖行轅內（胡瑞瀾的行轅）關防嚴密異常，但六月二十五日晨浙江巡撫楊昌睿、杭州知府陳魯已悉底細。」兩個與案情有著利害關係、本應迴避的人卻能輕易而迅速的得到消息，可知此案的審理已經出現偏袒的行為。
從七月開始，《申報》不斷對楊乃武的案子進行報道。因為此前楊乃武與小白菜的案子已經轟動江南和上海、天津、北京等地。胡瑞瀾這一次的欽命審案更是引起社會各屆人士的極大興趣。到八月十一日，《申報》又報出一個重大消息：楊乃武自覺再無雪冤之理，離黃泉路也不遠了，在獄中作聯自挽云：「舉人變犯人，斯文掃地；學台充刑台，乃武歸天」。因胡瑞瀾是個學台，根本不懂刑名訴訟，所以說他是學台充刑台，讓楊乃武歸天是必然的事。
《申報》連續不斷有力度的報道，使社會輿論都倒向了楊乃武這一邊。另外在浙江方面，楊乃武的堂兄楊增生、楊恭治等五人聯名向餘杭縣知縣劉錫彤和浙江學政胡瑞瀾遞交公稟，證明小白菜供稱楊乃武指使下毒和買砒霜之事純屬枉供。在北京城，與楊乃武同籍的十八名京官也為他「聯名呈控逐款鳴冤」。
接著，楊乃武的把兄弟，就是前文提到被人冒充身份毒死錢寶生的監生吳玉琨聯合在京的浙籍舉人、生員和楊乃武的好友等三十餘人又開始向都察院、刑部、大理寺提出控告，施加壓力，揭露楊乃武被嚴刑逼供，屈打成招的事實。要求提京徹底審訊，昭示天下，以釋群疑。
這其中力量最大或最值得一提的有三股勢力。
一個是汪樹屏，此人就是浙江有名的白尼山汪家子弟，他的祖父在京里做過大學士，哥哥汪樹棠也在京里做著二品官，在朝中說話還是有一些份量的。他聯合在京的進士、翰林等人聯名向各部院上稟貼，上稱：此案不僅是有關楊乃武、葛畢氏兩條人命的問題，更是有關整個浙江讀書人的面子問題。如果真有冤抑而不予平反，恐怕今後浙江將無一人肯讀書上進矣。這些進士、翰林都是準備放出去做官的後備幹部，特別是翰林，將來都是手掌大權的實授官，這些人聯名上書要比前文提到的三十多名舉人、生員聯名更具影響力。
第二個人是吳以同。他與楊乃武是極要好的朋友，常在一起作詩論文章。吳以同只是個秀才，但他是紅頂商人胡雪岩最得意的西席幕友。此時的胡雪岩，無論是官場還是商場都處於鼎盛時期，他與陝甘總督代理新疆軍務的左宗棠是生死之交，其他官場上的至交朋友也多的不可勝數。楊乃武案發生時，他正在浙江籌辦胡慶余堂藥店，對案情比較了解。吳以同將楊乃武的冤情向胡雪岩講了，又提到楊家為了這場官司已經賣盡田地，家徒四壁，如今楊詹氏要入京上告，苦無盤纏。胡雪岩聽了當即答應解囊相助。不僅慷慨資助他們全家進京的路費，而且說要把楊詹氏到京後所有用度也都包下來。楊詹氏在吳以同陪同下去元寶街胡宅拜見了胡雪岩，詳述了楊乃武身受重刑的情形以及冤案難雪的內情。胡雪岩聽了，不禁臉色慘然，拍案道：「此冤若不得雪，大清之法度何在？」當即命人拿出200兩銀子的現銀，又備一書信致北京阜康分號檔手，命其在京中隨時給予楊家方便。
第三個人是夏縉川。這個人是個武舉人，為人豪爽耿直，好打抱不平。自《申報》在同治十三年開始登載楊乃武的案子時，就一直關注此案。直到胡瑞瀾終審將楊乃武和小白菜訂成死罪時，便動了要救楊乃武的心思。他雖然只是個武舉人，但他的堂兄是刑部侍郎夏同善，相當於公安部副部長的職位。不僅如此，夏同善與內閣學士翁同龢一起任值毓慶宮授讀，與手握重權的翁同龢相處甚善。翁同龢先後為同治、光緒兩代帝師，歷官刑、工、戶部尚書，協辦大學士，軍機大臣，總理各國事務大臣等。單從當時的地位、官品和權力來說，是百官之首。
夏同善與翁同龢花了一個星期查閱了刑部檔案，簽出楊案的幾處疑點，一面指示正在刑部浙江司任郎中的侄子翁曾桂認真審理。（此人後因審理楊案有功升遷為刑部侍郎），一面又拉上浙江籍翰林院編修張家驤一共三個人專門覲見了慈禧，當面為楊乃武申冤，將案情詳述了一番，並將其中疑點一一指摘。這三個人，一個是專管審案的專家，一個是手握重權的帝師重臣，還有一個是名滿京城的狀元，說話份量也是相當重的。
如此聲勢浩大的伸冤運動，使朝野上下沸騰起來，一時間街談巷議儘是楊案，邸報奏章多提乃武。慈禧也覺著若想將此案含混了結既無法平息舉國上下風起的輿論也無法安撫朝中江浙派官員搖動的人心。慈禧太后終於下了決心，於光緒元年十二月二十日下詔：「浙江餘杭葛畢氏一案，前著提督學政胡瑞瀾嚴訊，以案無出入，仍照原擬定讞。現經刑部核查，案中疑竇甚多，已咨令逐條查復。茲著浙江巡撫楊昌睿提集全案人證起解至京，交刑部徹底根究。」事情發展到這一地步，楊乃武案已經不再是一個簡單的刑事案件，而衍生成為政治派系的鬥爭。
在這個案子中，還有三個非江浙派人物，不能不在此用墨一提。
一個人叫做袁保恆，是袁世凱的堂叔。光緒三年，袁世凱鄉試不第，結婚後就投奔到這個堂叔門下做了一名機密幕僚。他從袁保恆這裡第一次接觸了官場，並悟到了不少官場之道。袁保恆這個人其實是很正直的，光緒二年的時候還上書皇帝（其實是慈禧太后），要求改福建巡撫為台灣巡撫，常川駐守，經理全台，以抑制日本對台灣的侵略野心。楊乃武案的時候，他雖然是河南人，不在江浙籍京官之列，但身為刑部侍郎，對這個案子也非常關心。他看出其中可能有冤情後，也參加了為楊乃武翻案的活動。
另一個是五品六科給事中王昕。這個人早在同治十三年就開始對楊乃武案進行調查，並且親下江南微服暗訪。王昕之所以對這個案子下這麼大的功夫，是因為他是奉了慈禧的密旨。由於到同治十三年的時候，楊乃武案已經歷時近兩年了，轟動大江南北，報道連篇累櫝。這個案子便引起了慈禧的興趣，她想知道這個案子的幕後倒底是什麼樣子，如果只是中下級官吏的貪臟枉法，她倒是很願意藉此整頓一下吏治，提高一下自己的威信。也省的外國人藉此又攻擊大清的法律不公正，又來要求法外治權。王昕在浙江暗訪之後，回來覆旨說此案中確有冤情，其中情弊大多與翁同龢、夏同善等人所言相同。
第三個人是光緒帝的生父醇親王奕譞。在複審結果出來後，醇親王就認為楊昌睿此人過於狂妄蔑視朝廷，不懲不足以儆效尤。王昕暗訪回來，他又向王昕打聽。王昕稱楊乃武案中各級官吏常有意瞻詢，抱定官官相護之旨，內中弊竇甚多。醇親王因此決心要動一動浙江的官場，摘掉幾個官員的頂子，來整肅一下那裡的官風。
以上這些人形成了一股強大的保楊勢力，最終使慈禧將諭旨改為刑部會同京師五城都察院共審。也為後來翻案起到了決定性的作用。